2025 부가가치세 개정사항 정리, 적용시기·신설 제도·가산세 강화

이번 4월 25일 금요일은 2025년 1기 부가가치세 예정신고 및 고지에 따른 납부기한입니다.

아래에서는 2025년부터 달라지는 부가가치세 관련 주요 개정사항들을 정리하였습니다.

출처: 국세청

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1 질병치료 목적의 동물 혈액 부가가치세 면제(부가가치세법 제26조 제1항 제5호)

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가. 개정취지

• 동물 질병치료 지원

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 재화ㆍ용역의 공급에 대한 면세	□ 면세 범위 확대
• 미가공식료품, 의료보건 용역, 교육 용역 등	• (좌 동)
• 혈액	• 혈액(동물의 혈액* 포함) * 치료ㆍ예방ㆍ진단용 한정

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

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2. 전자세금계산서 세액공제 적용기한 연장(부가가치세법 제47조, 제63조)

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가. 개정취지

• 세원투명성 제고

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 전자세금계산서 세액공제	□ 적용기한 연장
• (대상) ① 또는 ②	• (좌 동)
① 직전 연도 공급가액 3억원미만 개인사업
② 신규 사업 개시 개인사업자
• (공제금액) 건당 200원 - 연간 100만원 한도
• (적용기한) 2024.12.31. 발급분	• 2027.12.31.

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3. 조세포탈사업자 대상 부가가치세 수시부과 제도 신설

(부가가치세법 제48조, 제49조, 제57조의2, 같은 법 시행령 제104조의2)

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가. 개정취지

• 조세회피 방지

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나. 개정내용

종 전

개 정

<신 설>

□ 조세포탈사업자에 대한 부가가치세 수시부과* * 수시부과 세액은 예정신고, 예정고지 및 확정신고 시 공제 • (부과사유) ① 또는 ② 사유에 해당하는 사업자 ① 거짓 세금계산서* 발급ㆍ수취 * 재화ㆍ용역의 공급이 없는 경우, 공급받은 자가 아니라 다른 사람의 명의로 발급ㆍ 수취하는 경우, 실제보다 과다하게 공급가액을 기재하는 경우 ② 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유* 로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우 1) 사업장의 이동이 빈번한 경우 2) 사업장의 이동이 빈번하다고 인정되는 지역에 사업장이 있을 경우 3) 휴업 또는 폐업 상태에 있을 경우 4) 신용카드ㆍ현금영수증가맹점 의무 가입 사업자가 미가입한 경우로서 사업규모ㆍ영업상황 등 감안 시 신고 내용이 불성실한 경우 5) 조기환급 신고의 내용에 오류가 있는 경우 • (부과기간) 과세기간 개시일* 부터 부과사유가 발생한 날까지 * 부과사유가 발생한 과세기간의 직전 과세기간에 대한 확정신고를 하지 않은 경우로서 부과사유가 발생한 날이 확정신고기간 이전인 경우에는 직전 과세기간 개시일

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

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4. 명의위장사업자 가산세 강화(부가가치세법 제60조, 제68조의2)

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가. 개정취지

• 조세회피 방지

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 부가가치세법상 가산세 부과사유 및 가산세* * 공급가액 × 가산세율	□ 명의위장등록 가산세 강화
• 사업자 미등록：1%* * 간이과세자：0.5%	• (좌 동)
• 사업자 명의위장등록：1%* * 간이과세자：0.5%	• 사업자 명의위장등록：2%* * 간이과세자：1%
• 세금계산서 가공발급ㆍ수취 등：3%	• (이하 좌동)
• 세금계산서 위장발급ㆍ수취 등：2%
• 세금계산서 지연발급：1%
• 세금계산서합계표 미제출 가산세 등：0.5%

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

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5. 부동산임대업 사업장 관련 예외대상 확대(부가가치세법 시행령 제8조 제2항)

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가. 개정취지

• 든든전세주택 사업 지원

종 전	개 정
□ 부동산임대업의 사업장	□ 예외 대상 확대
• (원칙) 부동산의 등기부상 소재지	• (좌 동)
• (예외) 다음 사업자는 부동산임대업에 관한 업무를 총괄하는 장소가 사업장 - 한국자산관리공사, 예금보험공사, 한국농어촌공사, 한국토지주택공사 등
<추 가>	- 주택도시보증공사(HUG)

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.2.28. 이후 사업자등록 분부터 적용

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6. 사업장을 전차한 경우 사업자등록 첨부서류 추가(부가가치세법 시행령 제11조 제3항)

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가. 개정취지

• 사업장의 임대차ㆍ전대차 관련 법적 분쟁 방지

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나. 개정내용

 

종 전	개 정
□ 사업자등록 신청 시 첨부서류	□ 첨부서류 추가
• (허가ㆍ등록ㆍ신고 업종) 허가ㆍ등록ㆍ신고확인증 사본	• (좌 동)
• (사업장 임차한 경우) 임대차계약서 사본
<추 가>	• (사업장 전차한 경우) - 전대차계약서 사본 - 임대인의 전대동의서(임대차계약서에 전대 시 임대인 동의가 필요 없다는 특약이 있는 경우는 해당 임대차계약서 사본)
• (상가건물의 일부만 임차한 경우 등) 해당 부분의 도면 등	• (좌 동)

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.2.28. 이후 사업자등록 분부터 적용

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7. 재화의 공급으로 보지 않는 재화 범위 확대(부가가치세법 시행령 제19조의2)

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가. 개정취지

• 기업의 복리후생 활동 지원

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 사업자가 실비변상적ㆍ복리후생적 목적으로 근로자에게 제공하는 것으로서 재화의 공급으로 보지 않는 대상	□ 재화의 공급으로 보지 않는 대상 확대
• 작업복ㆍ작업모ㆍ작업화	• (좌 동)
• 직장체육ㆍ문화와 관련된 재화
• ①~② 각각 재화의 사용인 1인당 연간 10만 원 이하 재화	• ①~③ 각각 재화의 사용인 1인당 연간 10만 원 이하 재화
① 경조사와 관련된 재화	① (좌 동)
② 설날ㆍ추석 등* 과 관련된 재화 * 창립기념일, 생일 등 포함	② 설날ㆍ추석과 관련된 재화
<신 설>	③ 창립기념일, 생일 등과 관련된 재화

다. 적용시기 및 적용례

• 2024.11.12.이 속하는 과세기간에 공급하는 분부터 적용

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8. 기술보증기금의 보증 용역에 대한 부가가치세 면제 명확화(부가가치세법 시행령 제40조 제1항)

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가. 개정취지

• 금융ㆍ보험 용역 면세범위 명확화

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 면세하는 금융ㆍ보험 용역의 범위	□ 면세 범위 명확화
• 「은행법」에 따른 은행업무, 「자본시장법」에 따른 집합투자업, 「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금업 등	• (좌 동)
<추 가>	• 「기술보증기금법」에 따른 보증업무

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9. 분할ㆍ분할합병 시 세금계산서 발급ㆍ수취 특례 신설(부가가치세법 시행령 제69조 제21항)

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가. 개정취지

• 세금계산서 발급ㆍ수취 편의 제고

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 세금계산서 발급ㆍ수취 특례* * 재화ㆍ용역을 공급하는 자가 아닌 경우에도 세금계산서 발급을 예외적으로 허용	□ 특례 사유 추가
• (위탁ㆍ대리 판매 등) 수탁자ㆍ대리인이 재화를 인도하는 경우 수탁자ㆍ대리인이 위탁자 또는 본인 명의로 발급 등	• (좌 동)
• (합병) 합병에 따라 소멸하는 법인이 합병기일부터 합병등기일까지 재화ㆍ 용역을 공급하거나 공급받는 경우 합병으로 존속ㆍ신설되는 법인이 세금계산서 발급ㆍ수취
<신 설>	• (분할ㆍ분할합병) 분할ㆍ분할합병에 따라 소멸하는 법인이 분할ㆍ분할합병기일부터 분할ㆍ분할합병등기일까지 재화ㆍ용역을 공급하거나 공급받는 경우 분할ㆍ분할합병으로 존속ㆍ신설되는 법인*이 세금계산서 발급ㆍ수취 * 해당 재화ㆍ용역의 공급에 대한 권리와 의무를 승계한 경우

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.2.28. 이후 공급하는 분부터 적용

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10. 판매ㆍ결제대행 자료 제출 대상 확대(부가가치세법 시행령 제121조 제2항)

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가. 개정취지

• 세원투명성 제고

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 판매ㆍ결제 대행ㆍ중개 자료 제출	□ 자료제출 대상 사업자 확대
• (대상) 국내사업자의 재화ㆍ용역의 공급과 관련하여 판매ㆍ결제를 대행ㆍ중개하는 자	• 앱 마켓사업자 및 국외플랫폼(비거주자 또는 외국법인) 추가
① 통신판매중개업자(오픈마켓 등) 등* * 결제대행업체, 전자금융업자 등	• (좌 동)
② ①과 유사한 사업을 수행하는 자로서 다음 어느 하나에 해당하는 자 - 게시판* 을 운영하여 재화ㆍ용역의 공급을 중개하는 자로서 국세청장이 고시하는 사업자 * 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 §2①(9)
<추 가>	- 앱 마켓사업자* * 「전기통신사업법」 §2(13)：부가통신역무를 제공하는 사업 중 모바일콘텐츠 등을 등록ㆍ 판매하고 이용자가 모바일콘텐츠 등을 구매할 수 있도록 거래를 중개하는 사업을 하는 자
<추 가>	③ ①~②와 유사한 사업을 수행하는 비거주자 또는 외국법인
• (자료) 월별 거래명세	• (좌 동)
• (기한) 매 분기 말일의 다음 달 15일

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.7.1. 이후 판매ㆍ결제를 대행ㆍ중개하는 분부터 적용

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11. 과학용 등 수입재화 면세 관련 연구기관 범위 명확화(부가가치세법 시행규칙 제40조 제7호의2)

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가. 개정취지

• 과학용 등 수입재화 면세 적용 연구기관 명확화

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 면세하는 과학용 등 수입재화 관련 과학기술 연구개발 시설의 범위	□ 연구기관 범위 현행화
• 「특정연구기관법」에 따른 연구기관 「과기출연기관법」에 따라 설립된 연구기관 등	• (좌 동)
<추 가>	• 「우주항공청법」에 따라 설립된 한국항공우주연구원 및 한국천문연구원

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12. 한국표준산업분류 개정에 따른 업종명칭 현행화

(조세특례제한법 제106조 제5항, 같은 법 시행령 제106조 제18항, 같은 법 시행규칙 제48조 제5항 신설)

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가. 개정취지

• 한국표준산업분류 개정 반영

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 간이과세 적용 제외* 예외 업종 * 간이과세가 적용되지 않는 다른 사업장을 보유한 사업자 등(부가법 §61①)	□ 제외 대상 확대
• 개인택시운송업, 이용업, 미용업 등	• (좌 동)
• 용달 및 개별 화물자동차운송업, 기타 도로화물운송업	• 대형 화물ㆍ특수자동차 이용하지 않는 일반ㆍ개인 화물자동차운송업, 기타 도로화물운송업

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13. 일반택시 부가가치세 납부세액 경감 관련 가산세 보완

(조세특례제한법 제106조의7, 같은 법 시행령 제106조의12)

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가. 개정취지

• 가산세 추징규정 합리화

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 일반택시 부가가치세 경감세액 미지급* 시 가산세 등 추징 * 일반택시사업자는 경감세액(부가가치세 납부세액의 99/100) 중 부가가치세 납부세액의 90/100을 운수종사자에게 지급	□ 미지급 경감세액 가산세 추징 배제규정 신설
• (추징금액) ① + ② + ③	• (좌 동)
① 미지급경감세액 상당액
② 이자상당액 - 미지급경감세액 상당액 × 미지급기간*(일) × 0.022% * 부가가치세 신고납부기한 종료일 익일부터 추징세액 고지일까지의 기간
③ 가산세 - 미지급경감세액 상당액 × 40%
<신 설>	- 운수종사자의 운수종사자의 사망, 거주불명 등록으로 경감세액 미지급시 가산세(③) 추징 배제

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.1.1. 이후 미지급이 발생하는 분부터 적용

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14. 면세점 송객용역 매입자 납부특례 도입

(조세특례제한법 제106조의11, 제108조의3, 같은 법 시행령 제106조의15, 같은 법 시행규칙 제48조의7)

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가. 개정취지

• 세원투명성 제고

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나. 개정내용

종 전

개 정

<신 설>

□ 면세점 송객용역 부가가치세 매입자 납부특례 도입 • (송객용역 정의) 면세점에 관광객을 유치ㆍ알선하기 위한 목적으로 면세점을 홍보하거나 관광객을 모집, 안내 또는 기타 편의를 제공하는 행위 • (대상자) 면세점 및 여행사 • (납부절차) ① 면세점ㆍ여행사는 국세청장이 지정한 금융회사등에 전용계좌 개설 - 상호 및 “면세점송객용역거래계좌” 문구 표시 - 단일 거래계좌를 복수 사업장에 사용 가능하며, 사업장별 복수 거래계좌 개설 가능 ② 매입자는 전용계좌에 공급가액과 부가가치세액을 공급받은 날부터 7일 이내에 입금* * 미입금 가산세：부가가치세액 × 미입금기간 × 0.022% ③ 지정금융회사등은 공급가액을 매출자의 전용계좌로 입금하고, 신고기한(매 분기 다음달 25일)까지 부가가치세액을 국세청에 납부 • (환급보류) 송객용역 매출액/매입액 비율이 70% 이하인 경우 신고기한 후 최대 6개월간 환급 보류 - 다만, 환급금액이 500만원 이하이거나, 최근 3년간 조세범처벌ㆍ결손처분 사실이 없고 최근 1년간 국세체납ㆍ전용계좌미이용 사실이 없는 사업자는 제외 • (매입세액 환급 범위) 국세청장이 지정한 금융회사등은 매출자에게 매출세액 범위 내에서 매입세액 환급 가능

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.7.1. 이후 송객용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용

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15. 외국인 숙박 부가가치세 환급 대상 확대(조세특례제한법 제107조의2, 같은 법 시행령 제109조의2)

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가. 개정취지

• 외국인관광 활성화

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나. 개정내용

종 전	개 정
□ 외국인관광객 숙박용역 부가가치세 환급	□ 환급 대상 숙박업 범위 확대
• (개요) 외국인관광객 등이 공급받은 숙박용역에 대한 부가가치세 환급 * 특례적용호텔에서 30박 이하 숙박시 환급창구(출국장, 도심)에서 환급	• (좌 동)
• (대상) 호텔업* * 「관광진흥법」 §3①(2) 가목	• 호텔업 및 휴양콘도미니엄업* * 「관광진흥법」 §3①(2) 나목

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.4.1. 이후 숙박용역을 공급받는 분부터 적용

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16. 택시 자동차 부가가치세 환급절차 등 규정(조세특례제한법 시행령 제105조의2 신설)

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가. 개정취지

• 택시 자동차 부가가치세 환급대상, 절차 등 규정

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나. 개정내용

종 전

개 정

<신 설>

□ 택시 자동차 부가가치세 환급제도 • (대상) 일반택시 및 개인택시 간이과세자 • (환급대행자) 택시조합 추가 • (환급절차) 직접환급 또는 환급대행 신청 - (직접환급) 자동차 인도일이 속하는 달의 다음달 15일까지 환급신청서 등* 을 관할 세무서에 제출 * 세금계산서, 자동차등록증, 택시운전자격증명 등 → 신청기한 후 15일 이내에 관할 세무서에서 환급 - (환급대행) 환급대행신청서 등을 환급대행자에게 자동차 인도일이 속하는 달의 다음달 말일까지 제출* * 판매수탁자는 서류 제출일의 다음날까지 판매위탁자에게 제반서류 송부 - 환급대행자는 환급대행 신청일* 이 속하는 달의 다음달 15일까지 환급신청서 등을 관할 세무서에 제출 * 판매위탁자가 판매수탁자로부터 제반서류를 받은 경우 서류를 받은 날 → 신청기한 후 15일 이내에 관할 세무서에서 환급 → 세무서에서 받은 환급세액을 5일 이내에 지급 • (부정환급시* 제재) 환급받은 부가가치세액에 이자상당액** 을 더하여 추징 * 환급받은 자동차의 용도외 사용ㆍ양도, 세금계산서 부정발급ㆍ기재 등 ** 환급받은 부가가치세액×환급받은 날의 다음날부터 추징세액 고지일까지의 기간×0.022% - 자동차 폐차ㆍ차령초과ㆍ멸실, 면허의 실효ㆍ취소, 사업의 양도ㆍ폐업 등의 경우 추징 제외

다. 적용시기 및 적용례

• 2025.1.1. 이후 재화를 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용

※ 개인택시용 자동차 부가가치세 환급 제도(조세특례제한법 제105조의3 2023.12.31. 신설, 2025.1.1. 시행)

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