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이슈앤포커스

종합부동산세 합산배제ㆍ과세특례 9월말까지 신고하세요

by 삼일아이닷컴 2026. 9. 14.

국세청은 올해 종합부동산세 합산배제와 과세특례 적용이 예상되는 납세자 4.8만 명에게 안내문을 발송하였다고 밝혔습니다.합산배제와 과세특례 대상 부동산을 소유한 납세자가 9월 16일부터 9월 30일까지 신고ㆍ신청을 하면 11월 정기고지 때 해당 부동산이 비과세되거나, 1세대 1주택자 등으로 과세되는 혜택을 받을 수 있습니다. 기존에 신고ㆍ신청한 경우에는 계속 적용되므로 다시 하지 않아도 되지만, 임대주택 등록 말소 등으로 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 변동내용을 반드시 신고해야 합니다. 한편, 올해부터 공동명의 1주택자에 대한 납세의무 등에 관한 특례를 신청하는 경우, 본인 및 배우자의 소유 지분과 관계없이 공동 소유자간 합의로 납세의무자를 정하여 신청할 수 있습니다.

(출처: 국세청)

 

 

 

1. 합산배제와 과세특례 신고ㆍ신청 안내 개요

□ 국세청은 합산배제와 과세특례 신고ㆍ신청을 받아 이를 11월 종합부동산세 정기고지에 반영하기 위해 9월 9일부터 합산배제 대상 주택 소유자ㆍ일시적 2주택자 등 4.8만 명에게 신고ㆍ신청안내문*을 발송하였다.

* 안내문 발송: 모바일 안내문 9.9.(수), 우편 안내문 9.14.(월)

□ 합산배제 대상인 임대주택, 사원용주택등과 주택신축용토지의 소유자와 과세특례 대상인 일시적 2주택ㆍ상속주택ㆍ지방 저가주택ㆍ소형 신축주택 소유자 등은 9월 16일부터 9월 30일까지 홈택스 또는 서면으로 합산배제와 과세특례를 신고ㆍ신청하여야 한다.

ㅇ 합산배제를 신고한 물건은 11월 종합부동산세 정기고지 시 과세대상에서 제외되며, 일시적 2주택ㆍ상속주택 등의 1세대 1주택자 과세특례를 신청한 납세자는 1세대 1주택자 계산방식이 적용된다.

□ 종합부동산세 관련 법령이 복잡하여 납세자가 어려움을 호소함에 따라 납세자 유형별로 필요한 내용만 간추려 맞춤형 안내를 실시한다.

ㅇ (사업자 유형별 안내) 합산배제 안내문을 「주택 임대사업자」용과 「주택 건설사업자」용으로 세분화하여 납세자 유형별 맞춤 안내*를 실시한다.

* (주택 임대사업자) 임대주택 합산배제 요건, 임대주택 관련 합산배제 유의사항 등

(주택 건설사업자) 주택건설사업 관련 합산배제 유형 및 적용요건, 추징사유 등

ㅇ (소형 신축주택 맞춤형 안내) 과세기준일 현재(6.1.)까지 취득한 소형 신축주택1)을 소유한 납세자가 세율 적용 시 주택 수 제외 특례 신청을 하여 3주택 이상자에게 적용되는 중과세율2)을 적용받지 않도록 안내문을 발송하였다.

1) 전용면적 60m2 이하, 취득가액 6억 원 이하(비수도권은 3억 원 이하), 아파트 제외 등

2) 3주택 이상자 중과세율 0.5%~5%, 2주택 이하자 세율 0.5%~2.7%

ㅇ (홈택스 안내) 임대주택 합산배제 자가진단, 종부세 세액 모의계산, 각종 신청화면 등에 접속할 수 있는 홈택스 경로를 안내하고 복잡한 설명 내용은 간소화하였다.

2. 합산배제 신고 제도

□ 대상물건

ㅇ 합산배제 신고 대상은 전용면적 및 공시가격 등 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택 등(기숙사, 미분양주택, 멸실예정주택 등)과 주택건설 사업자가 주택건설을위해 취득한 토지가 해당한다.

* 자세한 요건은 하단 “[참고] 합산배제 적용요건” 참조

◈ 홈택스 「임대주택 합산배제 자가진단」 서비스를 이용하면 소유하고 있는 임대주택이 합산배제 대상인지 여부를 쉽게 판단할 수 있다.
* (접근경로) 홈택스(하단) 세무 업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》종합부동산세 고지ㆍ모의계산》임대주택 합산배제 진단

ㅇ (임대주택) 일정 요건을 충족한 주택으로서 과세기준일(6.1.) 현재 실제 임대하고 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록을 한 주택을 말한다.

※ 6.1. 현재 임대 중인 주택을 9.30.까지 사업자등록하면 6.1. 사업자등록을 한 것으로 인정

ㅇ(사원용주택 등) 일정 요건을 갖춘 사원용주택, 기숙사, 주택건설업자의 미분양주택, 주택건설을 위한 멸실예정주택, 등록문화재주택 등을 말한다.

ㅇ (주택신축용 토지) 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 내 주택법에 따른 사업계획승인을 받을 토지를 말한다.

□ 신고유형

ㅇ (최초ㆍ추가 신고) 최초로 합산배제 신고를 하거나, 합산배제 대상물건을 추가하려는 경우에는 대상물건을 추가(과세대상 제외)하는 신고를 하면 된다.

ㅇ (변동 신고) 기존 합산배제 신고한 물건의 소유권, 면적 등 변동사항이 있는 경우 이를 반영하여 합산배제 신고를 다시 하여야 한다.

ㅇ (제외 신고) 임대등록이 말소되었거나 임대료의 5%를 초과하여 임대계약을 갱신하는 등 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 제외(과세대상 포함)하는 신고를 하여야 한다.

ㅇ (신고 면제) 기존 합산배제 신고서를 제출한 납세자는 신고내용에 변동사항(소유권, 면적 등)이 없는 경우에는 별도로 신고할 필요가 없다.

3. 과세특례 신청 제도

1세대 1주택자 특례

□ 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례

ㅇ 1세대 1주택자가 기존주택을 양도하기 전 다른 주택을 대체취득(일시적 2주택)하거나, 상속주택, 지방저가주택을 소유하는 경우 납세자 신청에 따라 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있다.

◾특례신청 효과

※세액공제:1세대 1주택자의 경우 연령별ㆍ보유기간별 세액공제 합계 최대 80% 적용

ㅇ (신청대상) 과세기준일인 ’26.6.1. 현재 1주택과 아래 주택을 함께 보유한 경우 주택 수 산정 특례를 신청하실 수 있다.

◾(일시적 2주택) 1세대 1주택자가 기존 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체 취득하여 과세기준일 현재 일시적으로 2주택이 된 경우로, 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우
◾ (상속주택) 상속을 원인으로 취득한 주택으로서 과세기준일(6.1.) 현재 아래 어느 하나에 해당하는 주택
㉠ 상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 주택
㉡ 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택
㉢ 상속지분 상당 공시가격이 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하인 주택
◾ (지방 저가주택) 공시가격 4억원 이하인 주택 1채
㉠ 수도권:경기 가평군ㆍ연천군, 인천 강화군ㆍ옹진군
㉡ 수도권 밖 광역시ㆍ특별자치시:군, 읍ㆍ면 지역
㉢ 수도권 밖 도(道)ㆍ제주도:모든 지역

ㅇ (유의사항) 일시적 2주택자가 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하지 않는 경우 경감받은 세액(정상납부할 세액과 과소납부한 세액의 차액)과 이자상당가산액이 부과되니 유의하여야 한다.

□ 부부 공동명의 1주택자 특례

ㅇ 부부가 공동으로 1주택을 소유하고 있는 경우 특례 신청 시 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있다.

ㅇ (신청대상) 과세기준일인 ’26.6.1. 현재 거주자*인 부부가 공동으로 1주택만을 소유하고, 다른 세대원은 주택을 소유하지 않아야 한다.

* 국내에 주소를 두거나 183일 이상 국내에 거소를 둔 개인

ㅇ (세제상 차이) 특례 적용 시와 미적용 시 차이점은 아래와 같다.

ㅇ (유의사항) 부부 공동명의 특례 적용이 오히려 불리할 수도 있으니, 홈택스(손택스) 종부세 모의세액계산 서비스* 등을 활용하여 특례 적용 유불리 여부를 검토 후 신청하시기 바란다.

* 홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》종합부동산세 고지ㆍ모의계산》모의계산손택스》전체메뉴》세금신고》종합부동산세 신고》종합부동산세 간이세액계산

□ 1세대 1주택자 보유기간 계산 특례

ㅇ 1세대 1주택자가 소유한 주택이 멸실되어 재건축ㆍ재개발된 주택 또는 배우자로부터 상속받은 주택에 해당하는 경우 「1세대 1주택 보유기간 계산 특례신청」을 해야 보유기간에 따른 세액공제 적용이 가능하다.

◾보유기간 계산 특례 신청 대상(’25년 신설)
㉠ 과세기준일(6.1.) 현재 1세대 1주택자*일 것
* 1세대 1주택자란 납세의무자 본인은 1주택만을 보유하고 세대원은 무주택인 경우를 말함
㉡ 해당 주택이 아래 하나의 주택에 해당할 것

세율 적용 주택 수 특례

□ 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례

ㅇ 상속주택, 무허가주택 부속토지, 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택, 인구감소(관심)지역주택 소유자가 특례 신청 시 해당 주택은 세율 적용 시 주택 수 계산에서 제외되어 3주택 이상자에게 적용되는 중과세율을 적용받지 않을 수 있다.

ㅇ (신청대상) 과세기준일인 ’26.6.1. 현재 소유하고 있는 아래 주택은 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례를 신청할 수 있다.

◾ (상속주택) 상속을 원인으로 취득한 주택으로 아래 어느 하나에 해당하는 주택
㉠ 상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 주택
㉡ 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택
㉢ 상속지분 상당 공시가격이 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하 인 주택
◾ (무허가주택의 부속토지) 토지를 사용할 수 있는 권원이 없는 자가 「건축법」 등 관계 법령에 따른 허가 또는 신고를 하지 않고 건축하여 사용 중인 주택의 부속토지
◾ (소형 신축주택 및 준공 후 미분양주택)

◾ (인구감소지역 및 인구감소관심지역 주택)

ㅇ (유의 사항) 상속주택 등 특례 주택을 제외하고 그 외 나머지 주택 수가 3주택 이상이면 중과세율이 적용될 수 있다.

□ 법인 일반 누진세율 적용 특례

ㅇ 공익법인, 공공주택사업자 등 일정한 법인은 특례 신청 시 주택분 종합부동산세 기본공제, 일반 누진세율, 세부담상한을 적용*받을 수 있다.

* 그 외 일반법인이 보유한 주택은 종합부동산세 계산 시 단일세율(2.7%, 5%)이 적용되고, 기본공제 및 세부담 상한 적용 배제

ㅇ (신고대상) 과세기준일인 ’26.6.1. 현재 법에서 열거한 아래 법인 또는 법인으로 보는 단체는 특례를 신고할 수 있다.

일반 누진세율 적용 대상 법인
1. 「상속세 및 증여세법」에서 정하는 공익법인 등(종교단체・학교・사회복지법인 등)
2. 「공공주택 특별법」에서 정하는 공공주택사업자
3. 「주택법」에서 정하는 주택조합
4. 「도시 및 주거환경정비법」 등에서 정하는 재건축・재개발 정비사업시행자
5. 건설임대주택과 비과세・사원용주택 등만을 보유하는 건설임대주택사업자
6. 정관・규약상 설립 목적이 구성원의 주택 공동사용 또는 취약계층 주거지원이고, 그 목적에 사용되는 주택만을 보유한 「사회적기업 육성법」에 따른 사회적기업 또는 「협동조합 기본법」에 따른 사회적협동조합
7. 종중(宗中)

ㅇ (세제혜택) 특례 신청 법인은 아래와 같이 주택분 종합부동산세 기본공제, 일반누진세율, 세부담상한을 적용받을 수 있다.

ㅇ (유의사항) 공익법인 등은 직접 공익목적사업에 사용하지 않는 주택이 1채라도 있는 경우 최고 5%까지 중과세율이 적용될 수 있다.

4. 다양한 신고도움 서비스 제공

□ 홈택스를 이용하여 전자신고ㆍ신청를 하면 합산배제와 과세특례 신고ㆍ신청에 필요한 내용을 미리채움으로 제공받으므로 쉽고 편리하게 신고ㆍ신청*할 수 있다.

* 홈택스(하단) 세무 업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》각 신고(신청) 메뉴 선택

ㅇ 서면으로 신고ㆍ신청하시는 경우 홈택스(www.hometax.go.kr)* 또는 세무서에서 신고ㆍ신청 서식을 제공받아 작성하면 된다.

* 홈택스》(웹페이지 우측 메뉴)세무서식》세무서식 다운로드

□ 홈택스 ‘종합부동산세 모의세액계산 프로그램’을 이용하면 부부 공동명의 특례 적용 시 세액, 1세대 1주택자 특례 적용 시 세액 등 본인이 납부해야 할 예상세액을 미리 모의계산해 볼 수 있다.

* (홈택스) 홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》종합부동산세 고지・모의계산

□ 임대주택은 종류, 소재지, 취득시기 등 다양한 조건에 따라 합산배제 가능 여부가 달라지는데, 홈택스 ‘임대주택 합산배제 자가진단’을 이용하면 합산배제 가능 여부를 쉽게 알아볼 수 있다.

* 홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》임대주택 합산배제 진단

□ 또한, 안내문에 기재된 각 세무서 담당자 또는 국세청 국세상담센터에 문의하시면 친절히 안내받을 수 있다.

□ 합산배제와 과세특례를 적용받은 후 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 등을 추가 납부해야 하므로 성실하게 신고・신청하여야 한다.

납세자가 잘못 신고・신청한 주요 사례
① 과세기준일(6.1.) 현재 임대 개시한 주택으로 종합부동산세 합산배제 신고를 하였지만, 합산배제 신고 종료일까지 지자체 임대등록 및 세무서 사업자등록을 하지 않은 경우
② 의무임대기간 경과 전 임대주택을 양도 또는 임대사업자 등록이 말소된 경우
③ 임대료의 5%를 초과하여 임대계약을 갱신하였으나 임대주택 합산배제 신고한 경우
④ 주택건설업자 등이 보유한 주택신축용 토지의 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 경우
⑤ 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득한 주택(멸실예정 주택)을 합산배제 신고하였으나, 취득일로부터 3년 내 멸실하지 못한 경우
⑥ 일시적 2주택 특례를 신청하였으나, 신규주택 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하지 못한 경우

[참고] 합산배제 적용요건

□ 임대주택 유형별 합산배제 요건(「종합부동산세법 시행령」 제3조)

ㅇ 과세기준일(6.1.) 현재 실제 임대하는 주택으로서, 합산배제 신고기한까지 지자체 임대등록 및 세무서 사업자등록을 하고 아래 요건을 갖춘 주택

□ 주요 합산배제 사원용주택 등(「종합부동산세법 시행령」 제4조)

□ 주택 건설업자의 주택신축용 토지(「조세특례제한법」 제104조의 19)

ㅇ (취득주체) (도시정비법)정비사업시행자, (소규모주택정비법)소규모주택정비사업시행자, (주택법)주택조합・고용자・주택건설등록사업자, 프로젝트금융투자회사(PFV)가 취득

ㅇ (주택신축용토지) 주택건설을 목적으로 취득한 종합합산토지로서 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획 승인*을 받을 토지

* 취득일로부터 5년 이내 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 추징

 


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