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객원전문가칼럼

자산양도차손이 발생한 물적분할에 관한 쟁점

by 삼일아이닷컴 2025. 1. 22.

객원 전문가 칼럼니스트 "강우룡"

법무법인(유) 화우 공인회계사

자산양도차손이 발생한 물적분할에 관한 쟁점

1. 개 요
분할법인이 물적분할을 하면 분할신설법인에 자산 및 부채를 이전하고 그 대가로 분할신설법인의 주식을 취득하게 되므로 그 거래의 성격은 자산의 유상 이전이라 할 것인바, 법인세법은 인적분할에 관한 규정에는 분할에 따른 자산의 이전을 자산의 양도거래로 의제하는 조항을 둔 것과 달리 물적분할에 관한 규정은 해당 거래가 자산양도거래임을 전제하고 있다. 분할법인의 물적분할로 발생한 양도손익은 이전대상 자산에 내포되어 있던 미실현손익 즉 이전대상 자산의 장부가액과 시가와의 차액이 될 것이다.
법인세법은 분할법인이 적격요건을 갖춘 물적분할(이하 “적격 물적분할”)에 의하여 분할신설법인 주식을 취득한 경우 그 주식 등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있다(법인세법 제47조 제1항). 분할법인이 적격 물적분할에 따라 분할신설법인에 분할대상 자산 및 부채를 이전함에 따라 자산양도차익이 발생한 경우 이를 과세특례의 대상으로 하여 분할등기일이 속한 사업연도에 손금에 산입하는 방법으로 과세이연 특례를 부여하겠다는 것이다.
그런데, 법인세법상 인적분할에 관한 규정은 분할로 발생한 분할법인의 자산양도손익을 분할등기일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입하도록 하여, 자산양도차익 뿐만 아니라 자산양도차손이 발생하는 경우 또한 상정하면서 이에 대한 처리방법을 규정하는 반면, 물적분할에 관한 규정은 자산양도차익이 발생하는 경우만을 상정하고 있을 뿐 자산양도차손에 대해서는 특별한 규정을 두고 있지 않다.
분할법인이 물적분할을 하여 자산양도차손이 발생하는 경우, 해당 양도차손을 손금에 산입하면 되므로 자산양도차익의 발생을 전제로 한 법인세법 제47조 제1항 소정의 자산양도차익에 대한 과세특례의 적용대상은 아니라 할 수 있는데, 이를 근거로 자산양도차손이 발생하는 물적분할은 적격 물적분할이 아니고 이에 따라 적격 물적분할에 적용되는 제반 과세특례 적용이 배제된다고 볼 수 있는 것인가?
실제로 위 의문에 관하여 해석상 견해의 대립이 현존해 있고, 최종적인 법원의 판결로 정리되지 않아 법적 불확실성이 존재하는 상황이다.
2. 자산양도차손이 발생한 물적분할의 비적격분할 여부에 대한 견해의 대립
물적분할에 대한 과세특례는 해당 분할이 ‘적격 물적분할’에 해당하는지를 기준으로 그 적용 여부가 결정되므로, 물적분할에 따른 자산양도차익의 발생이 적격 물적분할 요건의 일부를 구성하는지 여부가 쟁점이 될 수 있다.
(가) 긍정설
국세청 법규과는 “내국법인이 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 물적분할을 하였으나, 분할법인이 취득한 분할신설법인 주식의 가액이 분할신설법인에게 승계하는 순자산의 세무상 장부가액이 많아 양도차손이 발생하는 경우에는 비적격물적분할에 해당하는 것임.” 이라고 해석한 바 있다(법규법인2021-458, 2013. 1. 28. 참조).
법인세법 제47조 제1항은 “분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 및 제3항에 따른 적격분할의 요건(같은 조 제2항 제2호의 경우에는 분할대가의 전액이 주식등인 경우로 한정한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 …”라고 규정하고 있는데, 동 규정상 적격 물적분할 요건으로 ‘(1) 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득, (2) 법인세법 제46조 제2항 및 제3항에 따른 적격분할의 요건(분할대가의 경우 전액이 주식)을 갖출 것’ 외에 ‘(3) 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익’까지 포함시켜 해석한 것으로써, 법인세법상 적격 물적분할에 대한 제도의 취지가 물적분할로 발생한 자산양도차익의 과세이연에 있는 이상, 자산양도차손이 발생한 물적분할은 애초에 이러한 제도의 취지와는 무관한 것으로 특례의 대상으로 포함시킬 이유가 없다는 뜻으로 이해된다.
(나) 부정설
행정안전부 지방세특례제도과는 “지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호에서는 ‘법인세법 제46조 제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산’에 대해서는 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 법인세법 제47조 제1항에서는 ‘분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식 등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 경우’ 로 규정하고 있으므로, 물적분할 시에도 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 재산을 취득하는 경우에 취득세를 면제하는 것으로 보아야 할 것임.” , “ 또한 법인세법 제46조 제2항 각호의 외의 부분은, 같은 법 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에 분할법인이 분할신설법인으로 부터 받은 양도가액을 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아서 양도손익이 없는 것으로 처리 할 수 있도록 하는 등 국세의 세무조정에 대해 규정한 사항이라 할 것이므로, 이는 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호의 취득세 면제요건에 해당되지 않는 것으로 보는 것이 타당할 것임.”, “ 따라서, 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식 등을 취득한 경우로서 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 경우라면, 물적분할 시 양도손익이 발생할 경우에도 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제2호에 따라 취득세를 면제할 수 있는 것으로 보임. 다만, 지방세 감면에 관한 사항은 과세권자가 구체적인 사실관계를 확인하여 최종 결정할 사항임.”이라고 해석한 바 있다(지방세특례제도과-405, 2016. 2. 23. 참조).
한편 국세청장도 납세자가 국세청장에게 제기한 과세전적부심사에서 위 법규법인2021-458, 2013. 1. 28. 해석을 근거로 자산양도차손이 발생한 물적분할은 적격요건을 갖추더라도 비적격분할에 해당한다고 주장하는 사안에서 “청구법인은 쟁점 물적분할 당시 양도차손이 발생하였으므로 쟁점 물적분할이 비적격분할에 해당한다고 주장하나, 쟁점 물적분할 시 양도차익 또는 양도차손이 발생하였는지 여부는 별론으로 하더라도, 단순히 분할 당시 양도차손이 발생하였다는 이유만으로 법인세법 제46조 제2항 각 호의 적격분할 요건을 갖추었음에도 불구하고 비적격분할로 보아 분할신설법인 주식의 가치를 순자산가치로만 평가하는 것은 그 평가액이 왜곡될 우려가 있어 적절하지 못하다고 판단된다.”라고 하여 청구인의 주장을 배척한 바 있다(적부2021-0026, 2021. 7. 14.).
즉, 적격 물적분할 요건은 (1) 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득, (2) 법인세법 제46조 제2항 및 제3항에 따른 적격분할의 요건(분할대가의 경우 전액이 주식)을 갖출 것에 한하는 것이고, (3) ‘물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익’의 손금산입은 그 자체를 적격 물적분할 요건으로는 볼 수 없고, 적격 물적분할에 대한 법인세법상 과세특례 방법에 불과하다는 것이다.
자산양도차손이 발생하는 물적분할의 적격 물적분할 요건 충족 여부에 대한 견해의 대립이 있고 두 견해가 일응의 타당성을 갖추고 있어, 어느 견해가 적법하다고 단정할 수는 없으나, 아래와 같은 이유에 비추어 보면 부정설 즉 자산양도차손이 발생하더라도 적격분할 요건을 갖춘 분할이라면 적격 물적분할로 보아야 한다는 견해가 좀더 타당해 보인다.
법인세법 제47조 제1항의 문언해석상으로는 “분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 및 제3항에 따른 적격분할의 요건(같은 조 제2항 제2호의 경우에는 분할대가의 전액이 주식등인 경우로 한정한다)을 갖춘 경우” 부분만을 적격 물적분할의 요건으로 봄이 타당하고, “그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.” 부분은 적격 물적분할의 요건을 갖춘 분할에 따른 과세특례의 적용방법을 규정한 것으로 해석함이 좀더 타당해 보인다.
또한, 법인세법상 분할에 대한 과세특례 제도의 근본적인 취지가 조세회피의 목적이 아닌 사업적 목적을 갖춘 것으로서 분할 전 후의 실질적 동일성을 갖춘 분할에 대하여 세제상 특례를 부여함으로써 분할을 이용한 사업구조조정을 지원하는데 있는바, 이러한 입법취지를 고려하여 보더라도 단지 자산양도차손이 발생한다는 이유로 과세특례 제도의 적용을 배제할 합리적 이유를 생각하기 쉽지 않고, 특히 인적분할과 달리 물적분할에 대해서만 자산양도차손이 발생하는 분할을 과세특례 대상에서 제외할 이유를 찾기 어렵다.
3. 자산양도차손이 발생한 물적분할의 비적격분할 여부에 대한 견해의 대립으로 인한 실무상 문제
위와 같이 적격 물적분할의 요건에 관한 견해의 대립이 있는 상태에서, 최종적인 법원의 판단은 이루어진 바 없다. 혹자는 적격분할 여부는 법인세의 입장에서는 물적분할에 따른 자산양도차익에 대한 과세이연 적용인지를 판단하는 기준이고, 지방세의 경우는 분할신설법인이 취득하는 자산에 대한 취득세 과세특례 적용여부를 판단하는 기준이므로, 국세와 지방세 적용에 있어서 달리 판단이 이루어지더라도 현실적인 문제는 없다고 생각할 수 있고, 실제로 위와 같은 이유로 인하여 현재까지 동 쟁점에 관한 분쟁이 많지 않아 법원의 판단까지 이루어지지 않았다고 볼 수 있다.
그러나, 적격 물적분할의 요건에 따른 판단의 기준은 법인세법 제47조 제1항 하나임에도 국세와 지방세에 있어 이를 달리 해석 적용한다는 것은 결코 바람직한 법령이 적용이 아닐 것이며, 특히 법규의 엄격해석 및 적용이 보다 강하게 요구되는 과세특례 조항의 적용기준이라는 점에서 더욱 그렇다.
위와 같은 상황에서 납세자의 입장에서는 과세관청이 과세의 유불리의 관점에서 현재와 다른 입장을 취할 가능성이 상존하여 납세자의 예측가능성을 침해하고 있다. 실무적으로 문제가 되는 예를 제시하면 아래와 같다.
○ 공제 감면의 승계
법인세법은 적격 물적분할의 경우에도 인적분할과 달리 모든 세무조정 사항의 승계, 이월결손금의 승계 등을 허용하지는 않으나 감면 및 세액공제는 승계를 허용하고 있다(법인세법 제47조 제4항 ∙ 제5항, 법인세법 시행령 제85조).
따라서, 적격 요건을 모두 갖춘 물적분할의 경우 원칙적으로는 분할법인의 공제 감면세액을 승계할 수 있으나, 해당 물적분할이 자산양도차손이 발생하는 것이라면 이러한 공제 감면세액의 승계 여부와 관련하여 법적 불확실성에 직면하게 된다.
○ 포괄적 사업양도 특례
부가가치세법은 재화의 양도로 보지 않는 포괄적 사업양도를 “사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것”로 규정하면서(부가가치세법 제10조 제9항 제2호, 부가가치세법 시행령 제23조), 예외적으로 상법에 따른 분할의 경우 ‘사업장별’ 요건의 적용을 완화하여 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우까지 포함하도록 하고 있고, 법인세법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할 즉 적격 물적분할의 경우에는 ‘사업에 관한 모든 권리와 의무의 포괄승계’요건을 충족한 것으로 보도록 규정함으로써, 상법에 따른 물적분할로서 적격 물적분할의 요건을 갖춘 분할은 포괄적 사업양도의 요건을 갖추었는지 여부와 관계없이 예외가 적용되어 포괄적 사업양도 거래로 간주될 수 있다.
따라서, 적격 물적분할의 경우 부가가치세법상 포괄적 사업양도 거래로 간주될 수 있으나, 해당 물적분할이 자산양도차손을 발생시키는 것이라면, 별도로 사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되었는지 여부를 기준으로 포괄적 사업양도 여부가 판단되어야 하는지 여부에 대한 논란이 발생하게 된다.
4. 결 론
이상과 같이 자산양도차손이 발생하는 물적분할에 대한 쟁점에 대해서 살펴보았다. 납세자는 본 쟁점에 대해서 기존 대립된 해석이 변경되거나 최종 법원의 판단이 이루어져 공적 판단의 기준이 일치하기 전까지는 일정한 불확실성을 감수해야 할 수밖에 없으므로, 이러한 상태가 조속히 정리되길 기대해 본다.


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