AI 국가전략기술 신설 등 세법 시행령 개정안 주요내용

기획재정부는 「2025년 세제개편안(‘25.7.31.)」 및 「지방중심 건설투자 보강방안(‘25.8.14.)」  이행을 위해 AI 등 미래전략산업 지원 강화, 인구감소지역 주택  종합부동산세 세부담 완화 등을 위한 6개 세법 시행령* 개정을 추진합니다.
이번 시행령 개정안은 입법예고(9.12 ~ 10.22(40일)), 차관회의ㆍ국무회의 등의 절차를 거쳐 2025년 11월 중 공포ㆍ시행될 예정입니다.​

(출처: 기획재정부)​

* 조세특례제한법 시행령, 소득세법 시행령, 법인세법 시행령, 종합부동산세법 시행령, 부가가치세법 시행령, 국제조세조정에 관한 법률 시행령

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【조세특례제한법 시행령】

1. 국가전략기술 세부기술 신설 및 확대(조특령 별표7의2)

현 행	개 정 안
□ R&D비용 세액공제 대상 국가전략기술* 세부기술 * 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 40~50%, 중견ㆍ대 30~40%) 적용	□ 세부기술 대상 확대
ㅇ 7개 분야* 71개 기술 * ①반도체 23개, ②이차전지 10개,③백신 7개, ④디스플레이 8개, ⑤수소 10개, ⑥미래형운송ㆍ이동수단 5개,⑦바이오의약품 8개	ㅇ 8개 분야* 78개 기술 * 인공지능 분야 추가
<추 가>	- 7개 신설, 2개 확대 ㆍ(신설) 7개 ㆍ(확대) 2개

<개정이유> 첨단 전략산업 R&D 활성화

<적용시기> ’25.7.1. 이후 발생하는 비용 또는 투자 분부터 적용, 다만, 인공지능 분야와 미래형 운송ㆍ이동수단 분야 중 인공지능형 자율운항과 관련된 세부기술의 경우에는 ’25.1.1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용

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2. 신성장ㆍ원천기술 세부기술 신설(조특령 별표7)

현 행	개 정 안
□ R&D비용 세액공제 대상 신성장ㆍ원천기술* 세부기술 * 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 30~40%, 중견ㆍ대 20~30%) 적용	□ 세부기술 대상 확대
ㅇ 14개 분야* 273개 기술 * ①미래차, ②지능정보, ③차세대S/W ④콘텐츠, ⑤전자정보 디바이스,⑥차세대 방송통신, ⑦바이오ㆍ헬스,⑧에너지ㆍ환경, ⑨융복합소재, ⑩로봇, ⑪항공ㆍ우주, ⑫첨단 소재ㆍ부품ㆍ장비, ⑬탄소중립, ⑭방위산업	ㅇ 14개 분야 273개 기술
<추 가>	- 1개 신설 ※ 1개 기술은 국가전략기술 상향 (미래차: 탑승자 인지 및 인터페이스)

<개정이유> 첨단 전략산업 R&D 활성화

<적용시기> ’25.7.1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용

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3. 인공지능 분야 국가전략기술 사업화시설 세액공제 사후관리 방안 마련(조특령 §21⑤ㆍ⑩ㆍ⑪ㆍ⑭ㆍ(16))

현 행	개 정 안
□ 일반제품을 병행생산하는 경우도 국가전략기술사업화시설로 세제지원하되 사후관리 적용	□ 서비스 제공(인공지능 분야) 국가전략기술 사업화시설 사후관리 방안 마련
ㅇ (관리대상) 일반제품을 병행생산하는 국가전략기술사업화시설	ㅇ 서비스 제공 시설로서 국가전략기술 외 다른 서비스를 제공하는 사업화시설 포함
ㅇ (관리기간) 투자완료일부터 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지 ㅇ (관리기준) 사후관리 기간 동안의 누적 사용비율이 다음 기준을 충족하지 못하는 경우 전용(轉用)한 것으로 간주 - 해당 시설 총 생산량 중국가전략기술 사용 제품 판정기준: 50% 초과	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘
<추 가>	- 서비스 제공 국가전략기술 사업화 시설*: 해당 시설 총 사용시간 중 국가전략기술 관련 서비스 제공 시간이 50% 초과 * 기획재정부령으로 규정
ㅇ (전용시 납부세액) 공제세액 상당액(차액*)+ 이자상당액 납부 * (예) 국가전략기술 사업화시설 공제세액 – 일반시설 공제세액	ㅇ (좌 동)
ㅇ (자료제출) 생산량* 관련 자료 작성ㆍ보관 및 제출(사후관리 마지막 과세연도 법인세 신고시) 의무 * 측정대상, 측정기간, 작성방법 등은 기획재정부령으로 규정	ㅇ 서비스 제공 국가전략기술 사업화시설의 경우 연구개발업무시설 규정* 준용 * 사용시간 관련 자료 작성ㆍ보관 및 제출 의무

<개정이유> 첨단 전략산업 시설투자 활성화

<적용시기> ’25.1.1. 이후 투자 분부터 적용

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4. 인구감소지역 주택 취득 특례 가액요건 상향(조특령 §68의2①)

현 행	개 정 안
□ 인구감소지역 주택 취득자에 대한양도소득세ㆍ종합부동산세 특례* * 1주택자가 인구감소지역 주택 취득시기존 보유주택에 1세대 1주택 특례 적용	□ 지원대상 확대
ㅇ (주택소재지) 인구감소지역 - 단, 수도권 및 광역시 구지역은 제외하되, 수도권 내 접경지역은 포함	ㅇ (좌 동)
ㅇ (주택가액) 공시가격 4억원 이하	ㅇ 비수도권 가액기준 상향 - 수도권 공시가격 4억원,비수도권 공시가격 9억원
ㅇ (적용기간) ‘24.1.4.~26.12.31. 취득분	ㅇ (좌 동)

<개정이유> 지방 건설경기 활성화

<적용시기> ’25.8.14. 이후 취득하는 분부터 적용

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5. 동업기업 소득의 계산 및 배분명세 신고서류 명확화(조특령 §100의24, 조특칙§46의2)

현 행	개 정 안
□ 동업기업 소득 계산 및 배분명세 신고서류	□ 신고서류 명확화
ㅇ 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표와 손익계산서	ㅇ 기획재정부령*으로 정하는 재무상태표와 손익계산서 * 「법인세법 시행규칙」의 표준재무상태표와 표준손익계산서
ㅇ 기획재정부령으로 정하는지분가액조정명세서 ㅇ 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류 등	┐ │ㅇ (좌 동) ┘

<개정이유> 동업기업 제출서류 명확화를 통한 납세자 편의 제고

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【소득세법 시행령】

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1. 연말정산 간소화 관련 자료집중기관 추가(소득령 별표4)

현 행	개 정 안
□ 의료비세액공제 연말정산간소화 자료집중기관	□ 자료집중기관 추가
ㅇ 국민건강보험공단
<추 가>	ㅇ 보건복지부

<개정이유> 납세편의 제고

<적용시기> 영 시행일이 속하는 과세기간 분부터 적용

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2. 퇴직소득 세액정산 방법 보완(대통령령 제35349호 (소득령 §203)

현 행	개 정 안
□ 퇴직소득 세액정산 방법 개정	□ 적용대상 축소
ㅇ (내용) 계산방법 보완 - (~25.12.31) ①전체 산출세액* – ②기지급 산출세액** * 퇴직소득누계액에 대한 퇴직소득세액 ** 기납부 또는 이연된 세액 - (26.1.1.~) ①퇴직소득누계액에대한 퇴직소득세액 – ②(정산전 이연퇴직소득세액* + 정산전까지 원천징수세액) * 퇴직소득누계액에 대한 세액을 이연퇴직소득 비율로 안분 계산	┐ │ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ │ ┘
ㅇ (대상) 기 지급된 퇴직소득 중 이연퇴직소득이 있는 자	ㅇ 이연퇴직소득이 있는 자 중 ‘25.12.31. 이전 방식에 따라 계산 시 환급이 발생하는 경우만 ’26.1.1. 이후 계산방식 적용

<개정이유> 납세편의 제고

<적용시기> ’26.1.1. 이후 퇴직하여 지급받는 소득 분부터 적용

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3. 비수도권 준공 후 미분양 주택 중과 배제 기간 연장(소득령 §167의3)

현 행	개 정 안
□ 준공 후 미분양 주택에 대한 양도소득세다주택자 중과 배제 및 주택수 제외	□ 적용기한 연장
ㅇ (대상주택) 아래 요건을 모두 충족 - 수도권 밖의 지역 소재 - 전용면적 85㎡, 취득가액 6억원 이하
- ‘24.1.10. ~ ’25.12.31. 기간 중 취득	- ‘25.12.31. →’26.12.31.

<개정이유> 지방 건설경기 활성화

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4. 수용시 주택부수토지 판단 기준일 조정(소득령 §154⑦ㆍ§167의5ㆍ§168의12)

현 행	개 정 안
□ 주택부수토지 인정범위	□ 예외 신설
ㅇ (배율*) 토지의 소재지ㆍ용도지역별 상이 * 건물이 정착된 면적에 해당 배율을 곱하여 산정된 면적 이내의 토지만 주택부수토지로 인정 - 도시지역 내 토지: ① 또는 ② ① 수도권 내 주거ㆍ상업ㆍ공업지역: 3배 ② 수도권 내 녹지 및 수도권 밖: 5배 - 그 밖의 토지*: 10배 * 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역 등	┐ │ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ │ ┘
ㅇ (기준일) 양도일	ㅇ 토지수용시 용도 지역 판정기준일 예외 신설
<단서 신설>	- 협의매수ㆍ수용되는 경우: 사업인정 고시일 직전일

<개정이유> 수용되는 토지 등에 대한 과세 합리화

<적용시기> 영 시행일 이후 양도하는 분부터 적용

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【법인세법 시행령】

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1. 인건비 제한 적용대상 비영리법인 범위 명확화(법인령 §56⑪)

현 행	개 정 안
□ 비영리법인 임직원 인건비 한도* 적용대상 * 임직원별 연간 총급여 8천만원 이하	□ 임직원 인건비 한도 적용비영리법인 대상 명확화
① 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 장학법인* * 고유목적사업 지출액 중 50%이상을 장학금으로 지출하는 법인	ㅇ (좌 동)
② 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 사회복지법인 등* * 사회복지법인, 고유목적사업·일반기부금 지출액 중 80% 이상을 장학금으로 지출하는 법인	ㅇ (좌 동)
③ 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 수익사업에서 발생한 소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인	ㅇ ①및 ②에 해당하는 비영리 내국법인으로 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 수익사업에서 발생한 소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인

<개정이유> 임직원 인건비 한도 적용 비영리법인 대상 명확화

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2. CR리츠가 매입하는 미분양주택에 대한 법인세 추가과세 배제(법인령 §92의2②)

현 행	개 정 안
□ 토지 등 양도소득에 대한 추가과세 배제 주택	□ 추가과세 배제 주택 추가
ㅇ 공공지원민간임대주택,장기일반민간임대주택 등	ㅇ (좌 동)
<추 가>	ㅇ CR리츠가 ‘25.1.1.~’25.12.31.중 매입한 비수도권 미분양 주택(취득 후 5년 이내 양도분에 한함)

<개정이유> 지방 건설경기 활성화

<적용시기> 영 시행일 이후 양도하는 분부터 적용

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3. 내국법인의 국채등 이자소득에 대한 원천징수 절차 개선(법인령 §111⑧)

현 행	개 정 안
□ 한국예탁결제원에 예탁된 국채등에서 발생하는 이자소득의원천징수의무자	□ 원천징수의무자 범위 추가
ㅇ 한국예탁결제원에 계좌를개설한 자(이하 “예탁자”)가소유하고 있는 국채등: 한국예탁결제원	ㅇ (좌 동)
ㅇ 예탁자가 투자자로부터 예탁받은 국채등: 예탁자	ㅇ (좌 동)
<추 가>	- 다만, 국제예탁결제기구*가 예탁자인 경우로서 내국법인으로부터 예탁받은 국채등: 해당 내국법인 * 한국예탁결제원과 유사한 업무를수행한다고 금융감독원장이 인정하는 외국법인

<개정이유> 국채 등 거래 활성화 지원

<적용시기> 영 시행일 이후 이자소득을 지급하는 분부터 적용

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【종합부동산세법 시행령】

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1. 비수도권 준공 후 미분양 주택 중과 배제 기간 연장(종부령 §4의3)

현 행	개 정 안
□ 준공 후 미분양 주택에 대한 종부세 다주택자 중과 배제 및 주택수 제외	□ 적용기한 연장
ㅇ (대상주택) 아래 요건을 모두 충족 - 수도권 밖의 지역 소재 - 전용면적 85㎡, 취득가액 6억원 이하
- ‘24.1.10. ~ ’25.12.31. 기간 중 취득	- ‘25.12.31. →’26.12.31.

<개정이유> 지방 건설경기 활성화

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2. 면세농산물 등 의제매입세액공제 우대 공제한도 적용기한 연장(부가령 §84②ㆍ③)

현 행	개 정 안
□ 면세농산물 등 의제매입세액공제특례* * 면세농산물 구입시 농산물 매입액의 일정률을 부가가치세 납부세액에서 공제	□ 우대 공제한도 적용기한 연장
ㅇ 공제율 ㅇ 공제한도	┐ │ │ │ │ │ │ │ㅇ (좌 동) │ │ │ │ │ │ │ ┘
- (적용기한) ’25.12.31. * 우대 공제한도에 적용	- ’27.12.31.

<개정이유> 영세 자영업자의 세부담 완화

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【국제조세조정에 관한 법률 시행령】

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1. 통합형피지배외국법인과세제도 적용기한 신설(국조령 §111①)

현 행	개 정 안
□ 통합형피지배외국법인과세제도	□ 적용기한 보완
ㅇ 주주가 소유한 전 세계 피지배 외국 법인의 실효세율이 기준세율 미달 시, 차액분을 주주 소재지국에서 과세 ㅇ 글로벌최저한세 실효세율 계산 시주주 소재지국에서 과세된 세액은 피지배외국법인(구성기업)에 배분하고, 피지배외국법인의 세액으로 반영	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ ┘
< 신 설 >	ㅇ (적용기한) ‘25.12.31일 이전 개시, ’27.6.30일 이전 종료하는 각 사업연도

<개정이유> OECD 글로벌최저한세 행정지침 반영(통합형피지배외국법인과세제도의 세액(대상조세) 배분은 한시적 운영)

<적용시기> ’26.1.1. 이후 글로벌최저한세정보신고서 또는 추가세액배분액을 신고하는 분부터 적용

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