법인세 신고와 사후검증 등 관련 세무리스크 관리법 - (9) 세무조사관련 세무리스크 관리법

결산이 순조롭게 진행되었다고 하면 이후부터는 법인세 신고 준비에 들어가야 합니다. 법인세는 회사의 당기순이익에 세무조정을 가감해 산출되므로 이러한 흐름을 잘 이해하는 것이 중요합니다. 한편 법인세 신고 후에 과세관청은 이를 토대로 신고서에 오류나 탈루가 있는지 이를 검토하게 됩니다. 이 과정에서 사후검증이나 세무조사 등이 뒤따를 수 있습니다. 본 장에서는 법인세 신고 시와 신고 후에 발생할 수 있는 사후검증과 세무조사에 대해 살펴봅니다.

<주요 주제>

1. 법인세 신고관련 세무리스크 관리법

2. 세무조정관련 세무리스크 관리법

3. 중소ㆍ중견ㆍ일반기업 관련 세무리스크 관리법

4. 조세감면관련 세무리스크 관리법

5. 법인세 신고직후의 세무리스크 관리법

6. 신고 후 사후검증관련 세무리스크 관리법

7. 과세자료 파생관련 세무리스크 관리법

8. 과세예고 통지관련 세무리스크 관리법

9. 세무조사관련 세무리스크 관리법

 

법인 등 사업자들이 회사 경영 중에 가장 두렵게 생각하는 것 중의 하나가 바로 세무조사이다. 세무조사를 받게 되면 세금추징은 물론이고 회사경영이 일시 중단되는 등의 타격이 있기 때문이다. 따라서 법인 등 사업자들은 자사에 대한 세무조사리스크를 충분히 관리할 수 있어야 한다. 이하에서 세무조사리스크 발생 사례와 그에 따른 관리법을 살펴보자.

세무조사관련 세무리스크 발생 사례

수도권에 위치한 (주)LK은 제조업종을 영위하고 있다. 당해 연도 기준으로 (주)LK의 주요 세무관련 현황은 다음과 같다. 상황에 맞게 답하면?

구분내용비고

매출액	1,000억 원
세무조사 수감연도	7년 전
신고성실도	상, 중, 하
신고소득률	3%	동종업계 평균 10%

ㆍ상황1 : 법인세 세무조사 대상자 선정기준은 어떻게 되는가?

ㆍ상황2 : (주)LK는 정기선정 중 어떤 방법에 의해 조사대상자로 선정될 수 있는가?

ㆍ상황3 : (주)LK가 정기선정이나 비정기선정에 의해 세무조사를 받을 가능성은?

위의 상황에 순차적으로 답을 찾아보면 다음과 같다.

첫째, (상황1) 법인세 세무조사 대상자 선정기준은 어떻게 되는가?

일반적으로 정기선정의 경우 ①신고성실도 평가 ②5년 주기 순환조사 ③무작위 추출방식으로 세무조사 대상자를 선정한다. 이는 일상적인 조사대상자 선정방법에 해당한다. 그런데 만약 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 등은 이러한 방법이 아닌 비정기선정 방법으로 조사대상자를 선정한다. 여기서 비정기선정은 수시조사로도 불리며 정기선정보다 세무조사 강도가 높은 편이다.

※ 법인세사무처리규정 제184조 [선정기준]

① 국세기본법 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)에 따라 법인 정기조사 대상 선정 시 연간 수입금액 1,500억 원 이상의 법인은 국세기본법 제81조의6 제2항 제2호에 따라 5년 주기 순환조사를 원칙으로 선정한다. 다만, 경제력 집중 등 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 경우에는 수입금액 500억 원 이상의 법인을 5년 주기 순환조사로 선정한다.(20×9.02.01 개정)

1. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 상호출자제한기업집단 소속 법인

2. 자산 2천억 원 이상

3. 전문인적용역 제공 법인

② 제1항에서 규정하는 법인 외의 법인은 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호에 따라 신고성실도 평가에 의한 선정을 원칙으로 하되, 국세기본법 제81조의6 제2항 제3호에 따라 무작위추출방식에 의한 선정을 병행할 수 있다.

③ 장기간 세무조사를 받지 아니하여 성실신고 여부 검증이 필요한 일정 규모이상의 법인은 신고성실도 평가결과와 관계없이 국세기본법 시행령 제63조의4(장기 미조사자에 대한 세무조사기준)에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있다.

둘째, (상황2) (주)LK는 정기선정 중 어떤 방법에 의해 조사대상자로 선정될 수 있는가?

법인사업자의 경우에는 연간 매출액 1,500억 원이 넘으면 5년 주기 순환조사를 원칙으로 하고, 그 미만인 경우에는 신고성실도 평가를 원칙으로 하되 무작위추출방식을 병행하여 선정한다. 따라서 (주)LK회사의 경우 매출액이 1,000억 원이므로 후자에 따라 조사대상자로 선정되는 것이 원칙이다. 참고로 이때 조사는 어디에서 하는 것도 관심사인데 법인의 경우 500억 원 이상이면 지방청조사국에서 담당하는 것이 원칙이다(일선 세무서로 위임 가능).

셋째, (상황3) (주)LK가 정기선정이나 비정기선정에 의해 세무조사를 받을 가능성은?

LK회사는 매출수준이 1,000억 원에 이르고 세무조사 수감연도도 7년 전이며 성실도분석 순위는 최하위 그룹에 속해 있다. 한편 신고소득률도 동종업계의 평균소득률 10%에 한참 미달해 대부분의 판단지표로 보아 세무조사의 가능성이 매우 높은 상황이라고 할 수 있다. 따라서 구체적인 탈세제보 등이 없는 한 (주)LK는 신고성실도 평가 등 정기선정 방법에 의해 세무조사가 진행될 가능성이 높은 것으로 판단된다.

※ 세무조사 시 체크리스트

세무조사가 나올 때 다음과 같은 내용들을 순차적으로 점검하는 것이 좋다.

구분내용점검

1	세무조사 이유는 무엇인가?	세무조사 사전 통지서상에 기재된 내용을 확인한다.
2	중복조사는 아닌가?	중복조사는 무효에 해당한다.
3	세무조사 사전 통지서는 적법했는가?	적법하지 않은 경우 세무조사 통지에 의한 세무조사는 무효에 해당한다.
4	세무조사 종류는 어떻게 되는가?	세무조사 사전 통지서로 확인한다. 일반적으로 사업자나 법인은 통합조사로 기록된다.
5	서류는 예치되는가?	장부 등을 압수하는 경우에는 상황이 상당히 심각하다는 것을 말해준다.
6	세무조사 대상연도는 언제부터 언제까지인가?	일반적으로 1~3개연도이나 국세부과 제척기간까지 연장가능하다.
7	세무조사 기간은 얼마나 되는가?	통상 20일 정도 소요되나 그 기간이 연장될 수 있다.
8	세무조사를 관할하는 곳은 어디인가?	지방청조사가 강도가 세다.
9	세무조사 진행인원은 몇 명인가?	지방청과 일선세무서마다 차이가 있다.
10	세무조사는 연기할 수 있는가?	연기사유에 해당되어야 가능하다.

 

세무조사관련 세무리스크 관리법

사업자들이 세무조사에 잘 대응하는 방법은 무엇인지 조사의 진행순서에 따라 알아보자. 물론 이러한 내용은 절대적이 아님에 유의하자.

(1) 세무조사 전 주요 검토사항

① 왜 조사를 하는가?

조사사유가 뭔지를 잘 캐치해야 한다. 탈세제보에 의한 것인지 기획조사에 의한 것인지 아니면 무작위 조사에 의한 것인지 등이 이에 해당한다. 이러한 사유를 잘 캐치해야 그에 맞는 대책을 꾸릴 수 있다.

② 조사기간은?

세무조사는 20일 내에서 나오는 것이 보통이다. 따라서 이 보다 기간이 길어진 것은 그만큼 사안이 중대하다고 볼 수 있다.

③ 어디서 조사하는 것인가?

관할 세무서에서 하는지 아니면 관할 지방청에서 하는지에 따라 세무조사 강도가 다르기 때문에 이 부분도 중요하다. 요즘에는 관할이 다른 지방청의 세무조사도 시행되고 있다. 이를 교차조사라고 하는데 이는 담당 조사공무원들이 인맥에 의한 외풍을 차단하는 효과가 있는 것으로 평가받고 있다.

④ 세무조사는 어느 장소에서 받아야 하는가?

조사대상 업체에서도 할 수 있고 업체가 아닌 곳에서도 가능하다. 담당 공무원과 상의를 하면 된다.

⑤ 준비서류는 무엇인가?

세무조사에 필요한 각종 서류를 준비하는 것이 좋다. 이에는 계정별 사장, 재무제표, 사업용 계좌사본, 각종 계약서, 증빙서류철 등이 된다.

☞ 세무조사를 도와줄 세무대리인은 기장을 담당하는 세무대리인을 우선적으로 선정하되 여의치 않은 경우에는 제3자를 선임할 수 있다. 세무대리인은 쟁점에 대한 해결을 논리적으로 해결할 수 있는 실력이 있어야 할 것이다. 또한 사후적으로 쟁점이 발생한 경우 불복을 진행할 수 있으면 금상첨화가 될 것이다.

(2) 세무조사 시 주요 검토사항

세무조사가 본격적으로 진행될 때에는 다양한 상황들이 등장한다. 주요 상황들을 점검하면 다음과 같다.

① 세무공무원은 당해 업체에 얼마나 많은 정보를 알고 있을까?

세무조사가 나오기 전에 해당 업체의 각종 세무신고 내용, 사업자의 재산현황, 유명도 등에 대한 정보를 수집한다. 정보의 범위는 국세청 전산망과 자체 수집한 정보가 망라되어 있다고 보면 된다.

② 세무조사 기간이 연장될 가능성이 있는 경우에는 어떻게 해야 하는가?

세무조사 기간이 연장이 되지 않도록 노력하는 것이 좋다. 참고로 세무조사 기간은 담당 공무원이 임의대로 연장할 수 없다. 연장사유에 해당하는지 먼저 점검하기 바란다(국세기본법, 조사사무처리규정 등 참조).

③ 세무조사 범위가 확대될 가능성이 있는 경우에는 어떻게 해야 할까?

세무조사 범위를 확대하기 위해서는 역시 법 등에 규정된 사유에 해당되어야 한다. 확대사유에 해당하는지 점검하고 확대되지 않도록 노력해야 한다.

④ 쟁점 사안이 발생한 경우에는 어떻게 해야 할까?

불복을 하는 심정으로 다양한 각도로 검토하여 의견서를 제출하는 것이 좋다. 과세쟁점에 대한 의견이 첨예하게 대립할 때에는 제3자*로부터 이에 대한 의견서를 받아볼 수 있도록 노력한다.

* 과세쟁점자문위원회 등이 있다. 조사공무원은 물론 납세자도 신청할 수 있다.

⑤ 최단시간 내에 세무조사 수감을 끝내는 것이 유리한가?

일단 세무조사는 빨리 종결지을수록 좋다. 어차피 낼 돈은 내고 사업에 전념하는 것이 좋기 때문이다. 다만, 낼 세금이 정당한지에 대해서는 별도로 검토되어야 할 것이다.

⑥ 세무대리인을 중도에 교체할 수 있는가?

세무조사 도중에 세무대리인을 교체해도 되나 이에 대해서는 부정적인 시선이 있으므로 조심할 필요가 있다. 세무조사 중에 제3자가 개입하는 것은 문제를 더 키울 수 있다.

⑦ 매출누락 등이 확인되는 경우에는 어떻게 대책을 꾸릴까?

매출누락 등이 확인된 경우에는 본세와 가산세 등을 합하여 세금이 추징된다. 따라서 예상추징세액을 정확하게 계산해보고 이를 최소화하는 관점에서 대응책을 마련하는 것이 좋다.

⑧ 세금을 협상하여 낼 수 있을까?

세무조사 시 적출되는 항목은 다양하고, 같은 항목이라도 여러 건수가 복합되어 적출된다. 따라서 사안이 비교적 경미한 것들은 제외하는 식으로 하여 세금을 줄이는 노력도 나쁘지 않다.

⑨ 추징세금을 0원으로 할 수는 없을까?

과세관청에서는 세무조사가 시작될 때 어느 정도의 실적을 기대하고 오는 경우가 많다. 따라서 사업자의 회계처리 투명성이 100%담보되지 않은 상황에서 얼마의 세금추징은 피할 수가 없는 것이 현실이다.

(3) 세무조사가 끝난 후에 검토사항

① 확인서를 제출할 때 점검할 것은?

확인서는 조사공무원이 적출한 내용에 대해 납세자로 하여금 이를 인정케 하는 문서를 말한다. 자발적으로 확인서에 서명날인을 하면 증거력이 있기 때문에 확인서에 서명날인하기 전에 관련 내용을 꼼꼼히 확인할 필요가 있다.

☞ 사후에 확인서의 내용을 부인하는 경우에는 다툼이 발생할 수 있다. 이에 대한 판례 등은 별도로 확인하기 바란다.

② 세무조사의 결과가 마음에 들지 않는다면 어떻게 해야 할까?

세무조사의 결과통지에 만족을 할 수 없다면 ‘과세전적부심사청구→이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구→행정소송’ 절차를 밟도록 한다.

③ 납부할 자금이 부족한 경우 징수유예는 가능할까?

추징세금을 한꺼번에 내기가 힘든 경우에는 징수유예를 신청하는 것도 생각해볼 필요가 있다. 징수유예 사유에 해당하면 최대 9개월까지 납부유예를 할 수 있다.

Tip. 세무조사 기간(조사사무 처리규정 제15조)

조사사무 처리규정에 의한 세무조사 기간에 대한 내용을 알아보면 다음과 같다. 세무조사 기간은 세무조사 강도와 관련이 있다고 볼 수 있다.

① 조사관서장은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 감안하여 세무조사기간이 최소한이 되도록 해야 한다.

② 조사관서장은 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만(부가가치세에 대한 세무조사의 경우 1과세기간 공급가액의 합계액이 50억 원 미만)인 납세자(이하 이 규정에서 “중소기업규모 납세자”라 한다)에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 해야 한다. 다만, 「국세기본법」 제81조의8 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

※ 조사구분별 조사기간(세무조사운영준칙 제30조)

조사구분별 조사기간조 사 유 형조사관할조사기간

일반조사	소득세조사	지방청 세무서	20일 10일
	법인세조사	지방청 세무서	40일 20일
	부가가치세조사	지방청 세무서	15일 10일
특별조사		지방청 세무서	30일 20일
범칙조사		국세청 지방청 세무서	60일 60일 30일

☞ 조사관할관서장은 당해 납세자의 사업규모 및 조사난이도 등 조사업무량으로 보아 세무조사에 장기간이 소요될 것으로 판단되는 경우에는 위 규정에 불구하고 조사목적 수행에 필요한 범위 안에서 조사기간을 정할 수 있다.

 

 

 

 

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