매출세액에서 공제되지 않는 토지관련 매입세액의 범위에 관한 논쟁

【서설】

부가가치세의 계산원리는 전단계세액공제법을 채택하고 있다. 즉, 사업자가 재화나 용역을 거래상대방에게 공급하면서 거래징수한 부가가치세 매출세액에서 거래상대방으로부터 공급받으면서 거래징수당한 매입세액을 공제하는 방식이다. 부가가치세의 과세거래는 재화나 용역을 계속적으로 공급하면서 부가가치의 창출활동이 발생하여야 한다. 또한 이러한 창출행위를 위하여 소비되는 매입세액을 세금계산서를 통하여 확인되어야 한다.

부가가치세 매출세액에서 공제하는 매입세액은 (ⅰ) 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액 (ⅱ) 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액이다. 여기서 자기의 사업이란 부가가치세가 과세되는 사업을 의미하고 면세사업과 비과세사업은 제외한다. 또한 자기책임과 자기계산에 따라 사업을 수행하여야 하며 타인을 대리하는 경우에는 자기사업에 해당되지 아니한다.

부가가치세 매출세액에서 공제되는 매입세액은 원칙적으로 세금계산서 등을 수취한 매입세액은 공제대상이나 부가가치세법 제39조에서 공제되지 않는 매입세액을 제한적ㆍ구체적으로 열거규정하고 있다. 이 규정은 부가가치세의 기본원리를 훼손하거나 납세자의 귀책사유 등의 사유로 매입세액공제를 허용하지 않는 것이다.

현행 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에서 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는다. 즉, 토지관련 매입세액에서 토지는 부가가치의 구성요소이기 때문이다. 이 하에서는 토지관련 매입세액에 대하여 구체적으로 검토해보고자 한다.

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【토지관련 매입세액의 범위】

토지관련 매입세액 불공제의 근거

토지는 자본, 노동과 함께 부가가치의 창출요소이므로 이론상 부가가치세의 부과대상이 될 수 없을 뿐만 아니라 간척 등 특수한 경우를 제외하고는 그 공급이 제한되어 있고, 상품, 건물 등 다른 재화와 같이 사용으로 인해 소모되거나 소멸하지 않으므로 토지의 공급을 소비세인 부가가치세의 부과대상으로 삼는 것이 부적절하기도하다. 이에 따라 우리 부가가치세법은 위와 같은 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하고, 토지의 임대용역에 대하여만 부가가치세 부과대상으로 삼고 있다. 또한, 일반적으로 면세재화를 과세사업에 사용하다가 공급하는 경우 부가가치세법 제1조 제4호, 부가가치세법 시행령 제3조에 의해 부수적인 재화의 공급으로서 부가가치세의 부과대상이 되나, 토지의 경우에는 위와 같은 토지의 특성상 사업자가 토지를 면세사업에 사용하다가 처분하는 경우는 물론 과세사업에 사용하다가 처분하는 경우에도 부가가치세법 제1조 제4호 등을 적용하지 않고 부가가치세의 면세대상으로 하고 있다.

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관련법령

(1) 부가가치세법

◈ 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

◈ 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

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(2) 부가가치세법 시행령

◈ 제80조 【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조 제1항 제7호에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

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(3) 국세기본법

◈ 제20조 【기업회계의 존중】

세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

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(4) 기업회계기준(해석46-88)

건물 신축 목적으로 토지와 건물을 일괄 취득하고 기존건물을 ‘사용하지 않고 철거’하는 경우에 기존건물 취득가액을 토지의 취득원가로 처리하도록 규정하고 있다. 즉, 건물의 미래 경제적 효익이 발생하지 않는 경우에는 건물의 자산성을 인정하지 않는 다는 것이다.

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(5) 법인세법 (기본통칙 23-31…1)

제1호에서 토지의 자본적 지출의 범위는 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하는 경우에는 토지의 자본적 지출로 처리한다.

다만, 부동산 임대업에 사용하다가 철거하는 쟁점건물의 취득 관련 매입세액의 경우「부가가치세법 시행령」제80조 제2호의 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다(기획재정부 부가가치세과-371, 2017.7.24.)

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검토

토지관련 매입세액의 구체적인 판단기준은 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 부가가치세법 시행령 제60조 제6항이 개정되면서 상기법령과 같이 구체적인 판단기준이 정해졌다. 이 규정 중에서 제2호에 대하여 구체적으로 검토해보고자 한다.

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◈ 제80조【토지에 관련된 매입세액】

​2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

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가. 기업회계 등과의 상호관련성

건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 건축물의 취득 및 철거비용과 그 매입세액에 대하여 기업회계기준이나 법인세법은 동일하게 토지의 자본적지출로 처리한다. 즉, 건물이 즉시 철거되므로 미래의 경제적 효익을 더 이상 창출할 수 없다는 것이다. 부가가치세법에서도 동일하게 토지관련 매입세액으로 규정하고 있다. 다만, 개정 전 부가가치세법(대통령령 제17460호 2001. 12. 31.)에서는 구체적인 법 규정은 없었으며 다만 행정해석과 심판원 결정례에서 새로운 건축물을 신축하는 경우에는 새로운 건물의 부가가치 창출로 보아 관련매입세액을 공제하도록 하였다(조심 2004서2038, 2004.10.29.).

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나. ‘토지만을 사용하는 경우’의 의미

​「법인세법 기본통칙」 23-31…1 제1호에서 토지의 자본적 지출의 범위는 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하는 경우로 규정하고 있는 것과 달리, 「부가가치세법」 제80조 제2호에서는 ‘토지만 사용하는 경우’라고 명시하고 있는데 그 의미를 과세관청은 동일하게 해석하고 있다. 즉, 주차장 등 나대지로 사용하거나 새로운 건물을 신축하는 경우를 포함하고 있다. 다만, 부가가치세법상의 의미는 ‘기존건물을 사용하지 않은 채 철거하는 경우만’을 의미하여 건물의 취득 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하여야 한다.

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다. 건축물 취득 후 철거까지의 기간

토지만을 사용하기 위하여 기존건물을 취득한 후 임대사업 등 과세사업에 사용하다가 철거하면 매입세액으로 공제 받을 수 있으나 과세사업에 사용 없이 철거하면 토지관련 매입세액에 해당되어 매출세액에서 공제되지 아니한다. 여기서 취득 후 철거시점까지의 기간이 어느 정도 필요한 것인가가 쟁점이다. 이에 대한 유권해석은 없다. 일본의 법인세 기본통달 7-3-6은 당초부터 건물을 철거하고 토지를 이용할 목적이 분명하다고 인정되는 경우로서 대략적으로 1년 이내에 건물 철거에 착수하는 경우는 토지관련 매입세액이라고 보고 있다. 이에 대한 구체적인 판단은 사업계획서 등의 사업목적, 법인등기부 등본의 목적사업의 범위, 인허가 및 설계현황도서 등 구제적인 사실관계에 따라 판단하여야 한다.

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결론

​전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법에서 누적효과 등 중복과세효과를 제거하기 위해서는 원칙적으로 거래징수당한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제해주는 것이 부가가치세의 기본원리에 충실한 것이다. 위에서 살펴본 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’은 기업회계나 법인세법의 논리를 소비세의 과세논리로 원용한 것으로 보여 진다. 소비과세를 소득과세의 논리로 과세근거로 삼는 것은 바람직한 해석이 아니라는 판단이 든다. 즉, 구건물을 취득하여 새로운 건물을 신축하여 과세사업으로 공급(분양)하는 경우 구 건물은 새로운 건물의 부가가치 창출에 사용되었다고 볼 수는 없는지 의문이 든다.

      

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