세법상 장애인 고용부담금의 손금인정 여부

 

객원 전문가 칼럼니스트 "박훈"

서울시립대학교 세무전문대학원 교수

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1. 들어가며

「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따라 장애인의 고용을 촉진하기 위해 100명 이상의 근로자를 고용한 사업자가 의무 고용률에 미달하게 장애인을 고용한 경우 납부해야 하는 부담금인 “장애인 고용부담금”에 대해 법인세법상 손금산입 여부가 법원에서 다투어진 바 있다.

그런데 2024.1.23.에 발표된 2023년 세법개정후속 시행령 개정안에서는 장애인 고용부담금이 법령상 의무 불이행에 따른 공과금에 포함된다는 것을 명확하게 하였고 이에 따라 장애인 고용부담금이 손금불산입된다는 것이 법령을 통해 확실하게 되었다(법인세법 시행령 제21조). 기업의 장애인 고용의무 이행 확보를 위한 개정이라고 한다. 그런데 이렇게 발표된 개정안은 법제처 심사와 입법예고및 부처협의 등을 통해 제기된 이해관계자와 관계부처 등의 의견을 반영하여 당초 발표한 개정안이 일부 수정되었고 2024년 2월 29일 법인세법시행령 개정안이 공포되었다. 장애인고용부담금을 손금불산입 대상인 공과금 범위에 추가하는 개정안이 현행 유지로 바뀌었다. 부처협의 결과를 반영한 결과라 한다.

기업의 입장에서 보면 종전 개정안과 관련해서, 장애인 고용의무를 이행하지 않아 장애인 고용부담금이라는 이름으로 비용지출을 하게 되지만 법인세법상 그 비용을 손금으로 인정받지 못해 이중의 부담을 지게 되는 것인데, 이는 장애인 고용을 경제적인 차원에서 지원하는 것이라 할 수 있다. 이번 시행령 개정 시에는 장애인 관련 여러 개정이 있었는데, 위 고용부담금에 대한 것 이외에는 개정안이 그대로 공포되었다. 예컨대 장애인활동지원급여 비용 중 실제 지출한 본인부담금도 의료비 세액공제 대상이 되었고(소득세법시행령 제118조의5 제1항, 조세특례제한법시행령 제117조의3 제4항), 장애인 콜택시 위탁 운영기관에 대한 부가가치세가 면제되었다(조세특례제한법 제106조 제7항 62호 신설).

장애인 고용부담금을 명확히 손금불산입하는 것이 장애인 지원 차원에서 논의될 수도 있겠지만, 법인의 지출이 있는데 법인소득이 줄어드는 것을 인정하지 않는 것에 대해서는 반대견해도 있을 수 있다. 장애인 고용부담금의 손금불산입 여부에 대해 법령하에서는 해석상 실제 다툼이 있었다. 2023년 5월 2일의 서울행정법원 판례에서는 장애인 고용부담금은 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니한다고 판단하여 손금산입이 맞다고 보았고(서울행정법원 2023.05.02. 선고 2022구합65757 판결), 2심인 2023년 12월 5일의 서울고등법원에서도 같은 입장을 보였다(서울고등법원 2023.12.05. 선고 2023누45325 판결). 대법원에서 어떠한 결론을 내릴지는 명확하지 않다. 원래 계획된대로 법인세법시행령이 개정되었다면 그 시행시기 적용을 받는 시점의 장애인 고용부담금은 손금불산입되는 것이 명확하게 되었을 것이다. 그런데 개정안 자체가 현행 규정 유지로 개정안 통과가 사실상 되지 않음으로 인해 앞으로 있을 대법원 판례의 의미가 커진 상황이다.

장애인 고용부담금의 경우 2022년 한 해 동안 민간기업 8016곳이 7437억6600만원 규모의 부담금을 냈다고 하는데. 이것도 매년 계속 증가하는 추세이다. 기업의 입장에서 보면, 장애인 고용부담금 자체의 부담도 큰데, 해당 부담금이 법인세 계산시 손금으로 인정되는지 여부가 해석상 다툼이 있는 상황에서 위 2심판례의 의미를 살펴보는 것은 의미 있다 할 것이다.

 

2. 판례의 분석

 

사실관계

 

 원고는 1972.2.3. 상호저축은행법에 따라 설립되어 금융업을 영위하는 주식회사이다. 원고는 구 장애인고용촉진 및 직업재활법 제33조에 따라 고용노동부장관에게 2018년도분 157,257,400원, 2019년도분 166,987,630원의 각 장애인 고용부담금(이하 ‘이 사건 장애인 고용부담금’이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다. 원고는 2019 사업연도 및 2020 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 각각 신고ㆍ납부하였다.

 

 원고는 2021.11.16. 피고에게 이 사건 장애인 고용부담금은 법인세법 제21조 제5호[법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금]에 해당하지 않기 때문에 이를 손금에 산입할 수 있다는 취지로 2019사업연도 법인세 33,496,628원 및 2020 사업연도 법인세 40,199,612원의 각 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다). 피고는 2021. 12. 7. 이 사건 장애인 고용부담금은 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하므로 당초 원고의 법인세 신고가 적법하였다고 보아 원고의 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021.12.24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022. 5. 2. 기각결정을 받았다.

 

소송의 경과

 

 1심에서는 “이 사건 장애인 고용부담금이 ‘법령에 따른 의무 불이행’에 대하여 부과된 공과금이라고 하더라도 그 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다”고 판단하였다(서울행정법원 2023.05.02. 선고 2022구합65757 판결). 2심에서는 “원고의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다”고 보았는데, 1심과 같은 입장이라 할 수 있다.

 

관련 규정의 개정 경과

 

 구 법인세법 제16조 제5호는 ‘대통령령으로 정하는 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하였고, 구 법인세법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전) 제25조 제1항 각호는 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금(즉, 손금산입 대상이 되는 공과금)으로서 각종부담금 등을 열거하고 있었으며, 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있었다(같은 항 제32호). 그런데 헌법재판소는 구 법인세법(1995.12.29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호에 대하여 공과금은 사업경비의 성격이 있어서 손금으로 산입되는 것이 원칙임에도 앞서 본 법률이 이를 원칙적으로 손금불산입하는 것은 실질적 조세법률주의에 위반된다는 취지의 위헌결정을 하였다(헌법재판소 1997.7.16. 선고, 96헌바36 내지 49 결정).

 

 이에 따라 정부는 법인세법 시행령을 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정하면서 제25조에서 손금불산입의 대상이 되는 공과금을 별도로 규정하였고, 구체적으로 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것(제1호), 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것(제2호)이 손금불산입 대상인 ‘공과금’에 해당하게 되었다(위 법인세법 시행령 제25조).

 

 그 후 법인세법은 1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되면서 제21조에서 손금불산입 대상인 제세공과금의 유형을 구체적으로 규정하였고, 다만 이 때에는 ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것’은 별도로 법률에서 규정하지 않고 ‘기타 대통령령이 정하는 공과금’(제5호)을 통해 위임입법인 대통령령으로 위 내용을 규정하였다. 법인세법 시행령은 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전부개정되면서 앞서 본 시행령 제25조에 규정되어 있던 ‘공과금의 범위’에 관한 규정은 제23조로 그대로 이동하였다. 법인세법은 2000.12.29. 법률 제6293호로 개정되면서 제21조(제세공과금의 손금불산입)에서 ‘법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금(제5호)’, ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금(제6호)’을 위임입법의 형식이 아니라 법률에 직접 규정하였다.

 

 한편 구 법인세법 시행령(1998.5.16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것)은 손비의 정의에 관한 규정에서 제세공과금에 대하여 “제세공과금. 다만, 법과 이 영의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 것은 제외한다”로 규정하고 있었으나(제12조 제2항 제10호), 1998.5.16. 대통령령 제15797호로 개정된 법인세법 시행령에서는 위 제10호 규정을 삭제하였다가, 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전부개정된 법인세법 시행령은 제세공과금이 손비에 포함된다는 내용을 다시 규정하였다(제19조 제10호). 그런데 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전부개정된 법인세법 시행령 규정에서는 위에서 본 1998.5.16. 개정되기 전의 구 법인세법 시행령과 달리 손비에 포함되지 않는 경우를 정한 단서규정을 두지 않았다.

 

 1997.12.31 개정 이후 “장애인 고용부담금”은 국세청 예규(국세청, 서이46012-10673(2001.12.05.), 서이46012-10993(2003.05.19.))에서는 손금으로 인정받아 왔다. 그런데 2018.2.21 기획재정부의 새로운 유권해석(법인, 기획재정부 법인세제과-145 [기획재정부법인세제과-145], 2018.2.21.)에 따라 2018년 2월 이후 신고ㆍ납부 분부터는 “장애인 고용부담금”이 손금불산입 대상에 해당하게 됐다.

 

손금 산입 여부에 대한 입장 정리

 

 위에서 보듯 공과금의 손금산입 여부에 대해 법인세법, 동법시행령 체계가 수차례 바뀌었고, 2018년 2월 기획재정부 예규 전후로 과세실무상 장애인 고용부담금의 손금산입 인정에서 불인정(손금불산입)으로 바뀌었다. 위 소송에서 손금산입 긍정론과 부정론이 팽팽히 맞섰다. 주요사항을 정리하면 다음과 같다.

 

(1) 손금산입 긍정론

 

첫째, 이 사건 장애인 고용부담금은 부담금에 해당할 뿐, 이를 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금으로 볼 수 없다.

둘째, 장애인 고용부담금을 산정할 때 장애인 고용률에 따라 차등적으로 부담기초액을 정하였다는 사정만으로 해당 부담금이 제재적 성격의 공과금이라고 볼 수 없다.

셋째, 위헌결정 이전 규정(손금산입 공과금 열거주의)보다 손금산입 공과금의 범위가 더 넓어졌으므로, 장애인 고용부담금은 현행 규정하에서도 여전히 손금산입된다고 보아야 한다.

(2) 손금산입 부정론(손금불산입된다는 입장)

첫째, 구 장애인고용법 제28조는 사업주로 하여금 100분의 5의 범위 내에서 대통령령으로 정하는 비율 이상의 장애인을 고용하도록 정하고 있고, 구 장애인고용법 제33조는 사업주가 위 비율에 못 미치는 장애인을 고용한 경우 부담금을 납부하도록 하여, 장애인 고용부담금을 ‘장애인 고용의무의 불이행’에 대한 제재로 규정하고 있다.

둘째, 장애인 고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’되어 있고 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘부담기초액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로, 이는 장애인 고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이다.

셋째, 법인세법의 개정으로 손금불산입되는 공과금의 범위는 넓어졌다고 봄이 타당하고, 과거 법인세법에서 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금으로 열거되어 있었지만 개정된 법인세법 시행령 제25조에 대한 부칙 제11조를 보면 시행령 개정 후 만약 장애인 고용부담금이 손금불산입이 되는 공과금이 되더라도 개정 전과 같이 손금산입을 인정해 준다는 취지로 규정되어 있으므로, 장애인 고용부담금이 현행 법인세법령상으로도 여전히 손금에 산입된다는 원고의 주장은 부당하다.

 

판례의 의의

 납세자와 과세관청의 주장이 팽팽히 맞서 있지만, 1심과 2심에서 법원은 이 사건 장애인 고용부담금이 ‘법령에 따른 의무 불이행’에 대하여 부과된 공과금이라고 하더라도 그 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 보기 어렵다는 입장을 보이고 있다. 1심 판결은 “장애인 고용부담금”을 손금불산입 대상이 아니라고 본 최초의 판결로 평가받고 있다. 2심 판결에서 “모든 행정상 제재가 어느 정도 정책 실현의 목적을 가진다고는 볼 수 있을지 몰라도, 역으로 정책 실현의 목적에 이바지하는 모든 부담금이 제재라고 볼 수는 없는 것”도 법령에 따른 의무 불이행에 대한 것이 곧 제재가 아님을 보여주는 논리라 할 수 있다.

 

 법인의 수익과 비용에 대해 법인세법상으로는 익금과 손금이 대응되는데, 익금불산입 및 손금불산입으로 기업회계와 세법이 차이가 나는 것은 기업의 회계와 세무 부담의 경감 차원에서 최소화하는 것이 바람직하다. 특히 법령에 따른 의무 불이행은 세법 이외의 다른 영역에서 규율할 일이다. 위법비용에 대해 손금불산입하는 입법이나 해석은 이러한 관점에서 재고의 필요가 있다. 이러한 맥락에서 보면, 1심과 2심의 결론은 타당하다.

 

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