2026년 법인세 신고에 적용되는 항목별 개정내용 ② - 세액공제 및 감면

12월 결산법인이 2026년 3월말까지 신고해야 할 법인세 세무조정과 관련하여 최근 주요 개정내용들을 항목별로 정리하였습니다.

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1. 세액감면

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• 창업중소기업 세액감면 제도 합리화(조특법 §6 ①, ②, ④, ⑥, ⑦, ⑬ 및 조특령 §5 ②, ㉕)

종 전	현 행
□ 창업중소기업 세액감면 ㅇ (대상업종) 제조업 등 20개 ㅇ (감면율) 업종ㆍ지역별 차등	□ 감면율 정비 등 제도 합리화 ㅇ (좌 동) ㅇ ① 업종 우대감면 적용기한 종료 ② 수도권 감면율 축소 ③ 고용증대 추가감면 상향
- 신성장서비스업 우대(2024년까지)：초기 3년간 + 25%p	- 적용기한 종료
- 수도권 과밀억제권역 밖： (일반) 5년간 50% (청년 등) 5년간 100%	- 수도권 밖*： * 수도권 내 인구감소지역 포함 (좌 동)
<신 설>	- 과밀억제권역 아닌 수도권： (일반) 5년간 50% → 25% (청년 등) 5년간 100% → 75%
- 고용증대 추가감면：상시근로자 증가율 × 50%	- 고용증대 추가감면：상시근로자 증가율 × 100%
<신 설>	ㅇ (감면한도) 연간 5억원
□ 감면기간 중 요건 충족여부 변경시 감면방법	□ 법 개정에 따른 조문 정비
① 청년창업자 요건 미충족시 잔존기간 적용 감면율	① 창업일에 따라 구분 ㅇ 2025.12.31. 이전 창업한 경우：현행과 같음 ㅇ 2026.1.1. 이후 창업한 경우
② 과밀억제권역으로 이전, 지점 또는 사업장 설치 시 - 해당 사유 발생 연도부터 과밀억제 권역 창업으로 간주	② 감면율이 낮은 지역으로 사업장 이전, 지점 또는 사업장 설치 시 - 해당 사유가 발생한 연도부터 감면율이 낮은 해당 지역 창업으로 간주
ㅇ (적용기한) 2024.12.31.	ㅇ2027.12.31.

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31., 영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 창업중소기업을 창업하는 경우, 창업보육센터사업자로 지정을 받는 경우, 벤처기업으로 확인받는 경우 또는 에너지신기술중소기업에 해당하게 되는 경우부터 적용※ 수도권 감면율 조정은 2026년 1월 1일 이후에 창업한 경우부터 적용

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• 업종명칭 현행화(조특법 §6 ③, §7 ① 및 조특령 §99의 10 ①, §116의 36 ①)

종 전	현 행
□ 조세특례제한법ㆍ령상 업종명칭(제10차 한국표준산업분류 기준)	□ 업종명칭 현행화(제11차 한국표준산업분류 기준)
ㅇ 블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업	ㅇ 가상자산 매매 및 중개업

⇒

개정일자 :

법 2024. 12. 31., 영 2025. 2. 28.

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• 중기업 규모 출판업 지원 확대(조특법 §7 ① 및 조특령 §6 ⑤)

종 전	현 행
□ 중소기업 특별세액감면	□ 수도권 출판업* 영위 중기업에 대한 세액 감면 신설 * 일반서적 출판업 등 대통령령으로 정하는 출판업
ㅇ (업종) 제조업 등 48개	ㅇ (좌 동)
ㅇ (감면율) 5∼30%	ㅇ 수도권에서 출판업 영위하는 중기업에 대한 감면율 상향：0 → 10%
ㅇ (적용기한) 2025.12.31.	ㅇ (좌 동)

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31., 영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

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• 지방이전지원세제 수도권 내 이전에 대한 감면대상 축소(조특법 §63 ①, ② 및 조특령 §60 ④)

종 전	현 행
□ 공장을 지방으로 이전한 기업에 대해 소득ㆍ법인세 감면	□ 이전지역 범위 합리화
ㅇ (대상) 수도권 과밀억제권역에서 3년(중소기업은 2년) 이상 사업 영위한 기업	ㅇ (좌 동)
ㅇ (감면율) 이전지역에 따라 차등	ㅇ (좌 동)
- 수도권 내(과밀억제권역 밖)*：5년 100% + 2년 50% * 중소기업이 공장과 본사를 모두 이전시키는 경우로 한정	- 수도권 인구감소지역*：5년 100% + 2년 50% * 중소기업이 공장과 본사를 모두 이전시키는 경우로 한정
- 지방광역시, 수도권 연접지역, 대도시(인구 30만 이상) 5년 100% + 2년 50% - 지방광역시 및 대도시 중 낙후지역*：7년 100% + 3년 50% * 위기지역, 성장촉진지역, 인구감소지역 - 그 외 낙후지역：10년 100% + 2년 50%	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31., 영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 1월 1일부터 시행하되, 2024년 12월 31일 이전에 공장을 이전한 경우의 세액감면에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2025년 1월 1일 이후 공장을 이전하는 경우로서 공장이전기업이 종전의 법 제63조 제1항을 적용받기 위하여 2024년 12월 31일 이전에 다음의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름. ① 공장을 신축하는 경우로서 법 제63조 제1항에 따라 이전계획서를 제출한 경우 ② 공장 이전을 위하여 기존 공장의 부지나 공장용 건축물을 양도(양도 계약을 체결한 경우를 포함함)하거나 공장을 철거 또는 폐쇄한 경우 ③ 공장 이전을 위하여 신규 공장의 부지나 공장용 건축물을 매입(매입 계약을 체결한 경우를 포함함)한 경우 ④ 공장을 신축하기 위하여 건축허가를 받은 경우 ⑤ 위 ① ~ ④까지의 행위에 준하는 행위를 한 경우로서 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 경우

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• 지방이전지원세제 감면요건 정비(조특법 §63 ①, ⑦, §63의 2 ①, ⑤)

종 전	현 행
□ 공장ㆍ본사를 지방으로 이전한 기업에 대해 소득ㆍ법인세 감면	□ 대상 및 업종 요건 합리화
ㅇ (대상) 과밀억제권역에서 3년(공장이전 중소기업은 2년) 이상 사업을 영위한 기업	ㅇ (좌 동)
<단서 신설>	- 다만, 이전 전 10년 내에 감면을 적용받은 기업*은 제외 * 공장이전기업의 경우 ‘동일한 공장’에 대해 감면을 적용받은 기업
ㅇ (업종) 이전 전ㆍ후 동일한 업종* 영위 * 한국표준산업분류표 세분류 기준	ㅇ 이전 전 2년(공장을 이전한 중소기업은 1년) 이상 영위한 업종과 동일한 업종 영위

⇒	개정일자 :	법 2025. 3. 14., 2024. 12. 31.
	적용시기 :	2025년 1월 1일부터 시행하되, 2024년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사를 이전한 경우의 세액감면에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르고, 2025년 1월 1일 이후 공장 또는 본사를 이전하는 경우로서 공장이전기업 또는 본사이전법인이 종전의 법 제63조 제1항 또는 제63조의 2 제1항을 적용받기 위하여 2024년 12월 31일 이전에 다음의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름. ① 공장 또는 본사를 신축하는 경우로서 법 제63조 제1항 또는 제63조의 2 제1항에 따라 이전계획서를 제출한 경우 ② 공장 또는 본사 이전을 위하여 기존 공장 또는 본사의 부지나 공장용 또는 본사용 건축물을 양도(양도 계약을 체결한 경우를 포함함)하거나 공장을 철거 또는 폐쇄하거나, 본사를 철거ᆞ폐쇄 또는 본사 외의 용도로 전환한 경우 ③ 공장 또는 본사 이전을 위하여 신규 공장 또는 본사의 부지나 공장용 또는 본사용 건축물을 매입(매입 계약을 체결한 경우를 포함함)한 경우 ④ 공장 또는 본사를 신축하기 위하여 건축허가를 받은 경우 ⑤ 위 ① ~ ④까지의 행위에 준하는 행위를 한 경우로서 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 경우

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• 기회발전특구 창업기업 세액감면 업종 추가(조특령 §116의 36 ①)

종 전	현 행
□ 기회발전특구 창업기업 세액감면 대상 업종	□ 업종 추가
ㅇ 제조업, 연구개발업, 기타 과학기술서비스업 등 ㅇ 신･재생에너지를 이용해 전기를 생산하는 사업	┐ │ㅇ (좌 동) ┘
<추 가>	ㅇ 연료용 가스 제조 및 배관공급업(신･재생에너지, 천연가스를 생산･공급하는 경우로 한정)

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일 속하는 사업연도에 발생하는 소득부터 적용

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2. 법인세법상 세액공제

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• 간접투자기구 소득에 대한 외국납부세액공제 계산방법 개선(법령 §94의 2, §111)

종 전	현 행
□ 외국납부세액공제액* 계산시 공제율 및 원천징수세액 차감액** 계산시 차감률 * 외국납부세액공제액=외국납부세액 × 공제율 ** 원천징수세액 차감액=외국납부세액 × 차감률	□ 외국원천징수세율을 알 수 없는 경우 계산방법 개선
① 외국원천징수세율이 확인되는 경우：실제 외국원천징수세율(ⓐ)과 국내원천징수세율(ⓑ)간 차이 고려해 산출* * ⅰ) ⓐ>ⓑ：(ⓑ/ⓐ) － ⓑⅱ) ⓐ≦ⓑ：1 － 국내세율** ** ⅰ) 공제율 산출시：소득세율 또는 법인세율 ⅱ) 차감률 산출시： 국내원천징수세율	ㅇ (좌 동)
② 외국원천징수세율을 알 수 없는 경우*：1－국내세율 * 신설 간접투자기구에 투자하는 경우 등	ㅇ 외국원천징수세율을 14%로 간주하여 ①에 따라 산출

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일 이후 간접투자회사등으로부터 지급받는 소득에 대해 간접투자외국법인세액을 공제하거나 원천징수하는 경우부터 적용하되, 2025년 2월 27일 이전에 발생한 소득에 대한 해당 사업연도의 과세표준을 신고하는 경우 외국납부세액공제에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 펀드등 간접투자시 외국납부세액공제액 계산방법 개선(법령 §94의 2)

종 전			현 행
□ 외국원천징수세율 계산방법			□ 계산방법 개선
① 재간접 투자 외의 경우： ㆍ외국원천징수세율 =			① 재간접 투자 여부와 무관히 외국납부세액 별 외국원천징수세율 산출 ㆍ외국원천징수세율 = 현행 “재간접 투자 외의 경우”와 동일 - 다만, 외국원천징수세율을 알 수 없는 경우 14%로 간주 ② ①에 따라 계산된 세액별 외국원천징수세율을 외국납부세액 비율에 따라 가중평균
		펀드의 직전 사업연도의 외국납부세액
		해당 외납세액에 대응하는 국외원천소득금액
② 재간접 투자*의 경우： * 간접투자회사등이 다른 간접투자회사등이 발행하는 증권을 취득 ㆍ① × 평균 투자비율 ③ ①과 ②가 혼합된 경우： ㆍ 각각의 투자비율에 따른 ①과 ②의 가중평균

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일 이후 간접투자회사등으로부터 지급받는 소득에 대해 간접투자외국법인세액을 공제하거나 원천징수하는 경우부터 적용하되, 2025년 2월 27일 이전에 발생한 소득에 대한 해당 사업연도의 과세표준을 신고하는 경우 외국납부세액공제에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 증권매도시 소득금액 산출 명확화(법령 §94의 2)

종 전	현 행
□ 증권시장에 상장된 간접투자회사등의 증권의 매도에 따라 지급받은 소득	□ 증권의 매도에 따라 지급받은 소득의 산출방법 조정
ㅇ 실제 매도가격 - 실제 매수가격	ㅇ Min [①, ②] ① (매도시 과세표준기준가격 － 매수시 과세표준기준가격) ± 직전 결산･분배시 발생한 과세되지 아니한 투자자별 손익 ② (실제 매도가격 － 실제 매수가격) ± 직전 결산･분배 시 발생한 과세되지 아니한 투자자별 손익

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일 이후 간접투자회사등으로부터 지급받는 소득에 대해 간접투자외국법인세액을 공제하거나 원천징수하는 경우부터 적용하되, 2025년 2월 27일 이전에 발생한 소득에 대한 해당 사업연도의 과세표준을 신고하는 경우 외국납부세액공제에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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3. 조세특례제한법상 세액공제

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• 연구개발의 개념 명확화(조특법 §2 ① 및 조특령 §1의 2)

종 전	현 행
□ 조특법상 연구개발 개념･범위	□ 개념･범위 명확화
ㅇ (정의) 과학적･기술적 진전을 이루기 위한 활동	ㅇ 과학적･기술적 진전을 이루기 위한 체계적･창의적인 활동
ㅇ 제외되는 활동 － 일반적인 관리 및 지원활동 － 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험 － 반복적인 정보수집 활동 외 (생략)	┐ │ㅇ (좌 동) │ ┘
<추 가>	- 상용화, 사업화된 제품･기술･서비스･설계･디자인 등을 단순 보완･변형･개선하는 활동

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개정일자 :

법 2024. 12. 31., 영 2025. 2. 28.

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• 중소기업 범위 합리화(조특령 §2 ①)

종 전	현 행
□ 조특법상 중소기업 제외대상 ㅇ 소비성서비스업	□ 제외업종 등 추가 ㅇ (좌 동)
<추 가>	ㅇ 부동산임대업 ㅇ 성실신고확인대상 소규모 법인* * ①~③ 요건을 모두 갖춘 법인 ① 지배주주 등 지분율 50% 초과 ② 부동산임대업이 주된 사업이거나 부동산 임대･이자･배당 소득이 매출액의 50% 이상 ③ 상시근로자 수가 5인 미만

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용하되 다만, 2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도 직전 사업연도의 종료일 이전에 다음의 어느 하나에 해당하는 규정에 따른 세액공제를 적용받고, 해당 규정에 따른 세액공제 대상 사업연도에 2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도가 포함되는 경우의 중소기업의 범위에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름. ① 조세특례제한법 제29조의 7 제1항에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 ② 조세특례제한법 제29조의 8 제1항에 따른 통합고용세액공제 ③ 조세특례제한법 제30조의 4 제1항에 따른 사회보험료 세액공제

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• 중견기업 범위 합리화(조특령 §6의 4 ①, §9 ④)

종 전	현 행
□ 조특법상 중견기업 제외대상	□ 제외업종 등 추가
ㅇ 소비성서비스업 ㅇ 금융업 ㅇ 보험 및 연금업 ㅇ 금융 및 보험 관련 서비스업	┐ │ㅇ (좌 동) │ ┘
<추 가>	ㅇ 부동산임대업 ㅇ 성실신고확인대상 소규모 법인* * ①~③ 요건을 모두 갖춘 법인 ① 지배주주 등 지분율 50% 초과 ② 부동산임대업이 주된 사업이거나 부동산 임대･이자･배당 소득이 매출액의 50% 이상 ③ 상시근로자 수가 5인 미만

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	(연구·인력개발비 세액공제 대상 중견기업) 2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 연구 및 인력개발비부터 적용 (그 외 중견기업) 2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용하되 다만, 2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도 직전 사업연도의 종료일 이전에 다음의 어느 하나에 해당하는 규정에 따른 세액공제를 적용받고, 해당 규정에 따른 세액공제 대상 사업연도에 2025년 2월 28일 이후 개시하는 사업연도가 포함되는 경우의 중견기업의 범위에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름. ① 조세특례제한법 제29조의 7 제1항에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 ② 조세특례제한법 제29조의 8 제1항에 따른 통합고용세액공제 ③ 조세특례제한법 제30조의 4 제1항에 따른 사회보험료 세액공제

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• 중소기업 졸업유예기간 연장 및 관련 조문 정비(조특령 §2 ②, §126 ②)

종 전	현 행
□ 중소기업 졸업 유예	□ 졸업 유예기간 확대
ㅇ (졸업요건) 규모기준 초과 ① 매출액이 기준금액* 초과 * 업종별 400~1,500억원 ② 자산총액 5,000억원 이상 ③ 관계기업과의 매출 합산액이 기준 금액* 초과 * 업종별 400~1,500억원	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘
ㅇ (유예기간) 졸업 후 3년	ㅇ 3년 → 5년(코스피･코스닥 상장 기업은 7년)
□ 최저한세 적용 시 중소기업 졸업유예기간 ① 규모기준 초과로 졸업 : 3년간 유예	□ 인용조문 개정에 따른 조문정비 ① 규모기준 초과로 졸업 : 5년간 유예(코스피･코스닥 상장 중소기업은 7년간 유예)
② ｢중소기업기본법 시행령*｣ 개정으로 졸업 : 3년간 유예 * 중소기업 요건인 업종별 매출액 기준, 실질적 독립성 기준 등을 규정	② (좌 동)

⇒	개정일자 :	영 2024. 11. 12., 2025. 2. 28.
	적용시기 :	(중소기업 졸업유예) 2024년 11월 12일이 속하는 사업연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하는 경우부터 적용 (최저한세) 2024년 12월 31일이 속하는 사업연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 경우부터 적용

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• 국가전략기술에 새로운 분야 추가(조특법 §10 ①)

종 전	현 행
□ 국가전략기술 분야	□ 국가전략기술 분야 추가
ㅇ 반도체 ㅇ 이차전지 ㅇ 백신 ㅇ 디스플레이 ㅇ 수소 ㅇ 바이오의약품	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ │ ┘
ㅇ 미래형 이동수단	ㅇ 미래형 운송 및 이동수단
<추 가>	ㅇ 인공지능

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 발생한 연구개발비부터 적용하고, 개정규정과 관련된 국가전략기술사업화시설 및 국가전략기술연구개발시설 투자에 대하여 조세특례제한법 제24조의 통합투자세액공제를 적용할 때에는 2025년 1월 1일 이후 국가전략기술사업화시설 및 국가전략기술연구개발시설에 투자하는 경우부터 적용

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• 연구 전담요건 완화 및 공제대상 비용 범위 확대(조특령 §9 ③ᆞ⑦ 및 별표 6)

종 전	현 행
□ R&D 세액공제가 적용되는 비용 ㅇ 일반 분야 : ① ~ ⑧ 국가전략기술, 신성장･원천기술 분야 : ① ~ ③	□ 적용범위 확대 ㅇ 일반 분야 : ① ~ ⑨ 국가전략기술, 신성장･원천기술 분야 : ① ~ ⑨
① 위탁･공동 연구개발비 ② 재료비	①･② (좌 동)
③ 인건비 * 국가전략기술, 신성장･원천기술과 일반 R&D를 공동으로 수행하는 경우 일반 R&D 공제율 적용	③ 인건비 * 50%를 초과하는 근무시간을 국가전략기술 또는 신성장･원천기술 R&D에 투입한 경우 투입시간만큼 안분 적용(다만, 국가전략기술 R&D 투입시간이 50% 미만인 경우에는 국가전략기술 R&D 투입시간을 신성장･원천기술 R&D 투입시간으로 간주)
④ 소프트웨어 대여･구입비	④ 소프트웨어* 대여･구입비 * 인사･급여･회계 등 지원업무용, 문서･도표 등 범용, 기본운영체계 소프트웨어 등 제외
- 단, 문화상품 제작 목적에 한정	<삭 제>
⑤ R&D용 시설 임차료 ⑥ 기술정보비, 기술지도비 ⑦ 디자인 개발지도비 ⑧ 특허 조사･분석비	┐ │ㅇ (좌 동) │ ┘
<추 가>	⑨ 클라우드 이용료

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일이 속하는 사업연도에 발생하는 연구 및 인력개발비부터 적용

• 국가전략기술 등 공동･위탁 연구개발 적용범위 확대(조특칙 §7 ⑥)

종 전	현 행
□ 공동･위탁 R&D 세액공제가 적용되는 전담기관의 범위 ㅇ 전담부서등	□ 전담기관의 범위 확대 ㅇ (좌 동)
- 단, 국가전략기술, 신성장･원천기술의 경우 국가전략기술 또는 신성장･원천기술 연구개발업무만을 수행할 것	<삭 제>

⇒	개정일자 :	칙 2025. 3. 21.
	적용시기 :	2025년 3월 21일이 속하는 사업연도에 발생하는 연구 및 인력개발비부터 적용

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• 연구･인력개발비 세액공제 점감구조 도입(조특법 §10 ①)

종 전	현 행
□ 연구･인력개발비 세액공제 ㅇ (대상) 기업이 지출한 연구･인력개발비용	□ 중소기업 졸업 후 공제율 점감구조 도입 ㅇ (좌 동)
ㅇ (공제율) 1) 추가분 : 최대 10%(R&D 지출액/매출액×3) 2) (∼3년)15%, (4∼5년)10%, (6년∼)8%	ㅇ 중소기업 졸업 후 3~5년간 점감구조 도입 1) (좌 동) 2) (∼3년)20%, (4∼5년)15%, (6년∼)8% 3) ∼3년)25%, (4년∼)20% 4) (∼3년)35%, (4년∼)30%
- 코스닥상장 중견기업은 기본 25%, 추가 최대 15%	<삭 제>

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31.
	적용시기 :	(점감구조 도입) 2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용 (코스닥상장 우대공제율 폐지) 2025년 1월 1일부터 시행하되, 2024년 12월 31일이 속하는 사업연도에 발생한 코스닥상장 중견기업의 연구ㆍ인력개발비에 대해서는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 통합투자세액공제 점감구조 도입 및 증가분 공제율 상향(조특법 §24 ①)

종 전	현 행
□ 통합투자세액공제	□ 중소기업 졸업 후 공제율 점감구조 도입
ㅇ (공제율) 1) (당해연도 투자액 - 직전 3년간 평균 투자액)	ㅇ 중소기업 졸업 후 3년간 점감구조 도입 1) (좌 동) 2) (∼3년)7.5%, (4년∼)5%, 3) (∼3년)9%, (4년∼)6% 4) (∼3년)20%, (4년∼)15%
	□ 추가분 공제율 10%로 상향 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31.
	적용시기 :	(점감구조 도입) 2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용 (증가분 공제율 상향) 2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 투자하는 경우부터 적용

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• R&D 세액공제 및 통합투자세액공제 적용 시 중소기업 졸업유예기간 규정(조특령 §9, §21 ⑫)

종 전	현 행
<신 설>	□ 신성장･원천기술 및 국가전략기술의 연구･인력개발비에 대한 세액공제와 통합투자세액공제 적용 시 중소기업 졸업유예기간 ① 2023.12.31.이 속하는 사업연도 이전에 중소기업 규모기준을 초과한 경우 : 3년간 유예 ② 2023.12.31.이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 이후에 중소기업 규모기준을 초과한 경우 : 5년간 유예(코스피･코스닥 상장 중소기업은 7년간 유예) ③ ｢중소기업기본법 시행령*｣ 개정으로 졸업 : 3년간 유예 * 중소기업 요건인 업종별 매출액 기준, 실질적 독립성 기준 등을 규정

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일부터 시행

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• 성과공유 중소기업 경영성과급에 대한 세액공제 등의 적용기한 연장 및 재설계(조특법 §19 ①)

종 전	현 행
□ 성과공유 중소기업*이 지급하는 경영 성과급**에 대한 세액공제 등 * 경영성과급 지급 등을 통해 근로자와 성과를 공유하고 있거나 공유하기로 약정한 중소기업 ** 경영목표 설정 및 목표 달성에 따른 성과급 지급을 사전 서면 약정하고 근로자에게 지급하는 성과급	□ 적용기한 연장 등
ㅇ 경영성과급을 지급한 중소기업에 대한 법인세 세액공제 - (공제율) 15% 공제 - (적용기한) 2024.12.31.	ㅇ 공제율 인하 및 적용기한 연장 - 15% → 10% - 2027.12.31.

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31.
	적용시기 :	2025년 1월 1일부터 시행하되, 2024년 12월 31일 이전에 경영성과급을 지급한 경우의 세액공제에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 국가전략기술 반도체 투자에 대한 세액공제율 상향(조특법 §24 ①)

종 전	현 행
□ 통합투자세액공제 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)	□ 국가전략기술 반도체 분야 투자에 대한 공제율 상향 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)

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⇒	개정일자 :	법 2025. 3. 14.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 투자하는 경우부터 적용

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• 국가전략기술, 신성장･원천기술 관련 연구개발시설 투자에 대한 세액공제율 상향(조특법 §24 ①)

종 전	현 행
□ 통합투자세액공제 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)	□ 국가전략기술, 신성장･원천기술 관련 연구개발시설 투자에 대한 세액공제율 상향 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)

⇒	개정일자 :	법 2025. 3. 14.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 투자하는 경우부터 적용

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• 2024･2025년 중소･중견기업에 대한 임시투자세액공제 적용기한 연장(조특법 §24 ①)

종 전	현 행
□ 임시투자세액공제	□ 중소･중견기업에 대한 임시투자세액공제적용기한 연장
ㅇ 2023년 투자 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)	ㅇ (좌 동)
<추 가>	ㅇ 2024･2025년 투자 * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액), 2025년부터는 임시투자세액공제와 관계없이 10%

⇒	개정일자 :	법 2025. 3. 14.
	적용시기 :	(2024년 투자분) 2025년 1월 1일 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용 (2025년 투자분) 2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 투자하는 경우부터 적용

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• 통합투자세액공제 적용 대상에서 임대사업자의 임대용 자산 배제(조특법 §24 ① 및 조특령 §21 ①)

종 전	현 행
□ 통합투자세액공제	□ 세액공제 제외 자산에 임대용 자산 추가
ㅇ (적용대상) 사업*하는 내국인 * 소비성 서비스업, 부동산임대 및 공급업 제외 ㅇ (공제대상) 사업용 유형자산 ㅇ (세액공제 적용제외) - 자산：중고품	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ ┘
<추 가>	- 다른 사람에게 임대할 목적의 자산(임대사업자의 임대 포함)
- 투자 : 운용리스자산	- (좌 동)

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31. 및 영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 투자하는 경우부터 적용

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• 세제지원의 대상이 되는 경력단절자 범위 확대(조특법 §29의 8 ②, §30 ①)

종 전	현 행
□ 조세특례* 적용대상인 경력단절여성 * 통합고용세액공제 우대	□ 경력단절자 범위 확대
① (성별) 여성	<삭 제>
② (업종) 동일 업종* 기업에서 1년 이상 근무 * 표준산업분류상 중분류 동일	② 1년 이상 근무(동일 업종 기업 취업 요건 폐지)
③ (퇴직사유) - 결혼･임신･출산･육아･자녀교육	③ 퇴직사유 추가 - (좌 동)
<추 가>	- 가족돌봄
④ (퇴직기간) 퇴직 후 2년 이상 15년 미만일 것	④ (좌 동)

⇒	개정일자 :	법 2025. 3. 14.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 경우부터 적용하되, 2024년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도에 고용한 경력단절 근로자에 대해서는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 북한이탈주민 통합고용세액공제 우대대상 추가(조특령 §26의 8 ③)

종 전	현 행
□ 통합고용세액공제 우대대상 ㅇ 청년 정규직･장애인･60세 이상･경력 단절 근로자	□ 북한이탈주민을 통합고용세액공제 우대대상에 추가 ㅇ (좌 동)
<추 가>	ㅇ 북한이탈주민* 근로자 * ｢북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률｣ 제2조 제1호에 따른 북한이탈주민

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 경우부터 적용하되, 2024년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도에 고용한 북한이탈주민에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 통합고용세액공제 신청시 제출서류 추가(조특령 §26의 8 ⑪)

종 전	현 행
□ 통합고용세액공제 신청서류 ㅇ 세액공제신청서, 공제세액계산서	□ 신청시 제출서류 추가 ㅇ (좌 동)
<추 가>	ㅇ 상시근로자 명세서

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 하는 경우부터 적용

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• 기술혁신형 주식취득 세액공제 공제율 및 주식취득기간 요건 합리화(조특법 §12의 4 ①)

종 전	현 행
□ 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 ㅇ (적용대상) 기술혁신형 중소기업의 주식을 50% 이상(경영권 지배시 30%) 인수한 내국법인	□ 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 합리화 ㅇ (좌 동)
ㅇ (세액공제) 피인수법인 기술가치금액의 10%	ㅇ 기술가치금액의 10% → 5%
ㅇ (취득기간) 최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 종료일까지 (최대 2년간 분할취득 가능)	ㅇ 최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 끝나는 사업연도 종료일까지 (최대 3년간 분할취득 가능)
ㅇ (적용기한) 2024.12.31.	ㅇ 2027.12.31.

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31.
	적용시기 :	(공제율) 2025년 1월 1일부터 시행하되, 2024년 12월 31일 이전에 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 경우의 세액공제율에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름. (취득기간) 2025년 1월 1일 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용

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• 기술혁신형 주식취득 세액공제 기술가치금액 평가방식 개선(조특령 §11의 4 ④)

종 전	현 행
□ 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제	□ 기술가치금액 평가방식 개선
ㅇ (적용대상) 기술혁신형 중소기업의 주식을 50% 이상(경영권 지배시 30%) 인수한 내국법인 ㅇ (세액공제) 피인수법인 기술가치금액의 5%	┐ │ㅇ (좌 동) ┘
ㅇ (기술가치금액 평가방법) 직접법, 간접법 중 선택	ㅇ 직접법으로 계산
- (직접법) 기술평가기관이 평가한 특허권 등에 대한 평가액 합계	- (좌 동)
- (간접법) 매입가액 - (피인수법인 순자산시가 × 120%)	<삭 제>

⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일부터 시행하되, 2025년 2월 27일 이전에 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 경우의 기술가치금액에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름.

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• 기술혁신형 주식취득 세액공제 지배주주 요건 완화(조특령 §11의 4 ⑥)

종 전	현 행
□ 기술혁신형 중소기업 주식취득세액공제 요건	□ 지배주주 요건 완화
① 1년 이상 사업을 계속한 내국법인 간 주식등* 취득 * 주식 또는 출자지분 ② 피인수법인의 지분비율 50% 초과 취득(경영권 지배 시 30%) ③ 주식등 매입가액이 피인수법인 순자산 시가의 130% 이상 ④ 피인수법인이 기준충족사업연도 종료일까지 사업을 계속	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ ┘
⑤ 주식등의 최초취득일 기준 피인수법인의 지배주주등(A)이 기준충족사업연도 종료일 이후 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 미해당	ㅇ (좌 동)
- A가 기준충족사업연도 종료일 이후에도 피인수법인 임원으로 계속 근무 시 요건 미충족	- A가 기준충족사업연도 종료일 이후에도 피인수법인의 임원으로 계속 근무하더라도 지분비율이 20% 미만인 경우에는 요건 충족

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⇒	개정일자 :	영 2025. 2. 28.
	적용시기 :	2025년 2월 28일 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용

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• 이스포츠(e－sports)대회 운영비용 세액공제 신설(조특법 §104의 35 및 조특령 §104의 32 및 조특칙 §47의 7)

종 전	현 행
<신 설>	□ 이스포츠대회 운영비용 세액공제 ㅇ (적용대상) 수도권 외 지역에서 이스포츠대회를 개최하는 내국법인 ㅇ (특례내용) 이스포츠대회 운영비용의 10%를 법인세에서 공제 ㅇ (공제대상 운영비용) 상금, 경기장 임차료, 장비 대여료 등 해당 대회 운영에 직접 사용된 비용 ㅇ (특례 신청절차) 과세표준 신고 시 운영비용 명세서 및 공제 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출 ㅇ (적용기한) 2026.12.31.

⇒	개정일자 :	법 2025. 3. 14. 및 영 2025. 6. 30. 및 칙 2025. 6. 30.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 발생한 이스포츠대회 운영비용부터 적용

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중복지원의 배제

• 중복지원 배제 개편(조특법 §127 ④)

종 전	현 행
□ 세액감면과 세액공제간 중복적용 배제	□ 창업중소기업 세액감면과 통합고용 세액공제 중복배제 확대
ㅇ 중복배제 적용 세액감면 - 창업중소기업 세액감면, 중소기업특별세액감면 등 ㅇ 중복배제 적용 세액공제 - 통합투자세액공제, 고용창출 투자세액공제 등	┐ │ │ㅇ (좌 동) │ ┘
ㅇ 창업중소기업 세액감면 중 고용증대 추가 감면과 통합고용세액공제 고용증대 중복배제	ㅇ 창업중소기업 세액감면과 통합고용 세액공제 중복배제

⇒	개정일자 :	법 2024. 12. 31.
	적용시기 :	2025년 1월 1일 이후 창업중소기업을 창업하는 경우, 창업보육센터사업자로 지정을 받는 경우, 벤처기업으로 확인받는 경우 또는 에너지신기술중소기업에 해당하게 되는 경우부터 적용

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