[연말정산특집] 원천징수의무자의 중점 확인사항

원천징수의무자는 세법에 따라 연말정산하고 소득세를 원천징수 및 납부하여야 하며,

원천징수의무를 성실히 이행하지 않을 경우 원천징수납부 등 불성실가산세를 부담하게 되므로

연말정산 과다공제를 사전에 방지할 권한과 의무가 있습니다(출처: 국세청).

 

 

 

1. 근로소득 원천징수 중점 확인사항(연말정산 이전)

• 원천징수의무자가 근로자의 연말정산을 하기 전 과세대상 근로소득, 이중 근무자, 고용승계자, 외국인 근로자 등 아래의 구분 항목에 대해 중점적인 확인이 필요함

구 분	중점 확인사항	관련 근거
과세대상 근로소득 포함 항목	① ’20년 귀속 급여 중 미지급 급여 ○ 1월부터 11월까지 미지급 급여는 해당 과세기간의 12.31.에 지급한 것으로 보며, 12월분 미지급 급여는 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수하고 연말정산 시 미지급 급여를 총급여액에 포함	소법 §135
	② 일용근로자를 일반급여자로 보는 시기(소득세 집행기준 14-20-3) ○ 일용근로자에 해당하는 거주자가 3월 이상(건설공사 종사자는 1년) 계속하여 동일한 고용주에게 고용되는 경우에는 3월 이상이 되는 월부터 일반급여자로 보아 원천징수 - 연말정산시 일반급여자로 보는 해당연도 1월 1일부터 12월 31일까지 지급받은 급여를 합산하여 연말정산 해야 함	소령 §20
	③ 인정상여(예시) ○ 종업원에게 주택자금 등 저리 또는 무상으로 대여한 대여금의 인정이자 ○ 현실적인 퇴직에 해당하지 않는 임직원에게 지급한 퇴직금의 인정이자 ○ 회사의 제품ㆍ상품을 소속 직원에게 무상으로 지급하는 현물급여(양도가능 할인쿠폰 포함)및 현저하게 낮은 가액으로 할인판매한 가액과 시가와 차액 ○ 다만, 사용인에게 자기의 제품이나 상품 등을 할인판매하는 경우로서 다음에 해당하는 때는 인정상여에 포함하지 아니함(법기통 52-88…3) - 할인판매가격이 법인의 취득가액 이상이며 통상 일반 소비자에게 판매하는 가액에 비하여 현저하게 낮은 가액이 아닌 것 - 할인판매를 하는 제품 등의 수량은 사용인이 통상 자기의 가사를 위하여 소비하는 것이라고 인정되는 정도의 것	법령 §88 소령 §98
	④ 파견수당(파견공무원, 대학병원 교수, 파견근로자 등) ○ 파견공무원, 대학병원 교수, 파견근로자 등이 파견지에서 근로의 대가로 지급받는 각종수당(비과세 소득 제외)	소령 §38
	⑤ 시내출장 여비와 별도로 지급받는 자기차량운전보조금 ○ 시내출장의 여비를 별도로 지급받으면서 자기차량운전보조금을 지급받거나, 근로자 본인 소유 차량이 없음에도 자기차량운전보조금을 지급받는 경우 그 자기차량운전보조금은 근로소득에 해당	소령 §12 소통칙 12-12…1
	⑥ 비과세 한도를 초과한 국외근로소득 비과세 금액과 국외 출장기간 중의 급여 ○ 국외 등 건설현장에서 근로를 제공하고 받는 보수 중 월 300만원 이내의 금액을 비과세하나, 이는 건설관련 기능직, 건설 단순 종사원, 감리업무 수행자에 해당하는 것으로, 국외 건설현장 파견직원 중 경영지원ㆍ영업ㆍ자재ㆍ기타 공통업무를 수행하는 직원은 월 100만원 이내에서 비과세 됨 ○ 인사발령내역, 출입국 사실 등을 확인하여 국외 장기출장 중에 받은 급여는 비과세가 아닌 근로소득에 해당	소령 §16
	⑦ 현물식사와 별도로 지급받는 식사대 ○ 현물식사를 근로자에게 제공하면서 급여에 별도로 식사대를 포함하여 지급하는 경우 그 식사대는 비과세가 아닌 근로소득에 해당	소령§17의2 소통칙 12-17의2…1
	⑧ 직원에게 지급하는 비과세 아닌 학자금 및 자녀교육비 지원액 ○ 명예퇴직하는 근로자에게 노사합의에 의해 퇴직 후 일정기간 동안 지원하는 자녀학자금은 당해 근로자의 근로소득에 해당 ○ 회사가 임직원의 자녀를 특정하여 학교장으로 하여금 장학생 등으로 추천하게 하여 지급하는 장학금(학자금)은 당해 임직원의 근로소득에 해당 ○ 우수인재 확보를 위해 근로관계가 없는 대학생 등에게 지급하는 장학금은 그 학생이 해당 회사에 입사한 이후 계약조건에 따라 안분한 금액을 근로소득에 가산함(장학금은 입사 전까지 소득세 과세대상 아님)	소령 §11 소령 §38①2
	⑨ 초ㆍ중ㆍ고 교사의 방과후학교 수업대가 ○ 초ㆍ중등 교육법에 따른 교육기관이 학생들로부터 받은 방과후학교 수업료를 교원에게 수업시간당 일정금액으로 지급하는 금액은 비과세 연구보조비에 해당하지 아니하는 것임	소령 §12
이중 근무자	○ 소속 근로자가 재취직자 또는 2인 이상으로부터 근로소득이 있는 자에 해당하는 지 확인하여 종(전) 근무지의 근로소득을 합산하였는지 확인	소법 §137의2
전출ㆍ합병ㆍ법인전환 등 고용승계자	○ 관계회사 또는 지점 간 전출ㆍ입 근로자 등에 대한 연말정산 시 종(전) 근무지의 근로소득을 합산하여 연말정산하였는지, 지급명세서를 작성 시 종(전) 근무지와 주(현) 근무지의 근로소득을 구분하였는지 확인	소통칙 137-0…2,3
외국인 근로자	○ 외국인 단일세율(19%) 또는 외국인기술자 세액감면은 외국인에만 해당(대한민국 국적을 가진 재외국민은 제외)	조특법 §18

 

2. 소득ㆍ세액공제 증명서류 중점 확인사항(연말정산 시)

• 원천징수의무자는 소속 근로자의 연말정산 과다공제에 따른 가산세 부담을 사전에 방지하기 위하여 회사에 제출된 증명서류에 대해 아래 항목을 중점적으로 확인하여야 함

※ 특히, 수동발급 공제 증명서류의 경우 중복공제, 과다공제의 사례가 많음

구 분	중점 확인사항
인적공제	○ 해당 과세기간에 기본공제대상 부양가족을 새로이 추가하는 경우 중복공제 및 연간 소득금액 100만원(근로소득만 있는 자는 총급여 500만원) 초과 여부를 근로자에게 직접 확인(확인서 등) ○ 해당 과세기간 개시일(1.1) 전 사망자ㆍ국외이주자는 기본공제 대상자가 아님
주택자금공제	○ 거주자(개인)간 주택임차차입금 원리금상환액 공제 - 주민등록표등본을 통해 과세기간 종료일 현재 세대주 여부 확인 - 임대차계약서 사본 및 금전소비대차계약서 사본을 통해 임대차계약서의 입주일과 주민등록표등본의 전입일 중 빠른 날부터 전후 1개월 이내 차입한 자금인지 확인 ○ 장기주택저당차입금 이자상환액 공제 - 주민등록표등본을 통해 과세기간 종료일 현재 세대주 여부 확인 - 등기부등본, 대출계약서 사본 등을 제출받아 주택의 근로자 본인 소유 여부, 국민주택규모 여부(2013년 이전 차입분), 등기접수일로부터 3개월 이내 차입 및 저당 여부, 대출 계약기간이 10년 또는 15년 이상인지 여부, 취득 시 기준시가 5억원 이하(2013.12.31. 이전 3억원, 2014.1.1.~2018.12.31. 차입분 4억원) 여부, 과세기간 종료일 현재 2주택이상 보유 여부, 대출조건(비거치식, 고정금리 등) 확인 ○ 동일 세대의 세대주가 주택자금공제와 주택마련저축 소득공제를 받지 않은 경우 세대원인 근로자가 공제 가능
주택마련 저축공제	○ 주민등록표등본 상 과세기간 종료일 현재 세대주 여부 확인 ○ 장기주택마련저축을 소득공제 신청하였는지 확인
신용카드 소득공제	○ 기본공제대상자인 형제자매의 신용카드 등 사용금액을 제외하였는지 확인 ○ 연간소득금액이 100만원(근로소득만 있는 자는 총급여 500만원)을 초과한 배우자 등의 신용카드 등 사용금액을 제외하였는지 확인
연금계좌 세액공제	○ 개인연금저축 납입액을 연금계좌세액공제 항목으로 잘못 신청하였는지 확인 ○ 수동으로 납입확인서를 제출한 경우 중도해지(공제 불가) 또는 본인명의 여부 확인
보험료 세액공제	○ 보장성보험료의 경우 피보험자가 기본공제대상자인지 여부 확인
의료비 세액공제	○ 기본공제대상자인 직계존비속 등의 의료비를 근로자 본인이 직접 부담해야 함 - 근로자 명의 신용카드, 현금영수증 등으로 지출하였는지 확인 ○ 사내근로복지기금ㆍ보험회사(실손보험금)ㆍ국민건강보험공단 등에서 보전받은 의료비를 제외하였는지 여부 확인(근로자 본인이 직접 부담하지 않은 의료비 공제 불가)
교육비 세액공제	○ 자녀 학원비는 취학 전(입학연도 1월~2월 까지)에 지출한 경우 공제가능 ○ 대학원 교육비는 근로자 본인을 위해 지출한 것인지 확인 ○ 비과세 학자금을 지원한 경우 근로자가 교육비 공제를 제외하였는지 확인 ○ 사내근로복지기금에서 지원한 교육비(과세제외)를 제외하였는지 확인
기부금 세액공제	○ 수동 제출 기부금영수증 상 ‘일련번호’ 유무 확인 - 일련번호가 없는 기부금영수증의 경우 기부금 표본조사 대상에 선정될 가능성이 높음 ○ 기부금단체가 적격 단체에 해당하는지 영수증에 기재된 근거법령을 통해 확인 - 개별 종교단체의 경우 총회나 중앙회가 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인인지 여부는 기부금영수증, 소속증명서 등을 통해 확인 -‘고유번호증’의 유무가 적격 기부금 종교단체 여부 판단기준이 아님에 유의 - 사주, 궁합, 택일, 작명 등 대가성 비용을 지출하고 발급받은 기부금영수증은 공제불가 - 사단법인 또는 재단법인의 경우 기획재정부장관의 지정을 받았는지 여부 확인단, 기획재정부장관 지정이 없더라도 관련법령에서 적격 기부금단체로 규정한 법인도 있으므로 ‘기부금영수증 상 기부금단체 근거법령’을 확인하여 적격 기부금단체 여부 판단
월세액 세액공제	○ 주민등록표등본을 통해 과세기간 종료일 현재 세대주(세대주가 주택자금공제, 주택마련저축 공제를 받지 아니한 경우 세대원인 근로자 가능) 여부 확인 ○ 근로자 또는 기본공제대상자가 임대차계약서 상 계약자인지 여부 확인 ○ 주주민등록표등본 상 주소지와 임대차계약서 상 주소지가 동일한지 여부 확인 ※ 2014.1.1. 이후 임대차계약서 상 확정일자를 받을 요건 삭제

* 주택자금공제의 경우 동일 세대의 세대주가 주택자금공제와 주택마련저축 소득공제를 받지 않은 경우 세대원인 근로자가 공제 가능

 

 

---

 

 

 

 

 

☞ 자세한 내용은 삼일아이닷컴 홈페이지에서 확인하실 수 있습니다.

삼일: Issue & Focus

 

☞ 뉴스레터 신청하기

삼일: 세무 자료실