[추천 예규판례] 적격 물적분할시 건설중인 자산의 신성장 투자세액공제 적용 방법

【문서번호】서면법규법인-5223, 2023.12.26

【질의】 (사실관계) o 질의법인은 이차전지 및 축전지 제조업 등을 영위하는 유가증권시장 상장법인임. o ´19.**.**. *******㈜은 사업의 전문성을 제고하고 경영의 효율성을 강화하기 위해 질의법인을 분할신설법인으로 하는 물적분할을 실행하였으며(* 동 물적분할은 법인세법상 적격분할 요건을 충족함) - 이차전지 및 축전지 제조업을 영위하기 위한 자산과 부채 일체를 질의법인에 승계함. o 한편, 질의법인이 승계받은 자산 중에는 건설중인자산*이 포함되어 있으며 동 자산은 분할 승계한 이후 추가로 투자하여 투자완료함. (질의요지) o 분할 전 분할법인이 투자한 건설중인자산을 적격 물적분할을 통해 분할신설법인이 승계하는 경우, 승계한 쟁점자산의 투자금액 전체에 대하여 분할신설법인이 신성장 투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부 【회신】 「조세특례제한법」(2020.12.29., 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조의5제1항에 따른 신성장기술의 사업화를 위한 시설(이하 “시설”)에 투자 중인 법인이 물적분할로 해당 투자 중인 시설을 분할신설법인에 승계시킨 후 분할신설법인이 해당 투자 중인 시설의 투자를 완료한 경우 같은법 같은조의 신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제는 시설에 투자한 당해 법인별로 적용받는 것임. 【관련법령】 ○ 조세특례제한법 제24조 【통합투자세액공제】 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다. <개정 2021.12.28, 2022.12.31, 2023.4.11> 1. 공제대상 자산 가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다. 나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산 2. 공제금액 가. 기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다. 1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액 (중략) ② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다. (이하생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】 ④ 법 제24조제1항제2호가목1) 및 2)에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다. <개정 2022.2.15> 1. 법 제24조제1항제2호가목1)의 시설: 다음 각 목의 시설 가. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "신성장사업화시설"이라 한다) (이하생략) ○ 조세특례제한법 부칙 <제17759호,2020.12.29.> 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의8제5항 및 제6항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하고, 제117조제1항제2호의5 및 제3호의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하며, 제91조의2 및 제126조의2제5항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다. <개정 2022.12.31.> (중략) 제4조(통합투자세액공제에 관한 적용례 등) ① 제24조의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다. ② 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 투자하는 경우에는 제24조제2항의 개정규정에도 불구하고 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 모든 투자가 이루어진 것으로 본다. 1. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도 전에 투자를 개시하였을 것 2. 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4 및 제25조의7에 따른 공제를 받지 아니하였을 것 (중략) 제36조(특정시설투자 세액공제 등에 관한 특례 등) ① 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인이 2021년 12월 31일까지(종전의 제25조의7에 따른 투자는 2020년 12월 31일까지) 투자를 완료하는 경우에는 종전의 제5조, 제25조, 제25조의4, 제25조의5 및 제25조의7(이하 이 조에서 "종전세액공제규정"이라 한다)을 적용받을 수 있다. 이 경우 종전세액공제규정을 적용받는 제24조제1항의 개정규정에 따른 내국인은 다른 공제대상 자산에 대하여 제24조의 개정규정을 적용받을 수 없다. ② 제1항에 따라 종전세액공제규정을 적용받는 경우에는 제72조제2항, 제127조제1항부터 제4항까지, 제128조제1항, 제130조제1항ㆍ제2항, 제132조제1항제3호, 같은 조 제2항제3호 및 제146조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (이하생략) ○ 조세특례제한법 제25조의5【신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제】(2020.12.29., 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 신성장기술의 사업화를 위한 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 5(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 7, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액(제2호 단서에 해당하는 경우에는 해당 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩을 뺀 금액을 말하며, 그 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 해당 투자를 개시하는 날이 속하는 과세연도의 직전 과세연도(기업을 설립한 날이 속하는 과세연도에 투자를 개시하는 경우에는 해당 과세연도로 한다)의 수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 100분의 2 이상이고, 제10조제1항제1호에 따른 신성장ㆍ원천기술 연구개발비 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것 2. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니할 것. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 적용한다. ② 제1항 또는 제144조제4항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제2호에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 1. 공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우 2. 해당 시설의 투자완료일부터 3년 이내에 그 자산을 다른 목적에 전용한 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제22조의9【신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제】(2020.12.29., 대통령령 제31295호로 개정되기 전의 것) ① 법 제25조의5제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장기술의 사업화를 위한 시설"이란 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설로서 제9조제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 제4조제2항에 따른 사업용자산을 말한다. (중략) ④ 법 제25조의5제1항제1호에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발비 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것"이란 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 충족하는 것을 말한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11> 1. 해당 투자를 개시하는 날이 속하는 과세연도의 직전 과세연도(기업을 설립한 날이 속하는 과세연도에 투자를 개시한 경우에는 해당 과세연도로 한다)의 전체 연구ㆍ인력개발비에서 신성장ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율이 100분의 10 이상일 것 2. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 해당 기업이 연구ㆍ개발하여 최초로 설정등록받은 특허권을 보유하고 있을 것 (이하생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】(2020.12.29., 대통령령 제31295호로 개정되기 전의 것) ⑫ 내국인이 지출한 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 별표 7에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의9제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 신성장ㆍ원천기술심의위원회를 둘 수 있다 ○ 조세특례제한법 시행령 제4조【중소기업 등 투자세액공제】(2020.12.29., 대통령령 제31295호로 개정되기 전의 것) ② 법 제5조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 제조업 등 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산 중 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 말한다. 다만, 「소득세법 시행령」 제67조 및 「법인세법 시행령」 제31조에 따라 즉시상각을 적용받은 자산은 제외한다. ○ 조세특례제한법 시행규칙 제3조【사업용자산의 범위】 ① 영 제4조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다. 1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다) 2. 운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업(영 제2조제1항에 따른 중소기업을 말한다. 이하 이 조에서 "중소기업"이라 한다)이 해당 사업에 주로 사용하는 차량 및 운반구(「개별소비세법」 제1조제2항제3호에 따른 자동차로서 자가용인 것을 제외한다)와 선박 3. 어업을 주된 사업으로 하는 중소기업이 해당 사업에 주로 사용하는 선박 4. 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소프트웨어는 제외한다. 가. 인사, 급여, 회계 및 재무 등 지원업무에 사용하는 소프트웨어 나. 문서, 도표 및 발표용 자료 작성 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어 다. 컴퓨터 등의 구동을 위한 기본 운영체제(Operating System) 소프트웨어 ○ 조세특례제한법 제146조【감면세액의 추징】 제8조의3제3항, 제24조, 제26조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년(대통령령으로 정하는 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. ○ 조세특례제한법 시행령 제137조 【감면세액의 추징】 ① 법 제146조에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2019.2.12> 1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 「법인세법」 제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우 2. 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우 3. 국가ㆍ지방자치단체 또는 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호나목에 따른 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우

 

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