조세심판원 2024년 1/4분기 주요 심판결정례

 

조세심판원이 선정한 2024년 1/4분기 조세심판사건 중 주요 심판결정 3건의 요약내용을 정리하였습니다.
아래 주요 심판결정은 국민의 경제활동 등 일상생활과 밀접한 관련이 있는 사건을 위주로 선정되었습니다.
(출처: 조세심판원)​

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1. 조세특례제한법 개정으로 BTO*방식의 도시철도 건설용역이 부가가치세 영세율 대상에서 면세 대상으로 변경된 경우, 비록 위 개정 이후 도시철도시설이 완공되어 국가에 양도(기부채납)되었더라도, 개정 전 과세기간에 대하여는 여전히 영세율이 적용되는 것이므로, 그 당시 매입한 재화 및 용역에 대한 매입세액은 공제 대상임. (조심2022서7076, 2024.3.11.) (인용)

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* BTO(Build-Transfer-Operate):민간투자사업 방식 중 하나로, 민간사업자가 공공시설을 건설하여 국가 등에 소유권을 양도(기부채납)하되, 일정 기간 그 운영권을 보장받아 투자금을 회수하도록 하는 방식

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• (관련규정) 종래 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 함) 제105조 는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민투법”이라 함)에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 국가 등에 공급하는 사회기반시설 또는 그 건설용역을 부가가치세 영세율 대상으로 규정하고 있었으나, 2020.12.9. 개정시 이를 면세대상으로 변경하였다.

• (청구주장) 청구법인은 민투법에 따른 사업시행자로, BTO방식*에 따라 도시철도 건설용역을 제공하고, 국가에 그 시설을 기부채납한 후, 관리운영권을 취득하였는데, 실제 기부채납은 개정된 조특법이 시행된 2021.1.1. 이후인 2022.5.27. 이루어졌다.

* BTO(Build-Transfer-Operate):민간투자사업 방식 중 하나로, 민간사업자가 공공시설을 건설하여 국가 등에 소유권을 양도(기부채납)하되, 일정 기간 그 운영권을 보장받아 투자금을 회수하도록 하는 방식

- 청구법인은 당초 기부채납이 개정된 조특법 시행(2021.1.1.) 이후에 이루어진 까닭에 도시철도시설이 영세율이 아닌 면세 대상인 것으로 보아, 건설과정 중 부담한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다가, 이후 2016년 제2기~2020년 제2기 매입한 부분은 조특법 개정 이전이므로 여전히 영세율이 적용된다고 보아, 신고한 매입세액을 공제ㆍ환급해 달라며 경정청구를 제기하였다.

• (처분청 의견) 처분청은, 청구법인이 조특법 개정 이후 도시철도시설을 기부채납하였으므로, 개정규정에 따라 그 전체가 부가가치세 면세 대상이라는 이유에서 과거 건설과정에서 부담한 매입세액도 공제할 수 없다고 보아, 이를 거부하였다.

• (심판부 판단) 심판부는 부가가치세의 경우 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립하고, 그 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있는데, 기부채납과 관련된 건설과정의 매입거래는 개정 조특법 시행 전에 이미 납세의무가 성립된 2016년 제2기~2020년 제2기의 거래로서 이는 여전히 영세율 대상이므로, 관련 매입세액을 공제ㆍ환급하는 것이 타당하다고 판단하였다.

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2. 무허가주택이 미등기상태에서 양도*된 경우, 그 주택의 부수토지가 등기되어 있다면, 부수토지에 대하여는 1세대 1주택 양도소득세 비과세가 적용되는 것임. (조심2023중9825, 2024.1.11.) (인용)

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* 미등기양도자산은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용대상에서 제외됨.

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• (관련규정) 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목은 1세대가 1주택자의 양도소득을 비과세로 규정하고 있으나, 같은 법 제91조 제1항은 다시 미등기양도자산에 대하여는 비과세를 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 그리하여 1세대 1주택에 해당하더라도 그 주택이 미등기된 경우에는 양도소득에 대한 비과세를 적용받을 수 없다.

• (청구주장) 청구인은 미등기된 무허가주택과 그 주택의 부수토지를 양도하고, 무허가주택이 미등기양도자산이므로 비과세를 적용하지 아니하고 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다가, 이후 무허가주택과 별도로 그 부수토지는 등기된 토지로서 1세대 1주택 비과세요건을 충족하고 있으므로 양도소득세의 일부를 환급해 달라며 경정청구를 하였다.

• (처분청 의견) 처분청은, 청구인이 등기가 가능하였음에도 미등기 상태로 무허가주택을 양도하였으므로 그 부수토지 또한 비과세가 적용될 수 없다고 보아 경정청구를 거부하였다.

• (심판부 판단) 심판부는 무허가주택과는 별도로 그 부수토지는 등기가 완료된 상태에서 양도되었으므로, 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있을 뿐만 아니라, 부동산 투기억제와 조세회피 방지를 위해 미등기양도자산에 대하여는 비과세 적용을 배제하고 있는 입법취지 등을 고려할 때, 이 건 부수토지의 양도부분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것이 타당하다고 판단하였다.

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3. 배우자의 자매(처제)가 청구인과 동일한 주민등록세대원이더라도 만약 생계를 달리하고 있다면, 처제의 주택 보유여부와 상관없이 청구인에게는 1세대 1주택 재산세 특례세율이 적용되는 것임. (조심2023방4294, 2024.2.6.) (인용)

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• (관련규정) 「지방세법」 제110조는 1세대 1주택에 해당하는 경우, 재산세 과세표준을 낮게 산정*하도록 규정하고 있고, 같은 법 제111조의2는 1세대 1주택에 해당하는 경우 일반적인 경우보다 낮은 특례세율**로 재산세를 부과하도록 규정하고 있다.

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* 재산세 과세표준 : (일반의 경우) 시가표준액×40%～80%(1세대 1주택) 시가표준액×30%～70% (일반보다 10%p ↓)

** 재산세 세율 : (일반세율) 0.1%～0.4%, (특례세율) 0.05%～0.35%

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- 그리고 「지방세법 시행령」 제110조의2 는 세대별 주민등록표에 함께 기재되어 있는 가족(동거인은 제외한다)으로 구성된 1세대가 1개의 국내 주택만 소유하는 경우를 1세대 1주택에 해당하는 것으로 규정하고 있다.

• (청구주장) 청구인은 배우자와 함께 주택 1채를 소유하고 있어, 자신을 1세대 1주택 특례 적용대상으로 보았다.

• (처분청 의견) 처분청은, 세대별 주민등록표상 청구인의 세대원으로 함께 기재되어 있는 청구인의 처제(배우자의 자매)가 다른 주택 1채를 소유한 사실이 확인되고, 청구인과 배우자, 청구인의 처제가 함께 1세대를 구성하는 것으로 보아 1세대 2주택자에 해당한다는 이유로, 1세대 1주택 재산세 특례세율 적용을 배제하고 재산세를 부과하였다.

• (심판부 판단) 심판부는「민법」상 “배우자의 형제ㆍ자매는 생계를 같이 하는 경우에 한하여 가족으로 한다”고 규정하고 있는데, 세대주인 청구인을 기준으로 청구인의 처제는 배우자의 형제ㆍ자매에 해당하고 요양원에 입소하여 별도로 생계를 유지하고 있어 청구인의 처제를 세대별 주민등록표상 가족으로 볼 수 없으므로, 처분청이 청구인과 청구인의 처제가 동일 세대임을 전제로 1세대 1주택 재산세 특례세율 등의 적용을 배제한 것은 잘못이라고 판단하였다.

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[붙임] ’24년 1/4분기 주요 결정 요약

1. 조심 2022서7076, 2024.3.11

 

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(제 목)	쟁점기부채납과 관련된 매입 건들이 매입세액 공제대상인지
(사실관계)	청구법인은 수익형 민간투자사업(BTO)을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 광역철도망을 건설하여 국가에 기부채납하고 관리운영권을 취득하는 사업을 면세거래로 보아 건설단계에서 부담한 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였음.
(처분개요)	청구법인은 위 사업을 영세율 거래로 보아 16.2기~20.2기분 매입세액에 대하여 경정청구를 하였으나 처분청은 기부채납 절차가 완료된 시점(22.5.27.)에 비추어 개정 후 규정(조특법 §105①3호가목) 적용대상으로 보아 이를 거부하였음.
(심판결정)	처분청이 2022.4.15. 청구법인에게 한 2016년 제2기~2020년 제2기 부가가치세 매입세액 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소함.
(판단이유)	① 조세특례제한법은 20.12.29. 민간투자법에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 국가 등에 공급하는 사회기반시설 등을 영세율의 적용대상에서 제외하는 것으로 개정된 점, ② 국세기본법 제21조 제2항 제4호는 부가가치세의 납세의무 성립시기를 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립된다고 규정하고 있는 점, ③ 부가가치세법 제38조 제2항은 “매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 기부채납과 관련된 매입 건들은 개정법률 시행 전에 이미 종료된 과세기간에 재화 또는 용역의 제공이 이루어진 건으로 해당 과세기간의 매출세액에서 공제되어 신고ㆍ납부된 것임에도 그 경정청구를 거부한 처분은 국세기본법상 소급과세 금지 원칙, 부가가치세법상 매입세액의 공제시기 규정 등의 취지에 어긋남.

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2.조심 2023중9825, 2024.1.11.

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(제 목)	미등기주택의 등기된 부수토지에 대해 1세대1주택 비과세 적용 여부
(사실관계)	청구인은 미등기 주택과 그 주택의 부수토지를 양도 후 당초 양도소득세를 신고ㆍ납부하였나, 이후 청구인은 양도 당시 1세대 1주택자에 해당하고 부수토지는 등기되었으므로 부수토지분에 대해 비과세를 적용하여 양도소득세 일부를 환급해 줄 것을 경정청구하였음.
(처분개요)	처분청은 미등기 양도자산에 대해서는 비과세를 배제하여야 한다고 하며 미등기 주택의 부수토지에 대해서도 비과세를 배제하는 것이 타당하다고 보아 경정청구를 거부하였음.
(심판결정)	처분청의 경정청구 거부처분은 이를 취소함.
(판단이유)	청구인이 무허가주택의 등기가 가능하였음에도 불구하고 미등기 상태로 양도하여 1세대 1주택 비과세가 배제되는 것은 타당하나, 부수토지는 등기가 완료된 상태이며 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있는 것으로 보이는 점, 미등기양도자산에 대한 비과세 적용을 배제한 입법취지를 고려하여 부수토지의 양도에 투기 또는 조세회피 목적이 있었다고는 볼 수 없어 그 부수토지에까지 비과세 적용을 배제하는 것은 부당한 점 등에 비추어 부수토지의 양도소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당함.

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3. 조심 2023방4294, 2024.2.6.

 

 

(제 목)	2주택을 소유하면서 주민등록표상 함께 기재되어 있는 청구인들을 1세대로 보아 재산세 1세대 1주택 특례세율을 배제한 처분의 당부
(사실관계)	부부인 청구인 AAA[남편(세대주)]·BBB(아내)는 쟁점주택①의 지분 1/2씩 각 소유하고 있고, 청구인 CCC(BBB의 동생)는 쟁점주택②를 소유하고 있으며, 2023년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구인들은 동일한 세대별 주민등록표에 기재되어 있고, CCC는 요양원에 입소하여 생활하고 있음.
(처분개요)	처분청들은 청구인들을 1세대로 보아 쟁점주택①·②에 대하여 1세대 1주택 특례세율을 배제하여 2023년 재산세를 부과하였음.
(심판결정)	청구인들이 소유한 쟁점주택①·②에 대한 2023년 재산세를 1세대 1주택 특례세율을 적용하여 그 세액을 경정함.
(판단이유)	주민등록법령에 따라 「민법」상 가족의 범위에 속하지 아니하는 사람은 세대별 주민등록표의 동거인란에 기록하고 가족의 범위에 속하지 아니하는 사람에 해당하는지 여부는 세대주를 기준으로 판단해야 할 것인바, 「민법」제779조에서 배우자의 형제자매는 생계를 같이 하는 경우에 한하여 가족으로 한다고 규정하고 있으므로 세대주인 AAA을 기준으로 CCC는 배우자의 형제자매에 해당하고 별도로 생계를 유지(요양원 입소)하고 있으므로 세대별 주민등록표상 동거인에 해당하는 것으로 보는 것이 타당함. 따라서 청구인 AAA·BBB와 청구인 CCC는 별도 세대에 해당한다고 보아 쟁점주택①·②에 대하여는 재산세 1세대 1주택 특례세율을 적용하여야 함.

 

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