종합부동산세 합산배제ㆍ특례 혜택 9월말까지 신청하세요

국세청은 올해 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 적용이 예상되는 납세자 5만여 명에게 안내문을 발송했다고 밝혔습니다.

합산배제 및 과세특례 대상 부동산을 소유한 납세자는 9월 16일(화)부터 9월 30일(화)까지 신청을 하면 11월 정기고지 때 해당 부동산이 비과세되거나, 1세대 1주택자로 과세되는 등 혜택을

받을 수 있습니다.

기존에 신청한 경우에는 계속 적용되므로 다시 신청하지 않아도 되지만, 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 변동내용을

반드시 신고해야 합니다.

(출처: 국세청)

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※ 올해 6년 단기임대주택 제도가 새롭게 시행됨에 따라, 과세기준일(’25.6.1.) 전 임대 개시한 경우 9월 30일까지 지자체 단기임대주택 등록과 세무서 주택임대업 등록을 모두 마치면 합산배제 신청 가능

※ 특히 올해부터 1세대 1주택자가 소유한 주택이 재건축ㆍ재개발된 주택1)또는 배우자로부터 상속받은 주택2)인 경우, 특례 신청을 해야 보유기간별 세액공제를 적용받을 수 있음

1) 재건축ㆍ재개발된 주택의 보유기간 계산은 멸실된 종전 주택을 취득한 날부터 적용

2) 배우자로부터 상속받은 주택의 보유기간 계산은 배우자가 해당 주택을 취득한 날부터 적용

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합산배제 및 과세특례 신고(신청) 안내 개요

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□ 국세청은 합산배제 및 과세특례 신고(신청)를 받아 이를 11월 종합부동산세 정기 고지에 반영하기 위해 9월 10일부터 합산배제 대상 주택 소유자ㆍ일시적 2주택자 등 5만여 명에게 신고(신청)안내문*을 발송하였습니다.

* 안내문 발송: 모바일 안내문 9.10.(수), 우편 안내문 9.15.(월)

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□ 합산배제 대상 임대주택ㆍ사원용 주택 등, 일시적 2주택ㆍ상속주택ㆍ지방 저가주택, 멸실되어 재개발ㆍ재건축된 1주택 소유자 등은 9월 16일부터 9월 30일까지 홈택스 또는 서면으로 합산배제 또는 과세특례를 신고(신청)하시면 됩니다.

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○ 합산배제를 신고한 물건은 11월 종합부동산세 정기고지 시 과세대상에서 제외되며, 일시적 2주택ㆍ상속주택 등의 1세대 1주택자 과세특례를 신청한 납세자는 1세대 1주택자 계산방식이 적용됩니다.

- 올해부터 ’25.6.4. 이후 등록한 6년 단기임대주택도 ’25.6.1. 현재 임대 개시하고 ’25.9.30.까지 시ㆍ군ㆍ구청 임대사업자 등록과 세무서 주택임대업 등록을 모두 마치는 경우 합산배제를 신청할 수 있습니다.

- 또, 올해부터는 노후 등으로 멸실되어 재건축ㆍ재개발한 주택 또는 배우자로부터 상속받은 주택 1채만을 소유한 자는 「1세대1주택 보유기간 계산 특례신청서」를 제출해야 보유기간별 세액공제 적용이 가능합니다.

□ 국세청은 어려운 종합부동산세 합산배제 내용을 알기 쉽게 전달하기 위해 납세자 유형별로 필요한 내용만 간추려 맞춤형 안내를 실시합니다.

○ (사업자 유형별 안내) 합산배제 안내문을 「주택 임대사업자」용과 「주택 건설사업자」용으로 세분화 하여 납세자 유형별 맞춤 안내*를 실시합니다.

* (주택 임대사업자) 임대주택 합산배제 요건, 임대주택 관련 합산배제 유의사항 등

(주택 건설사업자) 주택건설사업 관련 합산배제 유형 및 적용요건, 추징사유 등

○ (홈택스 안내) 임대주택 합산배제 자가진단, 종부세 세액 모의계산, 각종 신청화면 등에 접속할 수 있는 홈택스 경로를 안내하고, 복잡한 설명 내용은 간소화하였습니다.

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합산배제 신고 제도

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□ 대상물건

○ 합산배제 신고 대상은 전용면적 및 공시가격 등 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택 등(기숙사, 미분양 주택 포함)과 주택건설 사업자가 주택건설을위해 취득한 토지입니다.

* 자세한 요건은 하단 [참고] 참조

◈ 홈택스 「임대주택 합산배제 자가진단」 서비스 이용하여 임대주택이 합산배제 대상인지 여부 판단 가능 * (접근경로)홈택스(하단) 세무 업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》종합부동산세 고지ㆍ모의계산》임대주택 합산배제 자가진단

○ (임대주택) 일정 요건을 충족한 주택으로서 과세기준일(6.1.) 현재 실제 임대하고 지자체와 세무서에 임대사업자 등록한 주택을 말합니다.

※ 6.1. 현재 임대 중인 주택을 9.30.까지 사업자등록하면 6.1. 사업자등록을 한 것으로 인정

○ (사원용주택 등) 일정 요건을 갖춘 사원용 주택, 기숙사, 주택건설업자의 미분양주택, 주택건설 멸실목적 주택, 등록문화재주택 등을 말합니다.

○ (주택건설용 토지) 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 내 주택법에 따른 사업계획승인을 받을 토지를 말합니다.

□ 신고유형

○ (최초ㆍ추가 신고) 최초로 합산배제 신고를 하거나, 합산배제 대상물건을 추가하려는 경우에는 대상물건을 추가(과세대상 제외)하는 신고를 하면 됩니다.

○ (변동 신고) 기존 합산배제 신고한 물건의 소유권, 면적 등 변동사항이 있는 경우 이를 반영하여 합산배제 신고를 다시 하여야 합니다.

○ (제외 신고) 임대등록이 말소되었거나 임대료의 5%를 초과하여 임대계약을 갱신하는 등 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 제외(과세대상 포함)하는 신고를 하여야 합니다.

○ (신고 면제) 기존 합산배제 신고서를 제출한 납세자는 신고내용에 변동사항(소유권, 면적 등)이 없는 경우에는 별도로 신고할 필요가 없습니다.

□ 올해 주요 개정 내용

○ (단기임대주택 추가) ’25.6.4. 이후 임대사업자등록한 단기임대주택*으로 6년 이상 임대하여야 하고 연 임대보증금 또는 임대료 증가율 5%이하, 1년 이내 재증액 금지 등 요건을 충족하는 경우 합산배제 가능합니다.

* 단기매입임대주택: 비조정지역(아파트 제외), 공시가격 수도권 4억원(수도권밖 2억원) 이하 등 단기건설임대주택: 면적 149㎡ 이하, 2호 이상 임대, 공시가격 6억원 이하 등

○ (임대주택 가액요건 완화) 30호 이상 건설 또는 30호 이상 매입해 공급하는 민간임대주택(10년 임대)에 대한 합산배제 공시가격 가액요건이 완화*되었습니다.

* [건설형] (현행) 9억원 이하 → (개정) 12억원 이하

[매입형] (현행) 6억원(비수도권 3억원) 이하 → (개정) 9억원(비수도권 6억원) 이하

○ (사원용주택 변동 신고) 사원용주택을 보유한 종합부동산세 납세의무자가 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 거주하는 종업원(임차인), 임차료 및 임대보증금 등이 변동된 경우 합산배제 변동 신고를 해야 합니다.

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과세특례 신청 제도

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1세대 1주택자 적용 특례

□ 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례

○ 1세대 1주택자가 기존주택을 양도하기 전 다른 주택을 대체취득(일시적 2주택)하거나, 상속주택, 지방저가주택을 소유하는 경우 납세자 신청에 따라 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.

○ (신청대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 1주택과 아래 주택을 함께 보유한 경우 주택수 산정 특례를 신청하실 수 있습니다.

• (일시적 2주택) 1세대 1주택자가 기존 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체 취득하여 과세기준일 현재 일시적으로 2주택이 된 경우로, 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우 • (상속주택) 상속을 원인으로 취득한 주택으로서 과세기준일(6.1.) 현재 아래 어느 하나에 해당하는 주택 ㉠ 상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 주택 ㉡ 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택 ㉢ 상속지분 상당 공시가격이 수도권 6억 원, 수도권 밖 3억 원 이하 인 주택 • (지방저가주택) 공시가격 4억 원 이하인 주택 1채 ㉠ 수도권 : 경기 가평군ㆍ연천군, 인천 강화군ㆍ옹진군 ㉡ 수도권 밖 광역시ㆍ특별자치시 : 군, 읍ㆍ면 지역 ㉢ 수도권 밖 도(道)ㆍ제주도 : 모든 지역

○ (유의사항) 일시적 2주택자가 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하지 않는 경우 경감받은 세액(정상납부할 세액과 과소납부한 세액의 차액)과 이자상당가산액이 부과되니 유의하시기 바랍니다.

□ 부부 공동명의 1주택자 특례

○ 부부가 공동으로 1주택을 소유하고 있는 경우 특례 신청 시 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.

○ (신청대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 거주자*인 부부가 공동으로 1주택만을 소유하고, 다른 세대원은 주택을 소유하지 않아야 합니다.

* 국내에 주소를 두거나 183일 이상 국내에 거소를 둔 개인

○ (세제상 차이) 특례 적용시와 미적용시 차이점은 아래와 같습니다.

○ (유의사항)부부 공동명의 특례 적용이 오히려 불리할 수도 있으니, 홈택스(손택스) 종부세 모의세액계산 서비스* 등을 활용하여 특례 적용 유불리 여부를 검토 후 신청하시기 바랍니다.

* 홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》종합부동산세 고지ㆍ모의계산》모의계산손택스 》전체메뉴 》세금신고 》종합부동산세 신고 》종합부동산세 간이세액계산

□ 1세대 1주택자 보유기간 계산 특례

○ 1세대1주택자 소유주택이 멸실되어 재건축ㆍ재개발된 주택 또는 배우자로부터 상속받은 주택에 해당하는 경우 「1세대1주택 보유기간 계산 특례신청」을 해야 보유기간에 따른 세액공제 적용이 가능합니다.

세율 적용 특례

□ 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례

○ 상속주택, 무허가주택 부속토지, 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택 소유자가 특례 신청 시 해당 주택은 세율 적용 주택수 계산에서 제외되어 3주택 이상자에게 적용되는 중과세율을 적용받지 않을 수 있습니다.

○ (신청대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 소유하고 있는 아래 주택은 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례를 신청할 수 있습니다.

○ (유의 사항) 상속주택 등 특례 주택을 제외하고 그 외 나머지 주택 수가 3주택 이상이면 중과세율이 적용될 수 있습니다.

□ 법인 일반 누진세율 적용 특례

○ 공익법인, 공공주택사업자 등 일정한 법인은 특례 신청 시 주택분 종합부동산세 기본공제, 일반 누진세율, 세부담상한을 적용*받을 수 있습니다.

* 그 외 일반법인이 보유한 주택은 종합부동산세 계산 시 단일세율(2.7%, 5%)이 적용되고, 기본공제 및 세부담 상한 적용 배제

○ (신고대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 법에서 열거한 아래 법인 또는 법인으로 보는 단체는 특례를 신고할 수 있습니다.

일반 누진세율 적용 대상 법인

1. 「상속세 및 증여세법」에서 정하는 공익법인 등(종교단체ㆍ학교ㆍ사회복지법인 등) 2. 「공공주택 특별법」에서 정하는 공공주택사업자 3. 「주택법」에서 정하는 주택조합 4. 「도시 및 주거환경정비법」 등에서 정하는 재건축ㆍ재개발 정비사업시행자 5. 건설임대주택과 비과세ㆍ사원용주택 등만을 보유하는 건설임대주택사업자 6. 정관ㆍ규약상 설립 목적이 구성원의 주택 공동사용 또는 취약계층 주거지원이고, 그 목적에 사용되는 주택만을 보유한 「사회적기업 육성법」에 따른 사회적기업 또는 「협동조합 기본법」에 따른 사회적협동조합 7. 종중(宗中)

○ (세제혜택) 특례 신청 법인은 아래와 같이 주택분 종합부동산세 기본공제, 일반누진세율, 세부담상한을 적용받을 수 있습니다.

○ (유의사항) 공익법인 등은 직접 공익목적사업에 사용하지 않는 주택이 1채라도 있는 경우 최고 5%까지 중과누진세율이 적용될 수 있습니다.

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다양한 신고도움 서비스 제공

□ 홈택스를 이용하여 전자신고(신청)할 경우에는 신고(신청)에 필요한 내용을 미리채움으로 제공하여 보다 쉽게 신고(신청)*할 수 있습니다.

* 홈택스(하단) 세무 업무 가이드맵(Map) 》 종합부동산세 》 각 신고(신청) 메뉴 선택

○ 서면으로 신고ㆍ신청하시는 경우 홈택스(www.hometax.go.kr)* 또는 세무서에서 신고 서식을 제공받아 작성하시면 됩니다.

* 홈택스 》 (웹페이지 우측 메뉴) 세무서식 》 세무서식 다운로드

□ 홈택스 ‘종합부동산세 모의세액계산 프로그램’을 이용하면 부부공동명의 특례 적용 시 세액, 1세대 1주택자 특례 적용 시 세액 등 본인이 납부해야 할 예상세액을 미리 모의계산해 볼 수 있습니다.

* (홈택스) 홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map) 》종합부동산세》종합부동산세 고지ㆍ모의계산

□ 임대주택은 종류, 소재지, 취득시기 등 다양한 조건에 따라 합산배제 가능 여부가 달라지는데, 홈택스 ‘임대주택 합산배제 자가진단’을 이용하면 합산배제 가능 여부를 쉽게 알아볼 수 있습니다.

* (홈택스) 홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map) 》종합부동산세》임대주택 합산배제 자가진단

□ 또한, 안내문에 기재된 각 세무서 담당자 또는 국세청 국세상담센터에 문의하시면 친절히 안내받으실 수 있습니다.

□ 합산배제 및 과세특례를 적용받은 후 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 등을 추가 납부해야 하므로 성실하게 신고(신청)하시기 바랍니다.

<납세자가 잘못 신고(신청)한 주요 사례>

① 종합부동산세 합산배제 신고를 하였지만 합산배제 신고 종료일까지 지자체 및 세무서 주택임대사업 등록을 하지 않은 경우 ② 의무임대기간 경과 전 임대주택을 양도 또는 임대사업자 등록이 말소된 경우 ③ 임대료의 5%를 초과하여 임대계약을 갱신하였으나 임대주택 합산배제 신고한 경우 ④ 주택건설업자 등이 보유한 주택신축용 토지의 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 경우 ⑤ 일시적 2주택 특례를 신청하였으나, 신규주택 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하지 못한 경우

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[참고] 합산배제 적용요건

(1) 임대주택 유형별 합산배제 요건(「종합부동산세법 시행령」 제3조)

○ 과세기준일(6.1.) 현재 실제 임대하는 주택으로서, 합산배제 신고기한까지 지자체 임대등록 및 세무서 사업자등록(주택임대업)을 하고 아래 요건을 갖춘 주택

(2) 주요 합산배제 사원용 주택 등(「종합부동산세법 시행령」 제4조)

(3) 주택 건설업자의 주택신축용 토지(「조세특례제한법」 제104조의 19)

○ (취득주체) (도시정비법)정비사업시행자, (소규모주택정비법)소규모주택정비사업시행자, (주택법)주택조합ㆍ고용자ㆍ주택건설등록사업자, 프로젝트금융투자회사(PFV)가 취득

○ (주택신축용토지) 주택건설을 목적으로 취득한 종합합산토지로서 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획 승인*을 받을 토지

* 취득일로부터 5년 이내 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 추징

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