2025년 세법개정안 기재위 전체회의 통과

- 9월 국회 제출안 대비 주요 수정내용

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국회 기획재정위원회는 11.30.(일) 소득세법, 조세특례제한법 등 총 11개 세법개정안을 의결하였습니다.

* 국세기본법, 국세징수법, 소득세법, 상속세 및 증여세법, 종합부동산세법, 부가가치세법, 개별소비세법, 농어촌특별세법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률, 관세법

정부가 지난 9.3. 국회에 제출한 세법개정안 대비 주요 수정 내용은 다음과 같습니다.

(출처: 기획재정부)

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1. 국세징수법

① 한국자산관리공사에 가상자산 매각 위탁 시행시기 3개월 유예

* (정부안) ‘26.7.1. 시행 → (수정안) ’26.10.1. 시행

② 고액ㆍ상습 체납자 감치 제도 현행 유지

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2. 부가가치세법

① 거짓세금계산서 발급ㆍ수취에 대한 가산세율 상향(3→4%)

② 납세의무자에게 실질적 사업운영 현황을 입증할 수 있는 증빙자료 제출 의무 부과

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3. 개별소비세법

① 합성니코틴 담배에 대한 한시적 개별소비세 감면* 신설

* 법 시행일(「담배사업법」 개정안 시행일과 동일)부터 2년간 50% 감면

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4. 조세특례제한법

① 배당소득 분리과세 최고세율 인하 등 관련 제도 수정*

구분	정부안	수정안
적용세율	• 3억원 초과구간 35%	• 3억원 초과 50억원 이하 구간 25% 50억원 초과구간 30%
시행시기	• ‘26년 발생한 이익 배당분	• ‘26.1.1. 이후 지급한 배당분
적용대상 전제요건	• 전년대비 배당이 감소하지 않을 것	• ‘24년 사업연도 대비 배당이 감소하지 않을 것
노력형법인 적용요건	• 직전 3년 평균대비 5% 이상 증가	• 전년대비 10% 이상 증가

② 상호금융 예탁금ㆍ출자금에 대한 이자ㆍ배당소득 비과세 대상 조정*

* (정부안) 총급여 5천만원 초과 준조합원등에 대해 저율 분리과세 적용

(수정안) 총급여 7천만원 초과 준조합원등에 대해 저율 분리과세 적용

③ 청년미래적금 이자소득 비과세 도입

④ 청년미래적금 가입을 위해 청년도약계좌 중도 해지 시 감면세액 미추징

⑤ 상생협력기금 출연금 세액공제 대상에 무역보험기금* 추가

* 내국법인이 중소ㆍ중견기업 보증ㆍ대출지원을 위해 출연하는 경우 출연금의 5~10% 세액공제

⑥ 한국산업은행의 첨단전략산업기금 출연금 손금산입 특례 신설

⑦ 도서지방 자가발전용 석유류에 대한 간접세 면제 적용기한 1년 연장*

* (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

⑧ 농ㆍ임업인에 제공되는 목재펠릿에 대한 부가가치세 면제 적용기한 1년 연장*

* (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

⑨ 연안여객선박용 석유류에 대한 간접세 면제 적용기한 1년 연장*

* (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

⑩ 연안화물선용 경유에 대한 유류세 감면 적용기한 1년 연장*

* (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

(11) 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례* 지원대상 지역을 비수도권 인구감소관심지역까지 확대

* 1주택자가 인구감소지역 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용

(12) 비수도권 소재 준공 후 미분양 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 특례* 적용기한** 연장

* 1주택자가 준공후 미분양 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용

** (현행) ‘25.12.31.까지 취득 → (개정) ’26.12.31.까지 취득

(13) 장애인표준사업장 소득ㆍ법인세 감면 확대

* (현행) 3년 100% + 2년 50% 감면 → (개정) 3년 100% + 2년 50% + 5년 30% 감면

(14) 연구개발 우수인력 근로자 수에 따른 연구개발특구 입주기업 세액감면 한도 확대

* (현행) 투자누계액의 50% + 상시근로자 수 x 1,500만원(청년ㆍ서비스업 2,000만원) →

(개정) 투자누계액의 50% + 상시근로자 수 x 1,500만원(청년ㆍ서비스업ㆍ우수인력 2,000만원)

(15) 기회발전특구 창업기업 등에 대한 소득ㆍ법인세 감면 적용기한 연장

* (현행) ‘26.12.31. → (개정) ‘28.12.31.

(16) 조세지출결산서 작성 의무 신설 및 조세감면제도 유지 의견 제출 시 의견서에 포함될 내용 구체화*

* 조세감면 필요성, 정책목표 달성시기, 세수감면 보완 대책 등 포함

(17) 저도수 혼성주류에 대한 한시적 주세 감면* 신설

* ‘26.4.1.~’28.12.31. 기간동안 일정 출고량 한도 내에서 세율 30% 경감

(18) 생계형 체납자의 징수곤란 소액체납액(5천만원 이하) 납부의무 소멸 특례 신설

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5. 관세법

① 항공기 부분품 관세 면제 3년 연장(~‘28.12.31.) 및 감면율 단계적 축소 구간 폐지

* 감면율: (현행) ’25년 100%, ‘26년 80%, ’27년 60%, ’28년 40%, ’29년 20%, ‘30년 종료

(개정) ’25~‘28년 100%, ’29년 종료

② 희귀ㆍ필수의약품센터가 수입하는 희귀병 의약품 관세ㆍ부가가치세 면제 신설

③ 해외자원개발을 통해 확보한 핵심광물* 관세 면제 신설

* 「국가자원안보 특별법」에 따른 핵심광물

④ 관세청의 마약류 관련 정보 요청 대상(승객예약자료, 위치정보 등)에 마약류 원료물질 및 임시마약류 정보도 포함되도록 일괄 정비

⑤ 마약류 등 유해물품 휴대ㆍ은닉 의심자에 대한 신체 검색 가능 사유 구체화

* (정부안) 휴대하거나 숨기고 있다고 의심되는 경우 →

(수정안) 휴대하거나 숨기고 있다고 의심할만한 상당한 이유가 있는 경우

- 마약류 외 원료물질ㆍ임시마약류 휴대ㆍ은닉 의심자도 검색 가능 대상에 포함

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6. 농어촌특별세법

① 농어촌특별세 비과세 대상에 청년미래적금 추가

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