[이달의 국내조세동향] Korean Tax Update 2025. 12.

- 2025년 세법개정안 주요 수정내용, 국내투자 확대 외국계기업 세무조사 유예

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1. Tax News

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2025년 세법개정안 국회 기재위 통과 및 주요 수정 내용

국회 기획재정위원회는 2025년 11월 30일 조특법 개정안 등 총 11건의 세법개정안을 의결하였으며, 정부가 2025년 9월 3일 국회에 제출한 세법개정안 대비 주요 수정내용은 다음과 같음.

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구분	주요 수정 내용
국세징수법	ㆍ한국자산관리공사에 가상자산 매각 위탁 시행시기 3개월 유예 (2026년 7월 1일 시행 → 2026년 10월 1일 시행) ㆍ고액ㆍ상습 체납자 감치 제도 현행 유지
부가가치세법	ㆍ거짓세금계산서 발급ㆍ수취에 대한 가산세율 상향 (3% → 4%) ㆍ납세의무자에게 실질적 사업운영 현황을 입증할 수 있는 증빙자료 제출 의무 부과
개별소비세법	ㆍ합성니코틴 담배에 대한 한시적 개별소비세 감면* 신설 * 법 시행일(담배사업법 개정안 시행일과 동일)부터 2년간 50% 감면
조세특례제한법	ㆍ배당소득 분리과세 최고세율 인하 등 관련 제도 수정 ㆍ상호금융 예탁금ㆍ출자금에 대한 이자ㆍ배당소득 비과세 대상 조정 (정부안) 총급여 5천만 원 초과 준조합원등에 대해 저율 분리과세 적용 (수정안) 총급여 7천만 원 초과 준조합원등에 대해 저율 분리과세 적용 ㆍ청년미래적금 이자소득 비과세 도입 ㆍ청년미래적금 가입을 위해 청년도약계좌 중도 해지 시 감면세액 미추징 ㆍ상생협력기금 출연금 세액공제 대상에 무역보험기금* 추가 * 내국법인이 중소ㆍ중견기업 보증ㆍ대출지원을 위해 출연하는 경우 출연금의 5~10% 세액공제 ㆍ한국산업은행의 첨단전략산업기금 출연금 손금산입 특례 신설 ㆍ도서지방 자가발전용 석유류 간접세 면제 적용기한 1년 연장 (정부안: 2028년 12월 31일 → 수정안: 2026년 12월 31일) ㆍ농ㆍ임업인 제공 목재펠릿 부가가치세 면제 적용기한 1년 연장 (정부안: 2028년 12월 31일 → 수정안: 2026년 12월 31일) ㆍ연안여객선박용 석유류 간접세 면제 적용기한 1년 연장 (정부안: 2028년 12월 31일 → 수정안: 2026년 12월 31일) ㆍ연안화물선용 경유에 대한 유류세 감면 적용기한 1년 연장 (정부안: 2028년 12월 31일 → 수정안: 2026년 12월 31일) ㆍ인구감소지역 주택 취득자 양도세ㆍ종부세 과세특례* 대상 지역을 비수도권 인구감소관심지역까지 확대 * 1주택자가 인구감소지역 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용 ㆍ비수도권 준공 후 미분양주택 취득자 양도세ㆍ종부세 특례* 적용기한 연장 (정부안: 2025년 12월 31일까지 취득 → 수정안 : 2026년 12월 31일까지 취득) * 1주택자가 준공후 미분양 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용 ㆍ장애인표준사업장 소득세ㆍ법인세 감면 확대 (현행) 3년 100% + 2년 50% 감면 → (개정) 3년 100% + 2년 50% + 5년 30% 감면 ㆍ연구개발 우수인력 근로자 수에 따른 연구개발특구 입주기업 세액감면 한도 확대 (현행) 투자누계액 x 50% + 상시근로자 수 x 1,500만 원(청년ㆍ서비스업 2,000만 원) (개정) 투자누계액 x 50% + 상시근로자 수 x 1,500만 원(청년ㆍ서비스업ㆍ우수인력 2,000만 원) ㆍ기회발전특구 창업기업 등에 대한 소득세ㆍ법인세 감면 적용기한 연장 (정부안: 2026년 12월 31일 → 수정안: 2028년 12월 31일) ㆍ조세지출결산서 작성 의무 신설 및 조세감면제도 유지 의견 제출 시 의견에 포함 내용 구체화(조세감면 필요성ㆍ정책목표 달성시기ㆍ세수감면 보완 대책 등) ㆍ저도수 혼성주류에 대한 한시적 주세 감면* 신설 * 2026년 4월 1일 ~ 2028년 12월 31일 기간 동안 일정 출고량 한도 내에서 세율 30% 경감 ㆍ생계형 체납자의 징수곤란 소액체납액(5천만 원 이하) 납부의무 소멸 특례 신설
관세법	ㆍ항공기 부분품 관세 면제 3년 연장(~ 2028년 12월 31일) 및 감면율* 단계적 축소 구간 폐지 * 감면율: (현행) 2025년 100%ㆍ2026년 80%ㆍ2027년 60%ㆍ2028년 40%ㆍ2029년 20%ㆍ2030년 종료 (개정) 2025~2028년 100%ㆍ2029년 종료 ㆍ희귀ㆍ필수의약품센터가 수입하는 희귀병 의약품 관세ㆍ부가가치세 면제 신설 ㆍ해외자원개발을 통해 확보한 국가자원안보 특별법에 따른 핵심광물 관세 면제 신설 ㆍ관세청의 마약류 관련 정보 요청 대상(승객예약자료ㆍ위치정보 등)에 마약류 원료물질 및 임시마약류 정보도 포함되도록 일괄 정비 ㆍ마약류 등 유해물품 휴대ㆍ은닉 의심자에 대한 신체 검색 가능 사유 구체화 (정부안) 휴대하거나 숨기고 있다고 의심되는 경우 (수정안) 휴대하거나 숨기고 있다고 의심할만한 상당한 이유가 있는 경우 - 마약류 외 원료물질ㆍ임시마약류 휴대ㆍ은닉 의심자도 검색 가능 대상에 포함
농어촌특별세법	ㆍ농어촌특별세 비과세 대상에 청년미래적금 추가

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기획재정부, 2025년 세제개편안 관련 세법 시행령 개정 추진

기획재정부는 2025년 세제개편안(2025년 7월 31일)을 통해 발표한 세법 시행령 개정 과제 중 2026년 1월 시행 예정인 증권거래세율 환원 및 자본준비금 감액배당 과세범위 합리화 규정 마련을 위해 다음과 같은 세법 시행령 개정을 추진하며, 이번 시행령 개정안은 입법예고와 차관회의ㆍ국무회의 등의 절차를 거쳐 2026년 1월 1일 시행될 예정임.

구분	현행	개정안
증권거래세율 환원 (증권령 §5)	□ 증권거래세 세율 ㅇ 기본세율: 0.35% ㅇ 탄력세율 ① (코스피) 0%(농특세 0.15%) ② (코스닥ㆍK-OTC) 0.15% (농특세 없음) ③ (코넥스) 0.1%(농특세 없음)	□ 증권거래세 세율 ㅇ (좌 동) ㅇ 탄력세율 ① 0.05% (농특세 0.15%) ② 0.20% (농특세 없음) ③ (좌 동)
	(개정이유) 과세형평 제고 (적용시기) 2026년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용
자본준비금 감액배당 과세범위 합리화 (소득령 §26의 3)	□ 배당소득에서 제외되는 소득 o 「상법」 §461의 2에 따라 자본준비금을 감액하여 받는 배당 <신 설> - 다만, 의제배당으로 과세되는 자본준비금의 배당은 제외	□ 자본준비금 감액배당의 과세제외 범위 조정 ㅇ (좌 동) - 대주주등*의 경우 보유한 주식의 취득가액까지 제외 → 취득가액 초과분은 배당소득세 과세 * ① 상장법인 대주주 ② 비상장법인 주주(K-OTC에서 거래되는 중소ㆍ중견기업 소액주주 제외) - (좌 동)
	(개정이유) 자본준비금 배당에 대한 과세체계 정비 (적용시기) ) 2026년 1월 1일 이후 배당받는 분부터 적용

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국세청, 국내투자 확대 외국계기업 세무조사 유예 등 세정지원 추진

국세청이 글로벌 기업의 국내투자 촉진을 위해 세무조사 및 세금신고 등과 관련된 애로사항을 해소하기 위해 「외국계기업 세정지원 방안」을 발표하였으며, 이번 세정지원 방안의 주요 내용은 다음과 같음.

외국계기업 세정지원 방안 주요 내용
1. 국내투자 확대 외국계기업에 대해 정기 세무조사 최대 2년간 유예	ㆍ(개요) 아래 요건을 충족한 외국인 투자기업(외국인투자촉진법 시행령 제2조에 따라 외국인이 투자하여 설립한 내국법인)에 대해 정기 세무조사 유예 실시 ㆍ(요건) 세무조사 사전통지일이 속한 사업연도에 전년 대비 10%(조특법상 중소기업) 또는 20%(조특법상 중견기업) 이상 투자금액(조특법 제24조 통합투자세액공제 투자금액)을 증가시킬 계획이 있는 기업 ㆍ(방법) 세무조사 사전통지서에 동봉된 세무조사 유예 안내문 확인 후 납세자가 신청을 하면 세무조사 착수 예정일로부터 최대 2년간 정기 세무조사 유예
2. 외국계기업ㆍ외국인의 세무신고 편의 증진 및 이중과세 부담 완화	ㆍ외국계기업에 대해서는 법인세 신고 시 맞춤형 신고도움자료*를 제공하고 있으며 국제거래 관련 유의사항을 추가로 발굴하여 안내 항목을 지속적으로 확대할 예정 * 국외특수관계인과 국제거래가 있는 경우 ‘국제거래명세서’ 제출 안내 등 13개 항목 제공 ㆍ외국인 근로자에 대해 「AI 대전환 추진단」을 활용해 AI 기반 외국어 상담 구현 ㆍ외국계기업의 본사 소재지국과 국내에서 동일한 소득에 대해 중복으로 과세하는 위험성을 완화하기 위해 정상가격 산출방법 사전승인(Advanced Pricing Arrangement, APA)을 보다 신속하게 추진* * 쌍방 APA 처리건수ㆍ평균 처리기간: (2019년) 40건ㆍ35개월 → (2023년) 85건ㆍ27개월 - 외국계기업을 대상으로 글로벌최저한세(2026년 6월 최초 신고) 설명회 개최

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관세청, 수정수입세금계산서 발급 지침 마련

관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련하여 2025년 12월 26일까지 외부 의견 수렴을 실시하고, 2026년 1월 1일부터 일선 세관의 수정수입세금계산서 발급 업무에 적용할 예정이며, 수정수입세금계산서 발급 지침(안)의 주요 내용은 다음과 같음.

부가가치세법령상 미발급 조항별 구체적 적용 기준 규정
1. 특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 대한 미발급	세관에 제출해야 하는 과세자료의 종류를 명확히 규정 ㆍ과세자료의 종류 (일부 발췌) ① 특수관계자 간 상호출자 현황 ② 수입물품 가격산출 내역 등 내부가격 결정자료와 국제거래가격 정책자료 ③ 권리사용료, 기술도입료 및 수수료 등에 관한 계약서 등 총 10가지 과세자료 미제출에 해당하는 경우가 무엇인지 규정 ㆍ과세자료 미제출에 해당하는 경우 ① 납세자로부터 제출받은 자료에서 거짓이 확인된 경우 ② 세관장에게 요구받은 자료 전부 또는 일부를 제출하지 않은 경우
2. 관세조사, 세액심사 등을 통해 납세자가 통지받은 오류를 반복하는 경우에 대한 미발급	동일 오류 유형 구분표를 마련하여 해당 연번의 동일 오류를 반복한 경우에 수정수입세금계산서 원칙적 미발급 조치 ㆍ오류유형 구분표 (일부 발췌) ① 동일한 물품을 상이한 세번으로 적용한 오류 ② 수수료ㆍ중계료 등 성격이 동일한 수수료의 누락 ③ 생산지원(물품, 용역) 비용 누락
3. 보정통지에도 보정ㆍ수정하지 않는 경우에 대한 미발급	납세자가 보정ㆍ수정하지 않는 정당한 사유(예시: 천재지변ㆍ관세조사ㆍ불복 진행 중)가 있는 경우 의견 제출의 기회를 부여하고 세관장 검토 후 발급 여부 결정
4. 가격신고에 중대한 하자가 있는 경우에 대한 미발급	미발급 사유가 되는 중대한 하자의 종류를 지침에 규정 ㆍ중대한 하자로 보는 경우 (일부 발췌) ① 가격신고 시 과세가격결정자료를 거짓으로 제출한 경우 ② 관세조사 등을 통해 특수관계에 해당함을 문서로 통지받은 후에 사실과 다르게 2회 이상 특수관계에 해당하지 않는다고 신고한 경우 ③ 잠정가격신고 대상이 아님을 문서로 통보받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 2회 이상 잠정가격신고를 하는 경우 등

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2. 최신 주요 개정 동향

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법인세법 시행령 (대통령령 제35879호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

지방 건설경기 활성화를 위해 기업구조조정 부동산투자회사가 2025년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 직접 취득하는 수도권 밖의 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득은 법인세 추가 과세대상에서 제외하고, 국채거래를 활성화하기 위해 한국예탁결제원과 유사한 업무를 수행한다고 금융감독원장이 인정하는 외국법인이 내국법인으로부터 예탁받은 국채 등을 한국예탁결제원에 예탁하는 경우에는 해당 내국법인이 국채 등에서 발생하는 이자소득 등에 대해 원천징수하도록 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완 하려는 것임.

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소득세법 시행령 (대통령령 제35878호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

1세대 1주택 비과세 등이 적용되는 주택부수토지의 범위를 합리화하기 위해 주택부수토지가 공익사업 추진에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우에는 사업인정 고시일 전날 현재 해당 토지의 용도지역에 따른 배율을 곱하여 산정한 면적으로 주택부수토지의 범위를 결정하도록 하고, 지방 건설경기 활성화를 위해 다주택자에 대한 양도소득세 중과 적용이 배제되는 비수도권에 소재한 준공 후 미분양 주택의 취득기간을 2025년 12월 31일까지에서 2026년 12월 31일까지로 1년 연장하며, 납세자의 편의 제고를 위해 의료비 세액공제 증명자료별 자료집중기관에 보건복지부를 추가하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ 보완하려는 것.

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조세특례제한법 시행령 (대통령령 제35877호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

첨단전략산업과 미래 유망산업에 대한 지원을 강화하기 위해 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술 및 국가전략기술에 방위산업물자 수출 및 공급망 안정화를 위한 기술, 인공지능 기술 등을 추가하고, 국가전략기술을 사용하여 서비스를 제공하는 국가 전략기술사업화시설의 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지 해당 시설의 총 서비스제공시간에서 국가전략기술을 사용한 서비스제공시간이 차지하는 비율이 50% 이하인 경우 그 시설을 다른 목적으로 전용한 것으로 보아 공제받은 세액공제 액 상당액에 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세를 납부하도록 하는 한편, 지방 건설경기 활성화를 위해 수도권 밖의 인구감소지역에 소재한 주택에 대해서는 양도 소득세 및 종합부동산세 과세특례를 적용받을 수 있는 주택의 가액을 4억 원 이하에서 9억 원 이하로 상향하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

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종합부동산세법 시행령 (대통령령 제35880호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

지방 건설경기 활성화를 위해 주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택 수에 포함되지 않는 비수도권에 소재한 준공 후 미분양 주택의 취득기간을 2025년 12월 31일까지에서 2026년 12월 31일까지로 1년 연장하려는 것임.

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부가가치세법 시행령 (대통령령 제35881호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

현재 면세농산물 등에 대한 의제매입세액공제의 한도를 당초 과세표준의 최소 30%에서 최대 50%에 해당하는 금액에 공제율을 곱한 금액에서 과세표준의 최소 50%에서 최대 75%에 해당하는 금액에 공제율을 곱한 금액으로 확대하여 2025년 12월 31일까지 한시적으로 적용하도록 하고 있는바, 식품 제조업계 및 외식업계의 경영 부담을 완화하기 위해 그 적용 기한을 2027년 12월 31일까지로 연장하려는 것임

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국제조세조정에 관한 법률 시행령 (대통령령 제35882호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

다국적기업그룹의 소득이전을 통한 조세회피와 세원잠식을 차단하고 국가 간 무분별한 조세 경쟁을 방지하기 위해 도입한 글로벌최저한세제도의 시행과 관련하여 경제협력개발기구 (OECD)와 포괄적 이행체계에서 합의한 행정지침(Administrative Guidance)을 반영하여 구성기업 간 대상조세를 배분할 때 통합형피지배외국법인과세제도를 적용받아 납부하는 대상조세는 2025년 12월 31일 이전에 개시하고 2027년 6월 30일 이전에 종료하는 각 사업 연도의 소득 또는 이익에 부과되는 대상조세에 한정하여 배분하도록 명시하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

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관세법 시행령 (대통령령 제35883호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

덤핑방지조치 대상 물품에 대한 경미한 변경 등을 통해 덤핑방지조치를 무력화하는 것을 차단하기 위해 덤핑방지관세 부과 대상 물품에 대해 해당 물품의 공급국 외의 지역에서 경미한 변경을 하거나 덤핑방지관세 부과 대상 물품의 공급국에서 생산된 원재료 또는 부분품을 제3국에서 해당 물품과 동종물품으로 단순 조립 또는 가공하는 행위를 우회 덤핑 행위의 유형에 포함시키고, 우회덤핑 조사의 실효성을 높이기 위해 무역위원회가 조사 기간을 연장할 수 있는 범위를 1개월에서 2개월로 확대하며, 보세공장이 아닌 곳에서 제조ㆍ 가공 등의 작업허가를 받은 자의 부담을 경감하기 위해 보세공장 외 작업완료 결과를 통보하는 기한을 5일에서 10일로 확대하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

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조세특례제한법 시행규칙 (기획재정부령 제1150호, 2025. 11. 28.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

국가전략기술사업화시설 중 국가전략기술을 사용하여 제공하는 서비스 외에 다른 서비스의 제공에도 사용되는 시설에 대하여 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 시설에서 제공 하는 서비스별로 그 서비스제공시간을 측정하여 작성ㆍ보관하도록 하는 등의 내용으로 「조세특례제한법 시행령」이 개정(대통령령 제35877호, 2025. 11. 28. 공포ㆍ시행)됨에 따라 국가전략 기술사업화시설의 투자완료일부터 3개 과세연도 동안 해당 시설의 서비스제공 시간을 측정 ㆍ기록하여 그 측정 기간 종료일부터 5년 동안 보관하도록 하는 등 법령에서 위임된 사항 과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편, 첨단전략산업과 미래 유망산업에 대한 지원을 강화하기 위해 통합투자세액공제가 적용되는 신성장ㆍ원천기술 및 국가전략 기술 사업화 시설에 방위산업물자 등의 수출 등을 목적으로 방위산업물자 또는 그 소재ㆍ부품ㆍ장비의 개조 등을 위한 설계ㆍ제작ㆍ조립ㆍ인증ㆍ시험평가 시설 및 인공지능 서비스 제공을 주된 목적 으로 하는 서버 등을 추가하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완 하려는 것임.

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3. 최신 예규ㆍ판례

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기술혁신형 주식 취득 세액공제 적용을 위한 사업기간 요건 판정 시 분할 전 사업기간 포함 여부 (서면-2024-법규법인-4012, 2025. 10. 10.)

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■ 쟁점사항

현행 조특법은 내국법인(‘인수법인’)이 벤처기업 등 기술혁신형 중소기업(‘피인수법인’)의 주식등을 취득한 경우에는 매입가액 중 기술가치 금액의 5%를 법인세에서 공제하도록 규정하면서, 인수법인이 피인수법인의 주식 등을 최초 취득한 날 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것을 세액공제 요건 중 하나로 규정하고 있는 바(조특법 §12의 4 ① 1호, ‘쟁점규정’), 이번 유권해석의 쟁점은 인수법인이 물적분할로 신설된 직후의 피인수법인을 인수한 경우, 쟁점규정에 따라 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득인지 여부를 판정함에 있어 피인수법인의 물적분할 전 사업부문의 사업영위기간을 피인수법인의 사업영위기간에 포함할 수 있는지 여부임.

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■ 회신요지

이에 대해 이번 유권해석은 인수법인이 물적분할에 의해 설립된 피인수법인의 주식을 취득한 경우, 피인수법인의 사업영위기간은 물적분할 전 사업영위기간을 포함하도록 회신하고 있으며, 이는 쟁점규정에서 분할 전 사업영위기간을 합산한다는 명시적인 규정이 없더라도, 분할신설 법인은 분할법인의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 사업의 동일성ㆍ계속성을 유지하는 것이므로, 분할 전ㆍ후 사업영위기간을 통산하는 것이 타당하다는 취지의 해석으로 판단됨.

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■ 시사점

따라서, 인수법인이 분할에 의해 설립된 피인수법인의 주식을 취득하고 쟁점규정에 의한 세액공제 요건의 충족 여부를 검토하는 경우에는 분할 후의 사업영위기간이 아니라 분할 전ㆍ후의 사업영위기간을 모두 합산하여 사업영위기간이 1년 이상인지 여부를 판정할 수 있으며, 한편, 현행 조특법은 인수법인이 피인수법인의 주식을 취득하는 경우뿐만 아니라 피인수법인을 합병하는 경우에도 기술가치 금액의 10%를 세액공제하도록 규정하면서, 적격 합병의 과세특례 요건(법법 §44 ② 1호 본문)과 유사하게 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병이라는 세액공제 요건을 두고 있는 바(조특법 §12의 3 ① 1호), 이번 유권해석이 합병ㆍ분할 전ㆍ후의 법률적ㆍ경제적 동일성에 기초하여 사업영위기간을 통산한다는 취지의 해석으로 이해되고, 기본통칙에서도 분할신설법인을 합병한 경우에는 분할 전 사업기간을 포함하여 적격합병의 과세특례 요건을 적용하도록 해석하고 있으므로 (법기통 44-0…1 ②), 인수법인이 분할에 의해 설립된 피인수법인을 합병하고 세액공제의 적용 여부를 검토하는 경우에도 분할 전ㆍ후의 사업영위기간을 통산하여 그 사업영위기간이 1년 이상인지 여부를 판정하는 것이 타당할 것으로 판단됨.

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전환사채 발행법인이 콜옵션 행사자로 특수관계인을 지정하는 행위의 부당 행위계산 부인 적용 여부 (감심 2024-471, 2025. 11. 11.)

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■ 쟁점사항

법인세법에서는 자산을 무상으로 양도하거나 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 않는 방법으로 이익을 분여하는 경우 등을 부당행위계산의 부인대상으로 규정하고 있는 바(법령§88 ① 3호 및 7의 2호), 이번 결정례의 쟁점은 청구법인이 전환사채를 발행하면서 본인 또는 본인이 지정하는 특수관계인에게 전환사채를 매도하도록 청구할 수 있는 콜옵션을 사채권자 로부터 부여받고 특수관계인을 전환사채의 매수자로 지정한 후 해당 특수관계인이 콜옵션을 행사하여 전환사채를 취득하고 전환권을 행사하여 시가보다 낮은 가격으로 주식을 매수한 경우, 특수관계인을 전환사채의 매수자로 지정한 행위(이하 ‘쟁점 지정행위’)가 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는지 여부임.

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■ 결정요지

이에 대해 이번 결정례는 금융감독원 등이 쟁점 지정행위와 같이 전환사채 발행법인이 콜옵션 행사자를 지정하는 제3자 지정 콜옵션부 전환사채의 콜옵션을 파생상품자산으로 회계처리하고 제3자 지정행위로 콜옵션이 제3자에게 양도될 수 있다고 해석하고 있는 점, 청구법인이 콜옵션을 행사하여 전환사채를 매수한 후 전환청구권을 행사하지 않고 아무런 대가 없이 콜옵션 행사를 포기한 쟁점 지정행위는 경제적 합리성을 갖춘 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 특수관계인과 함께 보유한 파생상품에 근거한 권리를 청구법인이 행사하지 않고 특수관계인이 모두 행사하는 방법으로 이익을 분여하는 행위는 자산의 무상 이전에 준하는 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 행위로 볼 수 있는 점 등을 고려하여 청구법인이 쟁점 지정행위를 통해 특수관계인에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산의 부인의 대상이 되는 것으로 판단함.

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■ 시사점

따라서, 제3자 지정 콜옵션부 전환사채를 발행한 법인이 콜옵션의 행사를 포기하고 특수 관계인을 콜옵션 행사자로 지정하는 행위에 경제적 합리성이 없는 경우에는 특수관계인에게 콜옵션을 부여한 법인은 부당행위계산의 부인 규정에 따라 콜옵션 행사가격과 시가와의 차액에 상당하는 이익을 특수관계인에게 분여한 것으로 보아 법인세가 과세될 수 있으며, 이익을 분여받은 특수관계인에 대해서는 개인인 경우에는 상여 등 소득처분에 의한 소득세 또는 증여세가 과세되고(조심2023중3454, 2025. 2. 18, 조심2023서0376, 2024. 2. 13. 외), 법인인 경우에는 자산수증이익으로 법인세가 과세될 수 있다는 점을 주의할 필요가 있음(기준2024-법규법인-0193, 2025. 8. 21.). 다만 근로 제공의 대가로 임원 또는 우리사주조합을 전환사채 콜옵션의 행사자로 지정한 경우와 같이 경제적 합리성을 갖춘 것으로 인정되는 경우에는 해당 콜옵션의 가액이 법인세법상 손금으로 인정될 수 있음을 참고할 필요가 있음(서면-2023- 법규법인-2762, 2024 .2. 7.).

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주택건설사업자가 리모델링 목적으로 취득한 주택의 종부세 합산배제 여부 (서면-2022-부동산-5358, 2025. 10. 31.)

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■ 쟁점사항

종부세법에서는 주택조합ㆍ주택건설사업자 등이 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 3년 이내에 멸실시키는 주택에 대해서는 종부세 합산배제를 적용하도록 규정하고 있는 바(종부령 §4 ① 21호, 이하 ‘쟁점규정’), 이번 유권해석의 쟁점은 주택건설사업자가 리모델링 하여 분양할 목적으로 취득한 주택을 멸실시킬 목적으로 취득한 주택으로 보아 쟁점규정에 따라 종부세 합산배제를 적용할 수 있는지 여부임.

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■ 회신요지

이에 대해 이번 유권해석은 리모델링을 목적으로 취득한 주택은 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득한 주택으로 볼 수 없으므로 종부세 합산배제를 적용할 수 없다고 회신하고 있으며, 이는 ‘멸실’은 건축물이 해체ㆍ노후화 등으로 인해 효용 및 형체를 완전히 상실한 상태를 말하는 반면(건축물관리법 §2 8호), ‘리모델링’은 건축물의 노후화를 억제하거나 기능 향상 등을 위해 대수선하거나 건축물의 일부를 증축ㆍ개축하는 행위를 말하므로(건축법 §2 ① 10호), 기존 건축물을 완전히 철거하는 것이 아니라 기존 건축물의 구조를 유지한 상태로 대수선 내지 일부 증축이 이루어지는 ‘리모델링’을 위해 취득한 주택에 대해서는 ‘멸실’을 위해 취득한 주택으로 보아 종부세 합산배제를 적용할 수 없다는 취지의 해석으로 판단됨.

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■ 시사점

참고로, 주택건설사업자 등이 주택건설사업을 위해 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택에 대해서는 취득단계에서 취득세 중과세를 적용하지 않고(지령 §28의 2 8호), 보유단계에서는 쟁점규정에 따라 종부세 합산배제를 적용하도록 배려하고 있으나, 주택건설사업자 등이 ‘멸실’이 아닌 ‘리모델링’을 통해 주택건설사업을 영위하고자 취득한 주택에 대해서는 취득세 중과세 제외 대상으로 인정되지 않고(행정안전부 부동산세제과-1511, 2021. 6. 7.), 종부세 합산배제 대상으로도 인정될 수 없다는 점을 주의할 필요가 있음.

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