[이달의 국내조세동향] Korean Tax Update 2026. 07.- 하반기 경제성장전략 및 하반기부터 달라지는 세제 관련 내용

1. Tax news

2026년 하반기 경제성장전략 중 세제 관련 주요 내용

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정부가 7월 14일 열린 국무회의에서 2026년 하반기 경제성장전략을 확정ㆍ발표한 가운데, 2026년 하반기 경제성장전략 중 세제 관련 주요 내용은 다음과 같음

구분	주요 내용
반도체 혁신생태계 조성	• 전력반도체 등 국가전략기술 투자세액공제
국내생산 촉진	• (인센티브) 경제안보ㆍ녹색전환 측면의 전략적 중요성이 높은 품목을 국내 생산ㆍ판매량에 따라 지원하는 국내생산세액공제 도입 - 국내 생산ㆍ판매량에 생산단위별 적정 단가를 곱한 금액을 법인세ㆍ소득세 세액공제 • 생산 초기 결손으로 인해 세제지원을 받지 못하는 기업에 대해 국내생산을 촉진할 수 있는 지원방안 검토 • 원가 경쟁력 열위에 있는 고위험 경제안보품목의 경우 국내 생산기반 유지를 위해 국내생산보조금 지원 지속(2027년 上)
화석연료 기반 산업구조 대전환	• R&Dㆍ투자세액공제가 우대되는 국가전략기술에 미래형 에너지 분야(예: SMR) 신설 - 구체적인 기술ㆍ시설은 전문가 평가 등을 거쳐 세법 시행령 개정(2027년 1월경) 시 검토 예정
5극 3특 성장엔진 중심 국토대전환	• (5극 3특) 지역산업 여건, 기업 투자계획, 미래 성장성, 국가 산업정책 연계성 등을 종합 고려해 권역별 성장엔진 선정(2026년 3분기) • 성장엔진 분야 기업투자(기회발전특구 등 활용) 지원, 근로자 세제지원 시 지방 우대
지방창업 촉진	• (창업ㆍ벤처투자) 비수도권 창업ㆍ벤처 투자 촉진을 위해 세제지원 등 인센티브 대폭 강화 - 내국법인이 인구감소(관심)지역 벤처기업에 직접 출자시 세액공제율 상향(신주 투자액의 5 → 7%)
지방성장기반 마련	• (세제) 기업ㆍ근로자 등을 대상으로 지방우대세제 3종 패키지 도입 (기업) 지방을 우대하는 방향으로 기업의 생산적 활동(R&Dㆍ투자ㆍ고용)에 대한 세제지원 개편 - (예: 기본 세액공제율 × 지역별 계수) • (근로자) 지방 중소기업 취업자 소득세 감면 시 지방을 우대하고, 비수도권 이전 기업이 근로자에 제공하는 이전지원금 비과세 (일반: 월 20만 원, 특별지원지역: 월 50만 원) • (창업) 중소기업 창업에 대한 세제지원 시 지방우대 확대
청년 일자리 회복방안	• (채용ㆍ입직) 청년고용 인센티브 등 재정ㆍ세제ㆍ금융 패키지 지원 - 통합고용세액공제를 청년고용 친화적으로 개선
중소기업 고환율 부담 지원	• 경영애로 중소기업 대상 법인ㆍ부가ㆍ소득ㆍ관세 납부기한 연장
성장 중심 지원 상생 확산 등을 통한 중소기업의 투자ㆍ성장 촉진	• 중소기업의 중견기업 성장 시 특별세액감면 및 영상ㆍ웹툰 콘텐츠 제작비 세액공제 혜택 감소를 완화하는 점감구간 신설
안전관리 책임 제재ㆍ 인센티브 강화	• 중소기업 안전설비 투자 가속상각 특례 도입(기준내용연수 50% 단축), 첨단 안전기술 활용 연구개발 및 시설투자 세제지원 확대(2027년 上) - 연구개발공제율: 일반 2%~25%, 신성장ㆍ원천기술 20%~40% - 투자세액공제율: 일반 1%~10%, 신성장ㆍ원천기술 3%~12%
자본시장 체질 개선	• (기업가치 제고) 주가누르기 방지를 위한 상장주식 평가방법 개편 검토 - (현행) 상증세법에 따른 평가기준일(상속ㆍ증여일) 전ㆍ후 각 2개월간 종가의 평균액
재정과 연계한 세제개혁	• (조세지출) 모든 조세지출을 원점 재검토해 불요불급한 제도 폐지, 정책환경에 맞게 재설계, 효과적 재정지출로 전환 등 획기적 정비 • (가업상속) 상속세 회피 방지 등을 위해 대상업종 조정, 대상선정 심사위원회 신설, 공제요건 합리화 등 가업상속공제 제도 재설계
공평과세 실현 및 부동산 이용의 합리화	• (개인) 부동산 거래세와 보유세에 대해 국민의견 수렴 등을 거쳐서 합리적인 개선방안 마련 • (법인) 토지 과세 분류기준 합리화, 보유ㆍ양도시 세부담 정상화, 산단 임대공급 확대 등 통해 토지의 생산활동 활용 유도 - (예) 기업 선제적 수요를 전제로 국가지원 임대전용산단 지정 검토, 산업용지 중 임대공급 의무 강화 등 • (농지) 농업경영 미이용 토지에 대한 처분명령 의무화(농지법 시행, 2026년 8월)

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2026년 하반기부터 달라지는 세제 관련 주요 내용

정부는 2026년 하반기부터 달라지는 제도와 법규사항 등을 정리한 「2026년 하반기부터 이렇게 달라집니다」를 안내하였는 바, 올해 2026년 하반기부터 달라지는 제도 중 세제 관련 주요 내용은 다음과 같음.

구분	주요 내용
정기 세무조사 시기선택제 전면 시행	• 추진 배경 정기 세무조사 착수 시점을 과세관청이 결정ㆍ통지함에 따라 기업은 경영상 중요한 시기에 조사대응을 병행해야 하는 세무부담ㆍ불편 발생 • 주요 내용 정기조사 대상자가 일정 범위(3개월) 내에서 정기조사 시기를 직접 선택하도록 전환 • 기대효과 세무조사의 예측 가능성을 높이고, 기업이 경영상 중요한 시기를 피해 조사를 받을 수 있도록 하여 ‘기업하기 좋은 환경 조성’ • 적용 시기 2026년 4월 2일
세무전문 AI 홈택스 챗봇 단계적 운영	• 추진 배경 정해진 답변의 시나리오 기반 챗봇을 유연한 상담이 가능한 생성형 AI 기반 챗봇으로 고도화하여 상담 편의 제고 • 주요 내용 각종 세금 신고 문의나 장려금 신청 등을 지원하는 생성형 AI 챗봇 서비스 단계적 운영 • 기대효과 납세자가 세무서 방문 없이 전문 상담을 받을 수 있는 상담 환경 제공(24시간 상담 가능) • 적용 시기 2026년 5월 1일(종합소득세ㆍ장려금) → 2026년 7월 1일(부가가치세)
국세ㆍ국세외수입 체납관리단 신설	• 추진 배경 생계형 체납자와 고액ㆍ악의적 체납자에 대한 유형별 체납관리 체계 구축 필요 • 주요 내용 국세ㆍ국세외수입 체납관리단을 신설ㆍ확대하여 체납자 유형별 맞춤형 체납관리 시스템 구축 • 기대효과 생계형 체납자는 경제재기를 지원하고, 국세청의 징수역량은 고액ㆍ상습체납에 집중하여 조세정의 실현과 안정적 세입확보 • 적용 시기 (국세 체납관리단) 2026년 3월 5일, (국세외수입 체납관리단) 2026년 7월 1일
납부지연가산세 산출방법 개편	• 추진 배경 체납 이후 발생하는 납부지연가산세를 1일 단위로 직접 계산하여 납부해야하는 번거로움을 개선하여 납세자 편의 제고 • 주요 내용 체납(지정납부기한 경과) 이후 납부일까지 발생하는 납부지연가산세 산출방법이 일(日) 단위 산출에서 월(月) 단위 산출로 변경 • 기대효과 가산세 산출방식의 간소화로 납세 편의 제고 • 적용 시기 2026년 7월 1일
새만금 투자진흥지구 확대 지정	• 추진 배경 최근 매립하여 기업입주가 가능한 3ㆍ7ㆍ8공구를 제2호 투자진흥지구로 확대 지정 필요 • 주요 내용 새만금 투자진흥지구에서 창업하거나 신설한 사업장이 업종에 따라 5~20억 원 이상 투자 및 10~30명 이상의 상시근로자 수 요건 충족 시 세제 감면 혜택 (법인세 또는 소득세 3년간 100% + 2년간 50% 감면) • 기대효과 새만금 국가산단 내 기업들의 투자유치 활성화 기대 • 적용 시기 2026년 4월 15일
중고자동차 매입세액공제 특례 공제한도 신설	• 추진 배경 중고자동차 매입세액공제 특례 제도 합리화 • 주요 내용 중고자동차 매입세액공제 특례 공제한도 신설 및 이월공제 허용 • 기대효과 공제한도를 신설함으로써 과다 매입세액공제 방지 • 적용 시기 2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간 분부터 적용
연금계좌의 간접투자소득에 외국납부세액공제 적용	• 추진 배경 연금계좌에 대한 간접투자 외국납부세액공제 적용 • 주요 내용 간접투자 외국납부세액공제 대상 소득에 연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ기타소득ㆍ이자소득 등 연금계좌 인출소득 추가 • 기대효과 연금계좌로부터 인출한 소득에 대해 간접투자 외국납부세액공제 적용 • 적용 시기 2025년 1월 1일 이후 발생 연금계좌의 간접투자 소득에 대해 2026년 7월 1일 이후 연금계좌에서 인출분부터 적용
태양광발전설비 주민세 사업소분 과세제외	• 추진 배경 태양광발전설비에 대한 주민세 과세 해석의 불분명함 제거 및 신재생에너지 보급 확대 정책 지원 • 주요 내용 태양에너지설비를 사업소용 건축물의 범위(기계장치)에서 제외 • 기대효과 지방정부의 세정 행정의 신뢰도 제고 및 태양광발전사업자의 경제적 부담 완화 • 적용 시기 2026년 7월 1일 (주민세 과세기준일 기준, 납기: 8월 16일 ~ 8월 31일)
자가용 보세창고 반입 가능 화물 확대	• 추진 배경 선박용품 공급업체가 선사 스케줄 등을 이유로 수리용 부품을 보세구역에 보관해야 하는 경우가 있으나, 지역에 따라 자가용 보세창고 외 보관이 적합한 보세구역이 없는 경우가 있음 • 주요 내용 선사가 직접 수입ㆍ소유하며 선박용품 공급업체에 적재 의뢰한 수리용 부품은 자가화물이 아니지만, 선박용품 공급업체의 자가용 보세창고에 반입 가능하도록 요건 완화 • 기대효과 선박용품 공급업체 업무 효율성 증대 및 공급업 활성화 기대 • 적용 시기 2026년 7월 1일
관세환급 관련 증명서 자율발급 절차 신설	• 추진 배경 신속ㆍ간편한 증명서 발급으로 수출기업 편의 제고 및 세관 발급 업무 간소화 필요 • 주요 내용 (지정신청) 자율발급 희망자는 세관장에게 지정ㆍ신청 (발급방법) 관세청 전산처리설비에 증명서 입력 • 기대효과 수출기업의 관세환급 편의 제고 • 적용 시기 2026년 7월 1일
재외국민 복귀지원을 위한 맞춤형 세무상담	• 추진 배경 국외로 이주한 재외국민이 은퇴 이후 세금애로 없이 국내 복귀할 수 있도록 세정지원 필요 • 주요 내용 10년 이상 해외 거주자로서 국내복귀를 희망하는 재외국민 대상으로 상담을 통해 거주자 판정, 세무관련 관심사항 등 국내복귀 관련 세무컨설팅 제공 • 기대효과 재외국민 국내 복귀를 통해 투자ㆍ소비 증가 등 국내 경제활동 활성화를 뒷받침하고 세원증가를 통한 세수확보에 기여 • 적용 시기 2026년 7월 1일
노란우산공제 납입한도 확대	• 추진 배경 소기업ㆍ소상공인의 생활안정 지원 및 사업재기 기회 제공 • 주요 내용 개인의 상황에 따라 자유롭게 납입할 수 있도록 분기별 300만 원 한도에서 연 1,800만 원 한도로 전환 • 기대효과 소기업ㆍ소상공인에 대한 자산형성 기반 강화 및 사회안전망 강화 • 적용 시기 2026년 7월 1일 이후 납입하는 분부터 적용
간이과세 배제 지역기준 전면 정비	• 추진 배경 경기침체 등으로 인한 상권 변화를 적시성 있게 반영하지 못한 지역 기준으로 영세사업자가 간이과세를 미적용 받는 어려움 발생 • 주요 내용 전통시장, 집단상가 등 주요 지역에 대해 유동인구, 상권 규모 등을 종합적으로 분석하고 실태확인을 거쳐 간이과세 배제지역 전면 정비 • 기대효과 간이과세를 적용받지 못하던 영세사업자가 간이과세 기준을 적용받게 되어 세부담 및 신고ㆍ납부의무 완화 • 적용 시기 2026년 7월 1일

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국토교통부, 2026년 투자선도지구 공모 5곳 선정

국토교통부가 지역 성장거점 육성과 민간투자 활성화를 통한 중소도시의 성장동력을 키우기 위해 충북 청주ㆍ전북 무주ㆍ전남 진도ㆍ충북 보은ㆍ강원 인제 등 5곳을 투자선도지구로 최종 선정하였으며, 투자선도지구에는 조세ㆍ부담금 감면, 건폐율ㆍ용적률 완화 등의 혜택이 제공 되고, 특히 성장촉진지역에 해당하는 투자선도지구에는 기반시설 조성 등에 국비 최대 100억 원을 지원하며, 사업시행자는 개발부담금 감면과 함께 법인세ㆍ소득세를 3년간 50% 감면받고, 입주기업은 법인세ㆍ소득세를 3년간 100% 감면받으며, 취득세ㆍ재산세는 조례에 따라 50% 범위 내에서 감면하는 등 집중 지원할 계획인 바, 이번 2026년 투자선도지구 선정 사업별 주요 내용은 다음과 같음.

구분	투자선도지구	주요 내용
충북 청주	대청댐 수열특화단지	데이터센터, 스마트팜 등 수열에너지 기반 특화산단 조성 • (목적) 수열에너지 기반 AI 융복합 단지 조성 • (주요내용) 데이터센터, 산업 및 지원시설, 주거단지 등 조성 • (총사업비) 3,525억 원 / 국비 5억 원, 지방비 5억 원, 기타 3,515억 원 • (면적) 653,921㎡ (19만 평)
전북 무주 (성장촉진)	항공ㆍ우주산업	현대로템 발사체ㆍ엔진 연구개발(R&D) 및 시제품 제작 시설 • (목적) 전북 동부권 중심 항공ㆍ우주 첨단산업 거점 전환 • (주요내용) 항공ㆍ우주산업단지 조성, 연계도로 및 터널 개설 등 • (총사업비) 3,488억 원 / 국비 100억 원, 지방비 354억 원, 민간 3,034억 원 • (면적) 1,191,247㎡ (36만 평)
전남 진도 (성장촉진)	글로벌 김 클러스터	지역 특화 김산업 생산가공시설 등 클러스터 구축 • (목적) K-푸드 김 수출 및 김 특화산업 클러스터 구축 • (주요내용) 가공시설 용수 공급 등 기반시설 조성ㆍ확충 • (총사업비) 1,011억 원 / 국비 126억 원, 지방비 65억 원, 민간 820억 원 • (면적) 279,112㎡ (8.5만 평)
충북 보은 (성장촉진)	펀(Fun) & 힐(Heal)	구병산 관광자원을 연계한 숙박ㆍ체험시설 등 조성 • (목적) 보은군 대표 관광자원 연계 체류형 관광거점 조성 • (주요내용) 기반시설 확충 및 관광지 조성, 숙박 및 체험시설 조성 등 • (총사업비) 812억 원 / 국비 199억 원, 지방비 107억 원, 민간 506억 원 • (면적) 110,210㎡ (3.3만 평)
충북 보은 (성장촉진)	펀(Fun) & 힐(Heal)	구병산 관광자원을 연계한 숙박ㆍ체험시설 등 조성 • (목적) 보은군 대표 관광자원 연계 체류형 관광거점 조성 • (주요내용) 기반시설 확충 및 관광지 조성, 숙박 및 체험시설 조성 등 • (총사업비) 812억 원 / 국비 199억 원, 지방비 107억 원, 민간 506억 원 • (면적) 110,210㎡ (3.3만 평)
강원 인제	원통 제2농공단지	인제역 개통(예정)과 연계한 국방ㆍ군납 특화 산업 거점 조성 • (목적) 국방ㆍ군납 연계 특화산업 거점 조성 • (주요내용) 산업시설, 주거시설(농촌생활환경정비), 지원시설, 공공시설 도입 • (총사업비) 500억 원 / 국비 50억 원, 지방비 450억 원 등 • (면적) 198,101㎡ (6만 평)

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국세청, 고환율 피해기업 등 부가가치세 납부기한 2개월 직권 연장

국세청이 다음과 같이 고환율 피해기업 등을 대상으로 2026년 1기 부가가치세 확정신고 (예정신고ㆍ부과) 납부기한을 직권으로 2026년 9월 28일까지 2개월 연장함(국세청 공고 제2026-78 호).

분류	세부 기준
고환율 피해기업	(개인) 2025년 매출액 5억 원 이상ㆍ수출비중 50% 이상 인 개인 (법인) 2025년 수출비중이 50% 이상인 중소(중견)기업
창업 초기 청년사업자	2024년 이후 개업한 청년사업자(1991~2006년생 대표자)로 2025년 매출액이 10억 원 이하인 사업자(부동산임대업 영위 사업자 제외)
매출 급감 소상공인	2025년 매출액이 10억 원 이하이고, 2025년 2기 매출액이 전년 동기 대비 50% 이상 감소한 사업자(부동산임대업 영위 사업자 제외)
간이과세자	예정신고 및 예정부과대상자 중 부동산임대업 제외한 전체

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3. 최신 주요 개정 동향

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법인세법 시행규칙 (재정경제부령 제37호, 2026. 7. 1.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

중소기업이 취득한 스마트공장 구축 및 운영에 필요한 기계장치 등에 대해서는 결산을 확정할 때 손비로 계상하였는지와 관계없이 손금에 산입할 수 있도록 하고, 프로젝트 부동산투자회사에 토지 또는 건물을 현물출자하는 경우 현물출자로 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연하며, 첨단전략 산업기금의 원활한 재원조달을 지원하기 위하여 한국산업은행이 첨단전략산업기금에 출연하는 경우 출연금을 손금에 산입할 수 있도록 하고, 소상공인 등에 대한 지원을 확대하기 위하여 온누리 상품권으로 지출한 기업업무추진비에 대한 손금불산입 특례를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례 제한법」이 개정된 것에 맞추어 관련 서식을 개정하려는 것임.

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개별소비세법 시행령 (대통령령 제36449호, 2026. 6. 30.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

국민의 유류비 부담을 완화하기 위해 석유가스 중 부탄에 대한 개별소비세의 한시적 탄력세율 인하 조치 기한을 ‘2026년 6월 30일까지’에서 ‘2026년 7월 31일까지’로 1개월 연장하고, 최근 천연가스 가격이 급등함에 따라 2026년 7월 1일부터 2026년 12월 31일까지 발전용 천연가스에 대한 개별소비세의 탄력세율을 킬로그램당 ‘12원’에서 ‘10.2원’으로 낮추려는 것임.

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관세법 제71조에 따른 할당관세의 적용에 관한 규정 (대통령령 제36450호, 2026. 6. 30.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

「관세법」 제71조 제1항에 따르면 원활한 물자수급이나 산업의 경쟁력 강화를 위해 수입을 촉진시킬 필요가 있거나 수입가격이 급등한 물품 등의 국내가격 안정을 위해 필요한 경우에는 일정한 수량에 한정해서 기본세율보다 인하된 관세율을 적용하는 할당관세를 부과할 수 있는바, 국제 에너지 가격 상승 등 대외 요인에 따른 국내 영향을 최소화하기 위해 천연가스, 액화석유가스 제조용 원유 및 액화석유가스 등 3개 품목에 대해 2026년 7월 1일부터 2026년 12월 31일까지 ０퍼센트의 할당관세를 적용하는 한편, 서민 생활물가를 안정시키기 위해 계란가공품 등 10개 물품에 대한 할당관세 적용시한을 ‘2026년 6월 30일까지’에서 ‘2026년 12월 31일까지’로 연장하고, 자몽농축액 등 9개 물품에 대해 2026년 7월 1일부터 2026년 12월 31일까지 할당관세를 적용하며, 바나나 등 3개 물품에 대한 할당관세 적용시한을 ‘2026년 6월 30일까지’에서 ‘2026년 8월 15일까지’로 연장하려는 것임.

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지방세법 시행규칙 (행정안전부령 제624호, 2026. 6. 15.)

■ 개정 이유 및 주요 내용

주민세 사업소분 과세표준인 사업소용 시설물의 연면적 산정 시 태양에너지 설비의 수평투영면적은 제외하는 내용으로 「지방세법 시행령」이 개정됨에 따라, 주민세 사업소분 신고 서식을 정비하려는 것임.

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4. 최신 예규ㆍ판례

감면 적용 오류로 인한 취득세 납부세액 과소신고 시 과소신고가산세 부과 여부 (대법2025두35293, 2026. 4. 9.)

■ 쟁점사항

지방세법은 취득세 과세물건을 취득한 자는 취득세 과세표준에 세율을 적용하여 ‘산출한 세액’을 법정신고기한까지 신고ㆍ납부하도록 규정하면서(지법 §20 ①), 그 신고ㆍ납부의무를 다하지 아니한 경우에는 과소신고가산세ㆍ납부지연가산세 등을 징수하도록 규정하고 있으며(지법 §21 ① 1호), 지방 세기본법에서는 납세의무자가 ‘납부세액’을 과소신고한 경우에는 그 과소신고한 납부세액의 10%를 과소신고가산세로 부과하도록 규정하고 있는 바(지기법 §54 ①), 이번 판결의 쟁점은 납세의무자가 취득세 ‘산출세액’은 정당하게 신고하였으나 감면규정을 잘못 적용하여 ‘납부세액’을 과소신고한 경우, 지방세기본법에 따라 과소신고가산세가 부과되는지 아니면 지방세법상 산출세액의 신고의무 를 정당하게 이행했으므로 과소신고가산세 부과가 배제되는지 여부임.

■ 판결요지

이에 대해 원심 판결은 지방세법에서는 취득세 과세표준에 세율을 적용한 ‘산출한 세액’을 신고 납부의무의 대상으로 규정하고 있고(지법 §20 ①), 지방세기본법에서는 과소신고한 납부세액을 과소신고가산세의 산정 기초로 삼고 있으나(지기법 §54 ①), 과소신고가산세는 신고의무를 미이행한 것에 대한 제재이므로, 산출세액 자체를 정당하게 신고했다면 납부세액을 과소신고했더라도 과소 신고가산세를 부과할 수 없다고 판결하였으나(서울고법2025누4090, 2025. 9. 25.), 이번 대법원 판결은 지방세기본법의 개정으로 과소신고가산세의 산정기준이 과소신고한 ‘산출세액’에서 과소 신고한 ‘납부세액’으로 변경되었으므로(2015. 12. 29. 지기법 §54 ① 개정), 지방세기본법 개정 이후에는 산출세액을 정당하게 신고했더라도 납부세액을 과소신고한 경우에는 과소신고가산세 부과대상에 해당한다고 판결함.

■ 시사점

과거 대법원은 구 지방세기본법에서 과소신고한 ‘산출세액’의 10%를 과소신고가산세로 부과하도록 규정하고 있었으므로(구 지기법 §53의 3 ①, 2015. 12. 29. 개정 전), 산출세액을 정당하게 신고했다면 납부세액을 과소신고했더라도 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 판결하였으나(대법2014두12505, 2015. 5. 28.), 이번 대법원 판결은 지방세기본법의 개정으로 과소신고가산세의 산정기준이 국세 기본법과 동일하게 ‘산출세액’에서 ‘납부세액’으로 변경된 이후에는 산출세액을 적법하게 신고했는지 여부에 관계없이 납부세액을 과소신고한 경우에는 과소신고가산세를 부과하도록 판시하고 있는 바, 이번 판결의 원고와 같이 감면규정을 잘못 적용하여 납부세액을 과소신고한 경우에는 납부 지연가산세 외에 과소신고가산세도 부담하게 되므로, 감면규정의 적용에 오류가 없도록 사전에 주의가 필요할 것으로 판단되며, 한편 행자부는 전액 감면대상에 해당하여 실제 ‘납부세액’이 없는 경우에는 신고의무를 이행하지 않더라도 무신고가산세가 발생하지 않는다고 안내하고 있음을 참고할 필요가 있음(2016년 시행 지방세기본법령 적용요령, 행정자치부, 2016. 1.).

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사업연도 말 현재 첨단기술기업 재지정을 받지 못한 연구개발특구 입주기업의 세액감면 적용 여부 (조심2026전1170, 2026. 5. 21.)

■ 쟁점사항

현행 조특법은 연구개발특구에 입주하여 첨단기술기업으로 지정받은 기업이 감면대상사업장에서 정보통신산업 등 감면대상사업을 영위하고 발생한 소득에 대해서는 3년간 100%ㆍ2년간 50%의 세액감면을 적용하되(조특법 §12의 2 ① 1호, 이하 ‘쟁점 감면’), 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우에는 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우를 제외하고는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 쟁점 감면을 적용하지 않도록 규정하고 있는 바(조특법 §12의 2 ② 단서 및 조특령 §11 ② 3호), 이번 결정례의 쟁점은 첨단기술기업 유효기간 2년이 만료된 사업연도에 첨단기술기업 재지정을 신청했으나 해당 사업연도 말이 아닌 차기 사업연도에 첨단기술기업 지정서를 발급받은 경우, 첨단기술기업 유효기간 2년이 만료된 사업연도에 대해 쟁점 감면을 적용할 수 있는지 여부임.

■ 결정요지

이에 대해 이번 결정례는 법인세 과세요건과 감면요건 등은 납세의무 성립일인 사업연도 종료일을 기준으로 판단해야 하므로, 해당 사업연도 종료일 현재 첨단기술기업인 경우에만 쟁점 감면이 가능한 것으로 해석함이 합리적인 점(대법2024두63984, 2025. 2. 27, 부산고법2023누22870, 2024. 11. 8.), 첨단기술기업 지정의 주무부처인 과학기술정보통신부도 첨단기술기업 지정의 유효기간이 경과하면 그 효력은 당연 소멸하고 재지정이 되더라도 만료일로 소급하여 지정하기는 어렵다는 입장인 점(지역과학기술진흥과-2336, 2025. 9. 16.) 등을 고려할 때, 해당 사업연도 말 현재 첨단 기술기업 지정서를 발급받지 못한 청구법인에 대해서는 쟁점 감면을 적용할 수 없다고 결정함

■ 시사점

이번 결정례는 청구법인이 첨단기술기업 최초 지정이 만료되기 전에 재지정을 이미 신청하고 청구법인의 귀책사유가 아닌 코로나 사태로 인해 관련부처의 처리기한이 해당 사업연도가 아닌 차기 사업연도로 지연되는 불가피한 사유가 있었음에도 불구하고, 해당 사업연도 말을 기준으로 유효한 첨단기술기업 지정서를 구비하지 못한 경우에는 해당 사업연도에 대한 쟁점 감면의 적용이 중단되어야 한다는 입장이므로, 쟁점 감면을 적용하고 있는 첨단기술기업 중 사업연도 말에 임박하여 첨단기술기업 유효기간이 만료되는 첨단기술기업의 경우에는 첨단기술기업 재지정에 소요되는 행정처리기간을 감안하여 첨단기술기업 재지정을 미리 신청하여 사업연도 말에 유효한 첨단기술기업 지정서를 발급받아 구비할 수 있도록 주의가 필요할 것으로 판단됨.

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종업원의 일시적 숙소로 사용되는 주택의 종부세 합산배제 적용대상 사원용 주택 해당 여부 (서면-2024-부동산-3236, 2026. 6. 25.)

■ 쟁점사항

현행 종부세법은 대주주 등이 아닌 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 법인 소유의 주택 중 국민주택 규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억 원 이하인 주택에 대해서는 종부세 합산대상에서 제외하도록 규정하면서, 이 때 해당 연도 중 종업원에게 제공하는 기간이 9개월 이상이고 종업원에게 제공하지 않는 기간에 다른 용도로 사용하지 않는 주택의 경우에도 해당 연도 과세기준일 현재 종업원에게 계속 제공하는 것으로 보도록 규정하고 있는 바(종부세법 §8 ② 2 호, 종부령 §4 ① 1호 나목 및 ②), 이번 유권해석의 쟁점은 종업원의 일시적 숙소로 사용되는 경우에도 사원용 주택으로 보아 종부세 합산배제를 적용할 수 있는지 여부임.

■ 회신요지

이에 대해 이번 유권해석은 사원용 주택에 대해 종부세 합산배제를 적용하기 위해서는 일시적인 숙소가 아닌 종업원의 실거주 사실이 확인되는 주거시설이어야 하며, 과세기준일 현재 공실이라 하더라도 해당 연도 중 종업원에게 제공하는 기간이 9개월 이상인 경우로서 종업원에게 제공하지 않는 기간에 다른 용도로 사용하지 않는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 종업원에게 계속하여 제공하는 것으로 간주한다는 취지로 회신하고 있음.

■ 시사점

이번 유권해석은 과세기준일 현재 종업원에게 제공하고 있는 사원용 주택 또는 과세기준일 현재는 일시적인 공실 상태이나 해당 연도 중 9개월 이상을 종업원에게 제공하고 있는 사원용 주택에 대해 각각 종부세 합산배제를 적용하기 위해서는 해당 사원용 주택을 출장자의 임시 거처 등 일시적인 숙소로 사용하지 않고 종업원의 상시적인 거주를 위한 주거시설로 사용해야 함을 의미하며(종합부동산세과-1103, 2008. 9. 9.), 이는 출장 직원을 위한 일시적인 숙소로 사용 되는 주택의 양도소득에 대해서는 법인세 추가과세가 배제되는 사원용 주택의 양도소득(법법 §55의 2 ① 2호 및 법령 §92의 2 ② 2호)으로 볼 수 없다는 기존 유권해석과도 유사한 입장의 해석으로 판단되는 바(서면인터넷방문상담2팀-2548, 2004. 12. 7.), 사원용 주택을 상시 주거 목적이 아니라 일시적인 숙소 목적으로 사용하는 법인의 경우에는 그 보유기간 중 종부세 합산배제를 적용하지 못하거나 해당 주택의 양도로 인해 법인세 추가과세가 적용될 수 있음을 주의해야 할 것으로 판단됨.

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