주주지분 변경 시 주무부처에 사전승인을 받도록 하는 실시협약에 따라 합병함으로 인하여 취득하는 부동산의 취득시기

"합병으로 인해 취득행위가 발생하는 사업장이 「민간투자법」에 근거한 실시협약상 사전승인이 아닌

사전신고대상임을 고려할 때 취득일은 합병기일로 보는 것이 타당함"

【문서번호】부동산세제-428, 2019.09.16

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【질의】

○ 주주지분 변경 시 주무부처에 사전승인을 받도록 하는 실시협약에 따라 복합화물터미널을 관리ㆍ운영하는 법인이

다른 법인을 합병하는 경우, 합병으로 취득하는 부동산의 취득시기를 합병계약서상 합병기일 또는 소관부처의 승인일

중 어떤 것으로 보아야 하는지

【회신】

○ 「지방세법」제7조제2항에서는 부동산등의 취득은 「민법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 이행하지 아니한 경우라도

사실상으로 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고,

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- 회사가 합병하는 경우에는 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계하게 되므로,

법인의 합병으로 인하여 존속하는 법인이 소멸하는 법인의 소유이던 부동산을 취득하는 경우, 그 취득일은 합병기일

(＜서울행정법원 99구5152, 1999.9.30.＞ 참조)이 됨.

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○ 합병에 따라 합병법인이 피합병법인 소유의 부동산을 취득하는 날을 언제로 보아야 하는지에 대해 살펴보면 「민간투자법」

제13조에서는 주무관청과 민간투자사업시행자 간에 사업시행의 조건 등에 관한 실시협약을 체결하도록 하고, 같은 법 제24조에서는

민간투자사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 사회기반시설은 실시협약에 따라 관리ㆍ운영하도록 하고 있으며,

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- 합병법인의 3개 사업장 중 하나인 「00복합화물터미널 확장 민간투자사업 실시협약」(2006.12.) 제9조제3항에서는 출자자 지분변경에 대해

주무관청의 사전승인을 받도록 하고 있는 반면, 피합병법인의 「000복합화물터미널 내륙컨테이너기지 민간투자시설사업 실시협약」

(2005.3.) 제7조제3항에서는 운영기간 중의 출자자 지분변경을 사전에 주무부처에 신고하도록 각각 달리 규정하고 있음.

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​○ 토지거래 허가구역지역 내의 토지에 관한 매매계약이 토지거래 허가를 받지 아니하여 유동적 무효 상태에 있다면, 지방세법상

취득시기가 도래하였다고 하더라도 그 매매계약이 확정적으로 유효하게 되었다고 할 수 없으므로 취득세 신고ㆍ납부의무가 있다고 할 수 없고,

그 후 토지거래 허가를 받거나 토지거래 허가구역지정이 해제되는 등의 사유로 그 매매계약이 확정적으로 유효하게 되었을 때

비로소 취득세 신고ㆍ납부의무가 있다고 할 것 (＜대법원 2012.11.29. 선고, 2012두16695 판결＞ 참조)이지만,

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- 「민간투자법」에 근거하여 체결한 실시협약에서는 출자자 지분변경에 대해 사전 승인 또는 사전 신고하도록 각각 사업장별로

달리 규정하고 있고, 합병으로 인해 취득행위가 발생하는 것은 ‘피합병법인’의 ‘000복합화물터미널 내륙컨테이너기지 민간투자사업장’인데

해당 사업장 실시협약에서는 출자자 지분 변경을 사전신고로만 규정하고 있는 점을 고려할 때, 합병으로 인해 출자자 지분변경이 발생하는

다른 사업장의 실시협약에 따라 사전승인을 받도록 한 사항으로 인해 당초 합병계약이 유동적 무효 상태에 있다고 보기는 어려워 보임.

따라서 합병으로 인하여 존속법인이 피합병법인 소유의 부동산을 사실상 취득하게 되는 합병기일을 취득한 날로 보는 것이 타당할 것으로 보임.

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○ 다만, 이에 대해서는 과세기관인 지방자치단체의 장이 구체적인 사실관계를 면밀히 검토하여 판단해야 할 사항임.