법인을 중심으로 한 지방세 관련 사례

회사에서 사업을 영위하면서 쉽게 접할 수 있는 지방세 납부와 관련된 문제들을 납세자 입장에서 발생할 수 있는 사례를 중심으로 지방세 관계법령과 과세기관의 유권해석 등에 대하여 살펴보겠습니다(아래 행정안전부 답변자료에서는 답변 당시 조문을 현행 조문에 맞게 변경하였으며, 답변내용도 현행 법령에 맞게 수정한 내용으로 감안하여 보시기 바랍니다. (출처 : 서울특별시)

 

 

1. 과점주주에 대한 납세의무 관련 사례

Q1. 과점주주에 대한 납세의무에 대해 알고 싶습니다

A1. 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인은 제외)의 주식 또는 지분을 50%초과하여 취득함으로써 과점주주가 된 때, 그 과점주주는 해당 법인이 소유하고 있는 부동산 등 취득세 과세대상을 해당 지분비율만큼 취득한 것으로 봅니다. 다만, 법인 설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우는 그러하지 않습니다(지방세법§7-⑤).

법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 봅니다.

이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 부과합니다. 다만 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 않습니다.

과점주주였으나 주식 등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하게 되었다가 해당 법인의 주식 등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 과세합니다(지방세법시행령§11)).

♠ 구체적인 관련 사례를 살펴보면

사례1) 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우 당해 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상에 대하여 주식보유비율에 따라 취득세를 납부하여야 한다고 하는데 코스닥에 등록된 법인도 이에 해당하는지 여부?

답변) 지방세기본법 제47조의 규정에서 과점주주가 적용되는 법인에는 “주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외”하도록 하고 있는바, 자본시장과 금 융투자업에 관한 법률 제9조 제15항 제1호에서 “상장법인”은 유가증권시장 에 상장된 유가증권의 발행인으로, “유가증권시장”은 유가증권의 매매거래를 위하여 한국증권거래소가 개설하는 시장으로 정의하고 있으므로 장외등 록시장에 등록한 법인의 경우에는 상장법인으로 볼 수 없어 “갑설”(비상장법인에 해당)이 타당함.

사례2) 법인의 자기 주식 취득으로 주식소유 비율 변화가 과점주주 판단에 영향을 미치는지 여부?

답변) 주주가 주식발행 법인의 주식을 취득하여 과점주주의 주식소유 비율이 증가 되는 것이 아니라 주식발행 법인이 자기주식을 취득함으로써 기존의 과점주주에 대한 주식소유비율이 증가하는 경우에는 과점 주주에 대한 취득세 납세의무가 없음(대법원 2010두 8669(2010.9.30.)).

사례3) 의결권 없는 주식을 취득하여 주식보유비율이 50%가 넘게 된 경우 과점주주에 해당하는지 여부?

답변) 지방세기본법 제47조에서 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다.) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다.) 또는 출자액(당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액으로 규정하고, 그 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유 주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 초과인 자들이라고 규정하고 있으므로, 이 경우 과점주주의 주식소유 비율산정시 의결권이 없는 주식은 제외하는 것임.

사례4) 비상장법인의 과점주주(특수관계자)간의 주식거래가 지방세법 제7조 제5항에 의한 과점주주의 간주취득세에 해당하는지 여부?

답변) 지방세법 제7조 제5항 및 같은법 시행령 제11조의 규정에 의한 과점주주에 대한 취득세 납세의무 성립여부와 관련하여 기존 과점주주와 특수관계에 있는 자가 기존 과점주주로부터 주식 또는 지분의 일부를 취득한 것은 특수관계인간의 거래로 과점주주로 인한 취득세 납세의무가 없는 것이며, 특수관계인간 내부거래라 하더라도 과점주주비율 전체를 취득하여 새로운 과점주주가 되는 경우에는 취득세 납세의무가 있는 것으로 보았으나, 대법원 판결 (2007두10297, 2007.8.23)에서 “기존 과점주주와 특수관계에 있으나 당해 주식발행 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식 또는 지분 전부를 이전받은 경우라 하더라도 일단의 과점주주 전체가 보유한 총주식 또는 지분의 비율에 변동이 없는 한 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다”고 판시함에 따라 이와 같은 경우 취득세 납세의무가 없는 것으로 유권 해석을 변경함.

사례5) 비상장법인이 부동산 취득시 취득세를 면제받은 경우에도 과점주주의 취득세 납세의무가 있는지 여부?

답변) 지방세법 제7조 제5항의 규정에 의거 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비, 입목, 항공기, 선박, 광업권, 어업권, 골프회원권, 콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보나 법인 설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세, 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하도록 규정하고 있으므로, 이 경 우 비상장법인의 과점주주가 당해 비상장법인에 부동산을 현물출자하고 현물출자의 대가로 지분을 받아 과점주주비율이 증가된 경우로서, 당해 비상장법인은 부동산을 취득시에 취득세를 면제받은 경우라도 비상장법인의 취 득세 납세의무와 과점주주 취득세 납세의무는 별개의 것이므로 당해 과점주주 비율증가분에 대하여는 과점주주 취득세를 납부하여야 함

사례6) 비상장법인의 특수관계자가 아니었던 자가 혼인으로 과점주주가 된 경우?

답변) 비상장법인의 주식을 특수관계자가 아니었던 甲개인과 乙개인이 각각 30%를 가지고 있다가 甲개인과 乙개인이 결혼을 하여 당해 법인의 주식소유비율의 합계가 60%(30%+30%)를 소유하게 되어 과점주주가 된 경우에 는 甲개인과 乙개인은 당해 법인의 주식 또는 지분을 주주 또는 사원으로부터 취득하여 과점주주가 된 것이 아니므로 취득세 납세의무가 성립하지 아니함.

사례7) 과점주주가 된 경우 장부상 미분양주택의 신고납부 여부?

답변) 당해 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 과점주주일 현재 법인장부상 재고자산(미분양주택)이 계상되어 있다면 미분양주택도 지방세법상 과세대상이 되는 부동산에 해당되므로 미분양 주택을 포함한 총가액에 과점주주가 취득한 주식비율을 곱한 금액으로 신고납부하여야 함

 

2. 법인에 대한 취득세 중과 관련 사례

Q1. 법인이 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용부동산을 취득하는 경우 중과세 하는지요?

A1. 법인이 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용부동산(본점 또는 주사무소용건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 과밀억제권역(산업단지ㆍ유치지역 및 공업지역 제외) 안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우 중과하도록 규정하고 있습니다. 중과대상이 되는 본점 또는 주사무소의 사업용부동산이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사ㆍ합숙소ㆍ사택ㆍ연수시설ㆍ체육시설 등 복지후생시설과 향토 예비군 병기고 및 탄약고를 제외)을 말합니다. 법인이 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지)이나 공장의 신설용 또는 증설용 부동산으로 사용되는 경우 또한 취득세를 중과하도록 규정하고 있습니다.

♠ 구체적인 관련 사례를 살펴보면

사례1) 본사의 조직이나 중추관리기능과는 하등의 관계가 없는 사무소용 건물로 사용하고 있는 경우 이 사무소용 건물이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득한 것에 해당되는지 여부?

답변) 지방세법시행령 제25조에서 “대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 규정되어 있으므로, 이 경우 사무소용건물의 주요업무, 기능 등이 자세히 적시되지 아니하였으나, 본사의 조직이나 중추관리기능이 없이 단순히 방송프로그램제작 등의 용도로 사용되고 있다면 주사무소에 해당되지 않는다고 할 것임.

사례2) 과밀억제권역 안에서 취득하는 법인 또는 주사무소에 영업장소가 함께 설치되는 경우, 그 영업장소 및 부대시설 부분도 취득세 중과세 대상에 해당하는지 여부?

답변) 구 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되어 1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조 제3항, 같은법시행령(1994. 12.31. 대통령령 제14481호로 개정된 것) 제84조의2 제3항에 의하면, 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 법인의 본 점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 취득한 경우에는 취득세를 중과세하고 있는 바, 그 취지는 이러한 지역 내에서 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것이므로, 백화점 등 유통업체의 매장이나 은행본점의 영업장 등과 같이 본점 또는 주사무소의 사무소에 영업장소가 함께 설치되는 경우에 그 영업장소 및 부대시설 부분은 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다. 이에 따라 은행 본점의 영업장 및 그 부대시설로 사용되고 있는 이 사건 건물의 제1,2층 중 영업장과 탕비실, 창고 등의 그 부대시설 부분이 중과세 대상에 해당하지 아니한다고 판시한 것은 정당하다(대법원 2000두222(2001.10.23.))

사례3) 토지를 신탁 받은 수탁자(B법인)가 건축물을 신축하여 보존등기를 완료한 후, 신탁종료를 통해 위탁자(A)법인에게 귀속된 건축물의 일부를 당초 위탁자가 본점사업용으로 사용할 경우, 이를 본점 사업용 신축부동산으로 보아 당초 위탁자에게 취득세를 중과세 할 수 있는지 여부?

답변) 신탁재산은 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 귀속되며 위탁자와의 내부관계에 있어서도 그 소유권이 위탁자에게 유보되어 있는 것이 아닌 점(대법원 2008.3.13. 선고2007다54276판결), 건축물 신축 취득세 납세의무가 수탁자에게 있는 점(대법원 2003.6.10. 선고2001두2720 판결), 신탁법상의 신탁계약에 의하여 수탁자 명의로 신축한 건축물의 취득세 중과세대상 여부도 수탁자를 기준으로 판단하여야 하는 점(대법원 2003.6.13. 선고2001두4979판결)등을 종합적으로 고려해 볼 때, 본점용으로 사용하는 자가 수탁자가 아닌 위탁자라면 건축물분에 대해서는 취득세 중과세대상으로 보기는 곤란하다고 할 것임. 다만, 위탁자가 본점으로 사용할 계획으로 신축하면서 중과세 회피를 목적으로 위ㆍ수탁 계약한 사실 등이 사실조사를 통해 확인되는 경우 등은 중과세대상으로 봄이 타당함(행정자치부 지방세운영과-1076(2013.6.17.)호).

 

 

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