중소기업이 알아야 할 법인세 신고 관련내용 - 중소기업 요건 및 조세지원 제도, 중소기업특별세액감면

중소기업에 해당하는 법인은 일반법인에 비하여 각종 혜택이 주어지는데요. 이번 이슈체크에서는 세법상 중소기업 요건과 중소기업에 대한 세법상 지원내용 등 중소기업의 법인세 신고에 대한 주요내용들을 알려드립니다.

(출처: 국세청)

삼일아이 [법인세 신고안내]에서는 법인세 신고에 반영되는 세법 개정내용, 세무조정 체크리스트, 항목별 신고실무 해설과 동영상 강의 등 법인세 신고 관련 컨텐츠들을 모아 보기 쉽게 제공해 드립니다.

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1. 세법상의 중소기업 요건(조특령§2①)

※ 조세특례제한법의 ‘중소기업’과 중소기업기본법의 ‘중소기업’은 일치하지 않음

(1) 소비성서비스업을 제외한 모든 업종을 주된 사업으로 영위하는 법인

☞ 소비성서비스업(조특령§29③)
1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥 음식점업은 제외) 3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

(2) 매출액
• 업종별로 중소기업기본법 시행령 「별표1」의 기준 이내이어야 함.

(3) 소유 및 경영의 실질적인 독립성
-「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않을 것

• 중소기업기본법시행령§3①(2)의 규정에 적합한 기업
- 직전사업년도말 자산총액 5,000억원 이상인 법인(외국법인을 포함)이 발행주식 총수의 30% 이상을 직ㆍ간접적으로 소유(「자본시장과 금융 투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통한 간접소유의 경우는 제외)한 최대주주인 기업이 아닐 것(중소기업기본법 시행령§3①2호 나목 참조)
- 관계기업*에 속하는 기업의 경우 중기령§7의4에 따라 산정한 매출액이 조특령§2①(1)에 따른 중소기업 기준에 해당할 것
* 관계회사제도：중소기업 규모(매출액) 판단시 출자관계 형성 기업간 합산하여 계산하는 제도

(4) 졸업기준 이내일 것
• 졸업기준 : 자산총액이 5,000억원 이상

 

2. 중소기업의 판정 요령

(1) 업종의 구분
• 「조세특례제한법」에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 통계법§22에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따름

(2) 매출액
• 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액

(3) 자산총액
• 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 자산총액

(4) 겸업의 경우 중소기업 해당업종 판정
• 사업별 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 봄(조특령§2③)* 중소기업 해당여부는 사업전체의 매출액을 기준으로 판정함

 

3. 중소기업의 유예기간 적용(조특령§2②)

(1) 유예기간 적용 대상
• 중소기업의 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 [별표 1] 초과
• 졸업기준에 해당하는 경우
• 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우
• 중소기업이 「중소기업기본법 시행령」 §3①(2), 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때(조특령 §2⑤)

(2) 유예 적용 방법
• 최초 그 사유가 발생한 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 봄
• 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 중소기업 해당여부 판정

(3) 유예기간 적용 제외
• 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
• 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
• 소유 및 경영의 실질적인 독립성기준에 적합한 기업 외의 기업에 해당되는 경우(조특령§2①3)
* 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 제외
• 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업 기준초과

 

※ 관련예규

▶ 중소기업 해당업종 판정

- 관계기업에 속하는 기업의 중기령 별표1의 기준이 되는 업종 판단조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호의 “평균매출액 등이 별표1의 기준에 맞지 아니하는 기업”에서 별표1의 규모 기준을 판단하는 업종은 중소기업기본법 시행령 제4조 제2항에 따른 평균매출액 등이 큰 기업의 주된 업종임(단, 조세특례제한법 시행령 제2조에서의 “평균매출액”은 “매출액”을 의미(서면-2019-법인-2297, 2020.04.24.)

- 조특법상 중소기업 업종기준을 충족하였는지 및 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는지 여부사업연도 개시일부터 해산등기일까지 매출액이 발생하지 않게 된 경우에는 해당 내국법인이 해산등기일 현재 목적사업을 완료하기 전의 주된 사업인 부동산 개발 및 공급업을 영위하고 있는 것으로 보며, 해산등기일 현재 중소기업인 내국법인은 결손금 소급공제에 따른 환급신청을 할 수 있는 것임(사전-2019-법령해석법인-0620, 2019.11.08.))

- 중소기업의 주된 사업 판단방법 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제2조제3항의 주된 사업 판단시 관계기업 여부에 상관없이 당해 기업의 사업을 기준으로 주된 사업을 판단하는 것임(서면-2018-법인-1894, 2019.11.05.))

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▶ 유예기간 적용

- 중소기업 요건 중 실질적 독립성 요건 충족 여부중소기업기준 개정 전 기준으로 중소기업인 기업이 중소기업기준의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 「조세특례제한법 시행령」 제2조제5항 후단에 따라 유예기간 적용(기획재정부 조세특례제도과-559, 2021.08.18.)

- 중소기업 유예기간을 적용할 수 있는지 여부 2015.1.1. 이후 최초로 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목(실질적인 독립성)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 유예기간을 적용할 수 있음(기획재정부 조세특례제도과-360, 2021.5.7.)

- 중소기업 요건 중 실질적 독립성 요건 충족 여부 자산총액이 5천억원 이상으로서 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 비영리 법인이 내국법인의 주식을 100분의 30 이상 직접적 또는 간접적으로 소유하는 경우, 해당 내국법인은 구 「조세특례제한법 시행령」(2020.12.29., 대통령령 제31295호로 개정 전의 것) 제2조제1항제3호에 따른 중소기업의 요건을 충족하는 것임(서면-2020-법인-2033, 2021.05.03.)

- 상호출자제한기업집단에서 제외되는 경우 중소기업 적용시기「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사가 같은 법 시행령 제21조 제4항에 따라 상호출자제한기업집단에서 제외됨에 따라 중소기업에 해당하게 된 때에는 그 통지를 받은 날이 속하는 과세연도 부터 중소기업으로 보는 것임(서면-2020-법인-2522, 2021.04.30.)

- 연결납세법인의 중소기업 유예기간 적용 여부「연결납세방식 최초 적용에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 조세특례제한법 규정과 별개로 법인세법 규정에 따라 중소기업 유예규정 적용 가능함(서면-2020-법령해석법인-2106, 2020.07.17.)

- 독립성 기준 검토시 재무제표 판단 기준
조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호의 실질적 독립성 기준을 판단하는데 있어 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 “자산총액”과 다목의 “평균매출액” (「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 “매출액”을 의미)은 연결재무제표가 아닌 개별재무제표를 기준으로 판단하는 것입니다(서면-2020-법인-2285, 2020.07.10.).

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4. 중소기업에 대한 세법상 지원내용

│법인세법상 지원│

 

내 용	일 반 법 인	중 소 기 업
접대비 한도액 (법법§25) (조특법§136)	- 용인한도액 : ①＋② ① 기본금액 1,200만원 ② 수입금액×수입금액 적용율 0.03％∼0.2％	- 용인한도액 : ①＋② ① 기본금액 3,600만원 ② 좌동
결손금소급공제	해당없음	선택에 의해 가능
분납기간(법법§64)	납부기한 경과일부터 1월 이내	납부기한 경과일부터 2월 이내

 

│조세특례제한법상 지원│

내 용	일 반 법 인	중 소 기 업
창업중소기업 등에 대한 세액감면(조특법§6)	해당없음	창업후(벤처기업 확인 후) 최초로 소득이 발생한 연도와 그 후 4년간 법인세 50(75, 100)% 감면
중소기업에 대한 특별세액감면 (조특법§7) *2005.1.1. 이후 최초 개시 사업 연도 분부터 본점기준 에서 사업장 기준으로 변경 (본점이 수도권 안에 있는 경우에는 모든 사업장을 수도권으로 보아 감면비율 적용)	해당없음	* 한도) 소기업, 중기업: 한도1억원(알뜰주유소 제외) - 상시근로자 감소 시 : 한도 1억원-감소인원*5백만원 * 알뜰주유소 : ’22-’23년까지 특례적용
상생결제 지급금액에 대한 세액공제 (조특법§7의4)	중견기업은 중소기업과 동일 * ’18.1.1.이후 개시하는 과세연도에 지급하는 분부터	- 중소기업이 상생결제제도를 통해 중소ㆍ중견기업에 구매대금 지급한 경우 ㆍ지급기한 15일내 지급금액 ×0.2% ㆍ지급기한 15일∼60일내 지급금액 ×0.1％ * 한도 : 법인세의 10%
연구 및 인력개발비 세액공제 (조특법§10)	신성장ㆍ원천기술연구개발비×최대 30*%〔20%＋(수입 금액 대비 신성장 R&D 비중 ×3배)〕 *코스닥상장 중견기업은 최대 40% (25%+α)	신성장ㆍ원천기술연구개발비×최대 40%〔30%＋(수입금액 대비 신성장 R&D 비중×3배)〕
	국가전략기술 연구개발비 ×최대 40% [30%+ (수입 금액 대비 국가전략기술 R&D 비중×3배)]	국가전략기술 연구개발비 ×최대 50% [40%+(수입 금액 대비 국가전략기술 R&D 비중×3배)]
	위 해당ㆍ선택 않은 경우 ①ㆍ② 중 많은 것 선택 ① 직전년도발생액 초과금액×25% ② 당해연도 R&D비용×〔기본 0% ＋ (매출액 대비 R&D 비중 ×1/2배*〕 * 최대 2%	위 해당ㆍ선택 않은 경우 ①ㆍ②중 많은 것 선택 ① 직전년도발생액 초과금액×50% ② 당해연도R&D비용×25% *중소기업 졸업에 따른 공제율 단계적 인하 - 중소기업 졸업이후(유예기간 포함) 3년간 15%, 그 이후 2년간 10%
	※ 중견기업 공제율 신설(’13.1.1.이후 개시 과세연도) ①ㆍ② 중 많은 것 선택 ① 직전년도발생액 초과금액×40% ② 당해연도 R&D비용×8%	☞ 중견기업(조특령§9③) 1.중소기업이 아닐 것 2.주된 사업이 중소기업 업종 3.소유와 경영의 실질적 독립성 충족 4.직전 3년 평균 매출액 5천억 미만
기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례(조특법§12)	- 중견기업은 중소기업과 동일	- 특허권 등 이전소득에 대한 법인세 50% 감면
	- 중견기업*은 중소기업과 동일 * ’22.1.1.이후 개시하는 과세연도 분부터 적용	- 특허권 등 대여소득에 대한 법인세 25% 감면
벤처기업 등에 출자시 세액공제 (조특법§13의2)	중소기업과 동일	- 벤처기업 등에 출자시 출자금액의 5% 세액공제
성과공유제 중소기업의 경영성과급 세액공제 (조특법§19)	해당없음	- 성과공유 중소기업*이 근로자에게 지급하는 경영성과급의 15% * 영업이익이 발생한 기업 요건 삭제 * 최대주주 등, 총급여 7천만원 초과자 제외
통합투자세액공제 (조특법§24)	1) 공제대상자산 : ①사업용 유형자산 (단, 토지ㆍ건물, 차량, 비품 등 제외)                         ②일부 유형자산(①제외)과 무형자산 2) ’21.7.1. 시설을 투자하는 분부터 적용
영상콘텐츠 제작비용 세액공제 (조특법§25의6)	- 투자금액의 3%(대기업), 7%(중견기업)	- 국내ㆍ외에서 발생한 영상콘텐츠 제작비용의 10% * 공제시기：방송ㆍ영화상영이 되는 날이 속하는 사업연도
경력단절 여성 고용 기업에 대한 세액공제 (조특법§29의3)	- 중견기업 15%	- 재고용 후 2년간 지급 인건비×30%
육아휴직 복귀자 인건비 세액공제 (조특법§29의3)	- 중견기업 15%	- 근로자(남성포함)가 6개월 이상 육아휴직 후 복귀시 인건비의 30% 세액공제 * 아이 1명당 1번만 적용, 상시 근로자 수가 감소하지 않는 경우에 적용
근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 (조특법§29의4)	- 직전 3년 평균 초과 임금증가분×5%(중견기업 10%)	- 직전 3년 평균 초과 임금증가분×20%
	- 정규직 전환근로자의 전년대비 임금증가액 합계×5%(중견기업 10%)	- 정규직 전환근로자의 전년대비 임금증가액 합계×20%
고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 (조특법§29의7)	- 상시근로자 증가인원 1인당 아래 금액   * 상시 근로자 수가 감소하지 않은 경우 대기업 2년, 중견기업 3년 적용	- 상시근로자 증가인원 1인당 아래 금액   * 상시 근로자 수가 감소하지 않은 경우 3년 적용
정규직 근로자 전환에 따른 세액공제 (舊 조특법§30의2)	- 중견기업이 2021.6.30. 현재 비정규직을 2022.12.31.까지 정규직으로 전환시 1인당 700만원	- 2021.6.30. 현재 비정규직을 2022.12.31.까지 정규직으로 전환시 1인당 1,000만원 공제
고용유지중소기업 등에 대한 과세특례 (조특법§30의3)	- 위기지역 중견기업은 중소기업과 동일	- 세액공제：연간 임금감소 총액×10% + 시간당 임금상승에 따른 임금 보전액 × 15%
중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 (조특법§30의4)	해당없음	- 청년(15∼29세), 경력단절여성 상시근로자 순증인원의사회보험료 100% - 청년외 상시근로자 순증인원의 사회보험료 50%(신성장서비스업 75%)
수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등 (조특법§63)	중소기업과 동일	- 이전일 이후 최초로 소득이 발생하는 과세연도와 그후 6년(4년)간 100%, 그 후 3년(2년)간 50% * 공장이 없는 경우 §63의2(법인 본사의 수도권 밖 이전 감면) 적용
수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등 (조특법§63의2)	중소기업과 동일	- 이전일 이후 최초로 소득이 발생하는 과세연도와 그후 6년(4년)간 100%, 그 후 3년(2년)간 50% * 소비성서비스업, 부동산임대ㆍ중개ㆍ매매업, 건설업 등은 제외
농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면 (조특법§64)	- 농공단지 안에서 농어촌소득원 개발사업을 영위하는 내국인은최초 소득발생연도와 그 후의 4년간 법인세 50% 감면	- 좌동 - 지방중소기업 특별지원지역 입주시 최초소득 발생연도와 그후 4년간 법인세 50%감면
중소기업 공장이전에 대한 과세특례 (조특법§85의8)	해당없음	- 2년 이상 공장을 영위한 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위해 공장 양도한 경우 양도차익 상당액 5년 거치 후 5년 동안 균등액 익금산입
위기지역 내 창업기업에 대한 세액감면 (조특법§99의9)	- 중견ㆍ대기업은 다음 한도 : 투자누계액 50%＋상시근로자수×1,500만원(청년 등 2,000만원)	- 5년간 100% 감면, 그 이후 2년간 50%감면 - 고용 또는 산업 위기지역 내 창업하는 기업으로 지정기간 내 창업기업
최저한세(조특법§132)	①ㆍ②중 큰 금액 ① 각종 감면후의 세액 ② 감면전의 과세표준 ×최저한세율	- 좌동
	* 중소기업과 일반기업의 최저한세율 차등적용

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