공동상속주택 소수지분자의 장기보유특별공제율 산정방법

2024.2.29. 전에 공동상속주택 소수지분을 양도하는 경우의 장기보유 특별공제액은 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간을 적용하여 [표2]에 따른 보유기간별공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산하여 산정하는 것임​

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【문서번호】사전법규재산-236, 2024.05.02

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【질의】

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(사실관계)

o 1992년 父로부터 서울 성수동 단독주택 상속

- 母 3/7, 아들 2/7, 딸(신청인) 2/7 공동상속

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o 어머니와 아들은 동일세대로 해당 상속주택에서 함께 거주하고 있어 보유기간 및 거주기간이 10년 이상

- 신청인(딸)은 결혼 후 세대분리 후 거주기간은 상속개시 후 2∼3년미만

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o ´24.2.20. 공동상속주택 양도

＊ 신청인(딸)이 속한 세대에 다른 주택을 보유하고 있지 않아, 해당 상속주택 지분은 신청인의 1세대1주택 비과세 요건을 충족한 것으로 전제

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(질의내용)

o 소득령§155③에 따른 공동상속주택의 소수지분자인 청구인이 공동상속주택 양도할 때 적용되는 장기보유특별공제 「표2」공제율 산정시 거주기간 산정방법

1) 보유기간 10년 이상 + 상속개시 후 청구인의 거주기간

- 보유기간 40% + 거주기간 8% = 48%

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2) 보유기간 10년 이상 + 상속개시 후 최대지분자(母) 거주기간

- 보유기간 40% + 거주기간 40% = 80%

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【회신】

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「소득세법 시행령」 제155조제3항에 따른 공동상속주택 소수지분(이하 “공동상속주택 소수지분”이라 함)을 2024년 2월 29일 전에 양도하는 경우로서, 공동상속주택 소수지분이 「소득세법」 제95조제2항 본문 후단에 해당하는 1세대1주택에 해당하는 경우, 해당 공동상속주택의 소수지분에 해당하는 장기보유특별공제 [표2]에 따른 거주기간별 공제율은 같은 법 시행령 제159조의4(2024.2.29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것)에 따른 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간을 적용하여 계산하는 것임.

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【관련법령】

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○ 소득세법 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

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○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

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보유기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 6
4년 이상 5년 미만	100분의 8
5년 이상 6년 미만	100분의 10
6년 이상 7년 미만	100분의 12
7년 이상 8년 미만	100분의 14
8년 이상 9년 미만	100분의 16
9년 이상 10년 미만	100분의 18
10년 이상 11년 미만	100분의 20
11년 이상 12년 미만	100분의 22
12년 이상 13년 미만	100분의 24
13년 이상 14년 미만	100분의 26
14년 이상 15년 미만	100분의 28
15년 이상	100분의 30

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보유기간	공제율	거주기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 12	2년 이상 3년 미만 (보유기간 3년 이상에 한정함)	100분의 8
		3년 이상 4년 미만	100분의 12
4년 이상 5년 미만	100분의 16	4년 이상 5년 미만	100분의 16
5년 이상 6년 미만	100분의 20	5년 이상 6년 미만	100분의 20
6년 이상 7년 미만	100분의 24	6년 이상 7년 미만	100분의 24
7년 이상 8년 미만	100분의 28	7년 이상 8년 미만	100분의 28
8년 이상 9년 미만	100분의 32	8년 이상 9년 미만	100분의 32
9년 이상 10년 미만	100분의 36	9년 이상 10년 미만	100분의 36
10년 이상	100분의 40	10년 이상	100분의 40

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

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○ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

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○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 따른 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

② 제1항제2호 및 제3호의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 한다.

1. 상속받은 자산은 피상속인이 그 자산을 취득한 날

2. 제97조의2제1항에 해당하는 자산은 증여자가 그 자산을 취득한 날

3. 법인의 합병ㆍ분할[물적분할(物的分割)은 제외한다]로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할ㆍ합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할ㆍ합병의 상대방법인의 주식등을 취득한 날

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○ 소득세법 시행령 제154조(2024.02.29. 대통령령 제34265호로 개정된 것)【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기한의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. ~ 5. (생략)

⑫ 제1항을 적용할 때 취득 당시에 조정대상지역에 있는 주택으로서 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.<개정 2024.2.29.>

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부칙 <제34265호, 2024.2.29> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다. 2. 제159조의4 전단, 별표 3의2 제10호ㆍ제12호 및 별표 3의3 제2호ㆍ제5호의 개정규정: 2025년 1월 1일 제19조(공동상속주택의 거주기간 판단에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 양도한 주택의 거주기간 판단에 관하여는 제154조제12항 및 제159조의4 후단의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

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【관련사례】

○ ＜재재산-960, 2022.08.12.＞

귀 질의1의 경우 공동상속주택 양도일 현재 최다지분자인 甲의 거주기간으로 함.

귀 질의2의 경우 「소득세법 시행령」 제159조의4에 따른 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간을 적용함.

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