이달의 국내조세동향 Korean Tax Update 2025. 10.- 현장 상주조사 최소화 등 세무조사 혁신방안, 국내 미등록 특허권 사용료의 국내원천소득 과세 여부

현장 상주조사 최소화 등 세무조사 혁신방안, 국내 미등록 특허권 사용료의 국내원천소득 과세 여부

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1. Tax News ​ 국세청, 현장 상주 세무조사 최소화 등 세무조사 혁신방안 발표 ​ 국세청은 세무조사 혁신의 첫 걸음으로 「현장 상주조사 최소화」를 새로운 표준(New Normal)으로 자리 매김하기 하고자, 현장 상주 중심의 세무조사 패러다임을 근본적으로 혁신하는 내용의 세무조사 혁신방안을 발표하였으며, 주요 내용은 다음과 같음. • 정기 세무조사는 납세자의 업무공간이 아닌 조사관서에서 실시하는 사무실 조사*1 위주로 진행될 수 있도록 기업에 상주하는 현장조사는 최대한 짧게, 꼭 필요한 경우에만 실시*2 *1 조사관서 사무실에서 서면(FAX, E-mail)ㆍ유선ㆍ납세자 방문 등으로 조사 실시 *2 ① 영업상 비밀 유출 우려ㆍ조사관서 방문 부담 등으로 납세자 입장에서 오히려 현장 상주조사 방식으로 진행하는 것이 편리한 경우 ② 자료 미(지연)제출 등으로 원활한 세무조사 진행이 어려운 경우 • 납세자가 조사관서로 제출한 자료는 국세기본법상 비밀유지 의무에 따라 오로지 국세의 부과ㆍ징수 목적으로만 사용하고 자료의 보안은 최고 수준으로 유지할 방침 ​ 관세청, 정보화 조직 정비 완료ㆍ인공지능(AI) 관세행정 본격 가동 ​ 관세청이 ‘인공지능(AI)으로 공정 성장을 선도하는 관세청’이라는 새로운 비전을 실현하기 위해 「인공지능혁신팀」과 「데이터담당관」을 신설하는 등 기존 정보화 조직을 전면 개편함.
구분	주요 내용
인공지능혁신팀	기존에 구축한 인공지능(AI) 시스템 통합관리ㆍ인공지능(AI) 기반 업무 효율화 및 대국민 서비스 강화ㆍ융합형 인공지능(AI) 전문 인재 양성 등 관세행정과 인공지능을 연계ㆍ발전시키는 핵심 역할 수행
데이터담당관	관세청-민간 데이터 공유 확대ㆍ비정형 데이터를 인공지능(AI) 리더블 데이터로 전환ㆍ관세 무역데이터 거버넌스 체계 구축 등 인공지능(AI) 융합의 기초가 될 양질의 데이터를 확보하는 역할 수행
첨단기술 사업관리팀	인공지능을 비롯한 첨단기술의 도입 과정에서 발생할 수 있는 다양한 기술적 리스크의 사전 점검을 위해 정보기획담당관 산하에 기술직 전문인력으로 구성
​ 국세청, ‘한강벨트’ 등 초고가주택 전수 검증 세무조사 착수 ​ 국세청은 2025년 9월 7일 부동산 관계 장관회의의 후속조치 일환으로 초고가주택 거래 및 외국인ㆍ연소자 등에 대한 전수 검증을 실시하여 다음과 같이 편법 증여 등 탈루혐의가 있는 총 104명에 대해 세무조사에 착수함.
구분	선정 대상
유형 1	• 30억 원 이상 초고가주택을 편법증여ㆍ소득누락한 자금으로 취득한 혐의자 강남 4구ㆍ마포구ㆍ용산구ㆍ성동구 등 시장 과열지역의 30억 원 이상 초고가주택 거래를 지난해 거래분부터 전수 검증하고 있으며, 자금출처가 의심되는 탈세혐의자를 1차 선별하여 소득ㆍ재산ㆍ직업 등에 비추어 편법 증여를 받았거나 소득 신고를 누락하였는지 자금출처 정밀 조사
유형 2	• 고가주택을 취득하였으나 자금출처가 부족한 외국인ㆍ연소자 내국인 역차별과 시장교란 지적이 있는 고가주택 취득 외국인에 대해 국내 소득 및 대출ㆍ해외 송금액 등 자금원천을 정밀 분석하여 취득자금이 부족한 외국인 및 부모로부터 주택취득자금을 편법 지원받아 고가주택을 취득한 혐의가 있는 30대 이하 연소자에 대한 자금출처 검증
유형 3	• 편법 증여 등 자금출처가 의심되는 고액 전ㆍ월세 거주자 고가주택 취득을 위한 종잣돈으로 활용하기 위해 상대적으로 규제를 피하기 쉬운 고액 전세금을 편법 증여받은 혐의자와 뚜렷한 소득 없이 고액 월세를 지급하는 고가주택 거주자의 자금출처 조사
유형 4	• 가장매매를 통해 부당하게 1세대 1주택 비과세를 받은 혐의자 2주택자가 친척ㆍ지인ㆍ특수관계 법인 등에게 주택 한 채를 서류상으로만 허위 이전한 후 양도차익이 큰 다른 한 채를 1세대 1주택 비과세로 신고하는 수법의 가장매매 탈세 의심사례 선정
​ 국세청, 플랫폼사업자 파산 피해 사업자 부가세 환급 방침 ​ 국세청은 플랫폼사업자의 파산 등으로 인해 판매대금을 회수하지 못한 플랫폼 입점 판매자가 대손세액공제를 적용 받을 수 있는지에 관해 국세예규심사위원회에서 플랫폼 입점 판매자들이 대손세액공제를 받을 수 있는 것으로 최종 결정함에 따라(기획재정부 부가가치세제과-50001, 2025. 9. 30.), ㈜티몬에 대한 회생계획인가 결정(2025. 6. 23.)에 따라 정산받지 못한 판매대금이 있는 ㈜티몬 입점 판매자에 대해 이미 납부한 부가가치세 상당액을 환급할 예정임*. * 7월 확정신고 기간에 대손세액공제를 신청한 339명의 판매자에게 총 150억 원의 환급액 등을 신속 지급하고 대손세액공제를 신청하지 않은 피해 사업자는 즉시 경정 청구를 신청할 수 있도록 개별 안내할 예정 ​ ​ ​ 2. 최신 예규ㆍ판례 국내 미등록 특허권 사용료의 국내원천소득 과세 여부 (대법2021두59908, 2025. 9. 18.) ​ ​ ■ 쟁점사항 한ㆍ미 조세조약에서는 특허 사용료는 어느 체약국 내에서 이를 사용하거나 또는 사용할 권리에 대한 대가로 지급되는 경우에만 해당 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하고 있고(한ㆍ미 조세조약 §6 ③ㆍ§14 ④ a호), 구 법인세법에서는 특허권이 국외에서 등록 되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 보도록 규정하고 있으며(구 법인세법 §93 8호 단서, 2015. 12. 15. 개정 전, 이하 ‘쟁점규정’), 한편, 한ㆍ미 조세조약은 해당 조세조약에서 정의되지 아니한 용어는 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다고 규정하고 있는 바(한ㆍ미 조세조약 §2 ②), 이번 판결의 쟁점은 내국법인이 미국에만 등록된 특허권(이하 ‘국내 미등록 특허권’)에 관한 사용료를 미국법인에게 지급한 경우, 해당 국내 미등록 특허권 사용료를 국내에서 사용된 특허권에 대한 사용료로 보아 원천징수 대상 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부임. ​ ​ ■ 판결요지 이에 대해 이번 대법원 판결은 한ㆍ미 조세조약에서 정의하고 있지 않은 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법인세법에 따라 해석해야 하고, 쟁점규정에서 국외에서 등록한 특허권이 ‘국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우’란 특허권 자체의 사용이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등(이하 ‘특허기술’)을 사용한다는 의미로 보아야 하므로, 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다고 판시하면서, 미국법인에게 지급한 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로 그 특허기술이 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용되었는지 여부를 살피지 않은 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한 원심 판결을 파기 환송함. ​ ​ ■ 시사점 이번 판결은 특허권은 등록된 국가 내에서만 효력이 미친다는 특허권 속지주의에 따라 국내 미등록 특허권과 관련된 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없다는 기존 대법원 판결(대법2005두8641, 2007. 9. 7.외)을 변경하고, 국내 미등록 특허권에 대한 사용료일지라도 해당 특허기술이 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용된 경우에는 국내원천소득에 해당함을 시사하므로, 국내에 등록하지 않은 특허권 라이선스 사용계약을 체결하고 사용료를 미국 법인에게 지급하는 내국법인은 그 사용료의 지급대상에 특허기술이 포함되어 있는지, 그리고 사용료의 지급대상에 포함된 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용 되었는지 여부 등에 따라 국내원천소득에 대한 원천징수 의무 여부를 검토할 필요가 있으며, 해당 특허기술이 국내 뿐만 아니라 해외 제조ㆍ판매를 위해서도 사용되는 경우에는 전체 사용료 가운데 국내원천소득에 해당하는 국내 사용분을 어떻게 합리적으로 구분하여 계산 할 것인지 여부 등이 추후 쟁점이 될 것으로 판단됨 ​ ​ 기술혁신형 주식취득 세액공제 적용 대상에 유상증자 신주 포함 여부 (조심2024서5497, 2025. 8. 26.) ​ ■ 쟁점사항 조특법은 내국법인이 벤처기업ㆍ신기술 인증기업 등의 기술혁신형 중소기업의 주식 등을 취득하는 경우에는 그 매입가액 중 기술가치 금액의 5%를 법인세에서 공제하는 기술혁신형 주식 취득 세액공제를 규정하고 있는 바(조특법 §12의 4, 이하 ‘쟁점규정’), 이번 결정례의 쟁점은 내국법인이 기술혁신형 중소기업의 기존 주주로부터 구주를 인수하는 것이 아니라 기술혁신형 중소기업의 유상증자를 통해 인수한 신주에 대해서도 쟁점규정에 따라 세액공제 를 적용할 수 있는지 여부임. ​ ■ 결정요지 이에 대해 이번 결정례는 쟁점규정의 입법취지가 벤처 창업자 등의 투자금 회수를 통한 벤처기업 재투자에 있으므로 유상증자를 통한 신주 인수로는 벤처 창업자가 투자금을 회수할 수 없는 점, 쟁점규정은 취득한 주식가액을 매입가액이라 규정하고 있으나 유상증자를 통한 신주 인수는 매입가액이 아닌 신주가액으로 표현하는 점, 쟁점규정의 적용대상에 유상증자를 통한 신주 인수가 포함된다면 쟁점규정에 의한 세액공제와 벤처기업 출자 세액공제 규정 (조특법 §13의 2)을 중복 공제하는 문제가 발생하는 점, 기획재정부도 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주 인수가 제외된다고 해석하고 있는 점(기획재정부 법인세제과-44, 2024. 1. 22.) 등을 고려하여 기술혁신형 중소기업의 유상증자로 인한 신주 인수에 대해서는 쟁점규정에 의한 세액공제를 적용할 수 없다고 결정함. ​ ■ 시사점 이번 결정례는 쟁점규정에서 기존 주주로부터의 구주 인수만을 공제대상에 포함하거나 또는 유상증자를 통한 신주 인수를 공제대상에서 제외하는 명시적인 규정이 없더라도, 벤처 창업자의 투자금 회수라는 입법취지 등을 고려하여 구주 인수에 대해서만 쟁점규정에 따라 세액공제를 적용하도록 해석하고 있고, 이와 달리 벤처 창업자의 투자금 회수가 아닌 벤처기업에 대한 자금 지원을 위해 마련된 벤처기업 출자 세액공제 규정에서는 벤처기업 자금 지원과 무관한 구주 인수를 공제대상에 제외하도록 규정하고 있으므로(조특법 §13의 2 ③), 벤처기업 등의 주식을 인수함에 따른 세액공제 혜택의 적용 여부를 검토하는 경우에는 해당 세액공제 규정의 문언뿐 아니라 그 입법취지 등을 함께 고려하여 구주 또는 신주 인수로 인한 세제혜택의 적용 여부를 함께 검토할 수 있도록 주의해야 할 것으로 판단됨. ​ ​ 주택 부수토지만 상속 시 동거주택 상속공제 적용 여부 (기획재정부 조세정책과-1627, 2025. 9. 15.) ​ ■ 쟁점사항 상증법에서는 거주자와 피상속인이 상속개시일부터 소급하여 10년 이상 계속 동일 세대를 구성하면서 1세대 1주택에 해당하는 동거주택을 해당 거주자가 상속받는 경우, 상속주택 가액의 100%(6억 원 한도)를 상속세 과세가액에서 공제하는 동거주택 상속공제를 규정하고 있으며(상증법 §23의 2, 이하 ‘쟁점규정’), 이 때 동거주택에는 거주자와 피상속인이 공동으로 보유한 1세대 1주택을 포함하도록 규정하고 있는 바(상증법 §23의 2 ① 3호), 이번 유권해석의 쟁점은 주택 건물 전체는 거주자가 보유하고 주택 부수토지는 거주자와 피상속인이 50%씩 공유지분으로 보유하던 중 피상속인의 주택 부수토지에 대한 공유지분을 거주자가 상속받은 경우, 해당 주택 부수토지만의 상속에 대해서도 주택의 상속으로 보아 동거주택 상속공제 적용이 가능한지 여부임. ​ ■ 회신요지 이에 대해 이번 유권해석은 피상속인과 1세대를 구성하는 거주자가 피상속인의 주택 부수 토지에 대한 공유지분만을 상속받은 경우에도 해당 주택 부수토지를 주택으로 보아 동거 주택 상속공제 적용이 가능한 것으로 회신하고 있으며, 이는 쟁점규정에서 상속주택가액에는 주택 부수토지의 가액을 포함하도록 규정하고 있는 점, 종부세법과 지방세법이 차용하고 있는 주택법에서 주택의 범위를 건축물 및 그 부속토지로 규정하고 있는 점(주택법 §2 1 호), 종부세를 과세함에 있어서도 주택 부수토지만을 소유한 경우에도 주택을 소유한 것 과 동일하게 보아 과세하고 있는 점(조심 2022중1434, 2022. 4. 8.외), 피상속인과 10년 이상 동거한 주택의 부수토지에 대해서도 쟁점규정을 적용하도록 허용하는 것이 장기간 부모를 부양했던 자녀의 세부담 경감과 주거안정을 도모하고자 마련된 동거주택 상속공제 제도의 입법취지에 부합하는 점 등을 고려하여 주택 부수토지만을 상속받은 경우에도 주택을 상속 받은 것으로 보아 동거주택 상속공제를 적용함이 타당하다는 조세심판원 결정(조심2023서 0703, 2023. 8. 2.)과 동일한 입장의 해석으로 판단됨. ​ ■ 시사점 이번 유권해석은 주택 부수토지만의 상속에 대해 동거주택 상속공제를 적용할 수 없다는 기존 유권해석(기획재정부 재산세제과-1227, 2022. 9. 28. 외)을 변경한 해석으로서, 이번 유권 해석은 회신일 이후 상속하는 분부터 전진적으로만 적용하는 것이 아니라 회신일 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 소급 적용할 수 있도록 그 적용시기를 명시하고 있으며, 참고로 1세대 1주택에 해당하는 주택 부수토지만을 상속받은 경우에는 동거주택 상속공제를 적용하는 주택으로 인정하는 것과 달리 1세대 1주택에 해당하는 주택 부수토지만을 양도한 경우에는 1세대 1주택 비과세 규정(소법 §89 ① 3호)을 적용할 수 없음을 주의할 필요가 있음(대법2020두 45674, 2020. 11. 26, 서울고법2020누32021, 2020. 7. 22, 서울행법2019구단66340, 2019. 12. 17, 서면-2016-부동산-5151, 2016. 10. 17.). ​

 

 

 

 

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