R&D 세액공제 사전심사 제도에 대해 알고 계시나요?

연구ㆍ인력개발비(R&D) 세액공제 대상 여부의 불확실성을 해소하고 기업이 R&D 활동에 전념하도록 2020년부터 「사전심사 제도」가 운영되고 있습니다.

R&D 세액공제 사전심사를 받고자 하는 기업은 신고기한 전까지 홈택스 등으로 신청할 수 있으며, 해당 결과에 따라 신고한 경우 ①신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, ②추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택이 있습니다.

올해부터는 공제대상임을 증명하는 서류를 급여대장 등 10가지로 명확화하여 제출서류가 간소화 되었습니다.

기업이 결산을 마감하기 전이라도 지출 예정 비용 또는 여러 가지 연구과제 중 특정한 과제만 선별하여 사전심사를 신청할 수도 있으며, 가급적 2월에 미리 신청하시면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있습니다. (출처: 국세청)

 

 

 

1. 「연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사」 제도란?

□ (연구ㆍ인력개발비 세액공제) 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비로 지출한 금액*에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도입니다.

* 신성장ㆍ원천기술 연구개발비, 국가전략기술 연구개발비, 일반 연구ㆍ인력개발비로 구분하여 차등 지원

□ (연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사) 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인의 신청에 따라 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 2020년부터 시행하고 있습니다.

○ 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 조세절감 효과가 큰 반면, 연구ㆍ인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대하여 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생합니다.

○ 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있습니다.

⇒ 이에 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여 기업이 연구ㆍ인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하고 있습니다.

< 연도별 연구ㆍ인력개발비 세액공제 규모 >

(개, 억원)

구분	2018년		2019년		2020년
	기업수	공제액	기업수	공제액	기업수	공제액
계	30,353	22,998	34,122	22,305	37,525	26,430
일반	1,519	10,813	1,453	9,658	1,526	13,413
중소	28,834	12,185	32,669	12,647	35,999	13,017

* 출처 : 국세통계연보

 

2. 납세자는 사전심사를 어떻게 신청하나요?

□ (신청인)연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있습니다.

○ 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있습니다.

□ (신청기한)법인세(소득세) 신고 전까지 신청할 수 있습니다.

○ 신고시 연구ㆍ인력개발비 세액공제 신청을 누락한 부분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청할 수 있습니다.

□ (신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr)*, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청할 수 있습니다.

* 홈택스 : 신청/제출 > 일반세무서류 신청 > 민원명 찾기 “연구” > 조회하기 > 연구ㆍ인력개발비 사전심사 신청

□ (신청대상 비용)연구ㆍ인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능합니다.

○ 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변ㆍ자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외될 수 있습니다.

□ (신청서류)연구ㆍ인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구ㆍ인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 합니다.

※ 하단 첨부파일 참고

 

3. 국세청은 어떻게 심사하나요?

□ (심사 내용)사전심사를 신청한 연구ㆍ인력개발비에 대하여 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토합니다.

○ (기술검토)신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발*에 해당하는지 여부

* 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동

○ (비용검토)신청인이 연구ㆍ인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부

□ (심사 관할)연구ㆍ인력개발비의 종류와 기업의 규모 등에 따라 심사 담당 관할을 구분하여 심사를 합니다.

○ 기술검토는 신성장ㆍ원천기술과 국가전략기술은 한국산업기술진흥원, 일반 연구ㆍ인력개발비는 국세청이 각각 담당하고, 비용검토는 국세청이 모두 담당합니다.

< 연구ㆍ인력개발비 비교 >

구 분	정 의	세정지원	검토 기관
신성장ㆍ원천기술 연구개발비	조특령[별표7]에서 규정한 기술에 대한 연구개발비	ㆍ당기에 지출한 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 최대 40% 세액공제	한국산업 기술진흥원	국세청
국가전략기술 연구개발비*	조특령[별표7의2]에서 규정한 기술에 대한 연구개발비	ㆍ당기에 지출한 국가전략기술연구개발비의 최대 50% 세액공제	한국산업 기술진흥원	국세청
일반 연구ㆍ인력 개발비	위 연구개발비에 해당하지 않는 연구ㆍ인력개발비	ㆍ①당기 지출 연구ㆍ인력개발비의 최대 25% ㆍ②전년 대비 증가한 연구ㆍ인력개발비의 최대 50% → ①, ② 중 선택하여 세액공제	국세청	국세청

* 국가전략기술 연구개발비 관련 내용은 현재 입법예고 중

○ 기업규모별로 구분하여 중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당합니다.

□ (서면심사 원칙)신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 진행합니다.

○ 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있습니다.

○ 심사 담당자는 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구ㆍ인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공합니다.

□ (재심사 청구)심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한하여 재심사를 청구할 수 있습니다.

< 「연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사」 업무 흐름 >

 

 

 

 

 

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